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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-6-16 22:20:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,已看到您写的博文,问题已解决。

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发表于 Post on 2017-6-16 22:38:24 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有个输入文件提交计算有错误,请指正。

wrong.jpg (102.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

wrong.jpg

1try.gjf

4.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2017-6-17 00:59:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 subway110 于 2017-6-17 10:43 编辑

sob老师,我采用b3lyp/6-31g(d,p)寻找双分子反应的过渡态,A+B→C+D,过渡态A·B,振动方向正确,但计算irc时,正向顺利,反向一步停止,采用maxstep=50关键词,得到irc对称。判断是过渡态定位不准确导致,因此,采用calcall,opt=tight,int=ultrafine等关键词对过渡态进一步优化,但优化两步后结构发生骤变,小分子A飞走。换用m62x/6-31g(d,p)方法对过渡态A·B频率验证后,振动方向正确,irc计算顺利得到目标产物。请问,基于以上情况,有什么办法在b3lyp/6-31(d,p)计算级别下进一步寻找准确的过渡态。如果无法在该级别下准确找到过渡态,对m062x级别下得到反应物,产物在b3lyp级别下优化并计算能量,并用来与b3lyp级别下计算的其他反应进行比较,是否可行。

b3lyp-IRC.jpg (127.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

b3lyp/31-g(d,p)级别IRC

b3lyp/31-g(d,p)级别IRC

m062x-irc.jpg (100.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

m062x/6-31g(d,p)级别IRC

m062x/6-31g(d,p)级别IRC

柔性扫描-total energy.jpg (104.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

b3lyp级别柔性扫描断开键所对应能量变化

b3lyp级别柔性扫描断开键所对应能量变化

柔性扫描-生成键的键长.jpg (118.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

b3lyp柔性扫描时生成键键长变化

b3lyp柔性扫描时生成键键长变化

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-17 16:30:12 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-6-16 22:38
sob老师,有个输入文件提交计算有错误,请指正。

geom=connectivity删掉,

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 11 1.0
4 5 1.5 13 1.0
5 6 1.5 9 1.0
6 10 1.0
7
...
也都删掉
问报错的时候不要贴图中这些信息,没有任何用处,应当贴输出文件末尾的提示,置顶的FAQ里说了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-17 17:21:22 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-6-17 00:59
sob老师,我采用b3lyp/6-31g(d,p)寻找双分子反应的过渡态,A+B→C+D,过渡态A·B,振动方向正确,但计算irc ...

calcall,opt=tight,int=ultrafine优化过渡态的时候,初始步长上限改小点,比如maxstep=2。

如果是有机分子的话,M062X的势能面比B3LYP一般更合理,势垒也更高。

同一文章里不要不同物质B3LYP和M062X混用
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发表于 Post on 2017-6-17 17:41:50 | 只看该作者 Only view this author
CDA问题请教:
社长在论文(广义化的电荷分解分析(GCDA)方法)中提到:
各个轨道对 d、b 值的贡献大多数情况为正值,表现电子贡献和反馈量,但也有少数情况为负值。
较小的负值在讨论时可以忽略不计,也并没有确切的物理解释。当出现较大的负值时,说明计算过程可
能存在问题,或者CDA/GCDA 并不完全适用于当前体系。

这里合不合理,如果只看负值的话,有没有相对标准?
测试一体系,出现如下蓝色部分这么大小的负值,CDA计算结果是否可用?
   Orb.      Occ.          d           b        d - b          r
……
    14    2.000000   -0.016217   -0.000094   -0.016123   -0.001551
     15    2.000000   -0.000094   -0.000005   -0.000089   -0.000012
     16    2.000000    0.002079    0.000000    0.002079    0.000000
     17    2.000000    0.004461    0.000000    0.004461    0.000000
     18    2.000000    0.036101    0.000115    0.035986   -0.004332
     19    2.000000    0.000510    0.000001    0.000509   -0.000023
     20    2.000000    0.010425   -0.000019    0.010443   -0.000333
     21    2.000000    0.003075    0.000020    0.003055   -0.000504
     22    2.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
     23    2.000000    0.003831    0.000000    0.003831    0.000000
     24    2.000000    0.000455    0.000000    0.000455    0.000000
     25    2.000000   -0.004023   -0.000008   -0.004015    0.000285
     26    2.000000    0.043244   -0.000096    0.043339   -0.006792
     27    2.000000    0.002632   -0.000001    0.002633   -0.000246
     28    2.000000    0.010891    0.000000    0.010891    0.000000
     29    2.000000    0.022186    0.000000    0.022186    0.000000
     30    2.000000   -0.000957    0.000000   -0.000957    0.000000
     31    2.000000    0.009279    0.000000    0.009279    0.000000
     32    2.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    33    2.000000   -0.015684   -0.000036   -0.015648   -0.000306
     34    2.000000    0.036554   -0.000006    0.036560    0.000240
     35    2.000000   -0.001620   -0.000009   -0.001612   -0.000006
……

谢谢!!

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发表于 Post on 2017-6-17 17:44:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-17 16:30
geom=connectivity删掉,

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0

谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-17 22:08:37 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-6-17 17:41
CDA问题请教:
社长在论文(广义化的电荷分解分析(GCDA)方法)中提到:
各个轨道对 d、b 值的贡献大多数 ...

不可用,d的负值太大了,而b又非常小。负值占了主导
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发表于 Post on 2017-6-18 00:15:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2017-6-18 00:16 编辑
sobereva 发表于 2017-6-17 16:30
geom=connectivity删掉,

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0

sob老师,我删除了geom=connectivity的选项,也删除了坐标后面的原子链接信息。计算提示错误信息为:unrecognized potential number 6 in getpot                                                                输入文件见附件:

1try.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-18 01:06:13 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-6-18 00:15
sob老师,我删除了geom=connectivity的选项,也删除了坐标后面的原子链接信息。计算提示错误信息为:unre ...

H                  7.03738648    2.74999125   -1.27495889



C H Al O N P 0
6-31G*

中间别空那么多行,看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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发表于 Post on 2017-6-18 11:16:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hzfish 于 2017-6-18 11:40 编辑
sobereva 发表于 2017-6-17 22:08
不可用,d的负值太大了,而b又非常小。负值占了主导

谢谢社长。

现在有点懵。

能不能找到一个相对简单的判断的标准。如d、b都出现了负值,这些 负值和哪些数据进行比较来确认计算结果是否可用?不可用的话,是负值太大了这一些轨道上的数值不可用,还是所有的数据都不可用,即CDA方法不适用于该体系。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-18 14:41:21 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-6-18 11:16
谢谢社长。

现在有点懵。


比如d是0.3,b是-0.05,由于正值的绝对值明显大于负值的绝对值,因此这么点意义不清楚的负值不影响讨论d。
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发表于 Post on 2017-6-20 10:18:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,看过这个帖子(http://bbs.keinsci.com/forum.php ... amp;highlight=tddft)和您发的(http://bbs.keinsci.com/forum.php ... amp;highlight=tddft)因为水平有限,看的不是很懂。
1、想问下gaussian中TDDFT不是直接解the  time-dependent Kohn-Sham equations 求解的吗?
2、帖子一说TDDFT不能直接得到对应激发态的波函数?DFT怎么得到(可视化),不使用wfn。
3、DFT计算采用赝势计算时候得到OVERLAP和最后迭代的FOCK,FOCK应该是得到的赝势哈密顿量H,如何得到真实体系的哈密顿量?后来gaussian会减去多余项得到真实体系的H吗?
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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发表于 Post on 2017-6-21 10:21:29 | 只看该作者 Only view this author

求助:NBO电荷数据的读取

       本人最近要算NBO电荷,遇到点小问题, 计算后的log文件中有3个NBO电荷,不知道该读哪一个?求解!

3.png (10.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

搜索的第一个NBO

搜索的第一个NBO

1.png (10.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

搜索的第二个NBO

搜索的第二个NBO

2.png (11.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

搜索的第三个NBO

搜索的第三个NBO

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发表于 Post on 2017-6-21 10:53:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xujian 于 2017-6-21 10:55 编辑

你这个显然是开壳层的,第一张图是总的,第二、三张图分别对应alpha和beta

本版积分规则 Credits rule

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