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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-21 13:30:26 | 只看该作者 Only view this author
alicedu 发表于 2017-6-21 10:21
本人最近要算NBO电荷,遇到点小问题, 计算后的log文件中有3个NBO电荷,不知道该读哪一个?求解!

初级问题直接在答疑专贴里跟帖提问,不要发主贴
和“期刊、投稿、写作、基金”无关的问题不要发到“期刊、投稿、写作、基金”版块里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-21 13:31:10 | 只看该作者 Only view this author
alicedu 发表于 2017-6-21 10:21
本人最近要算NBO电荷,遇到点小问题, 计算后的log文件中有3个NBO电荷,不知道该读哪一个?求解!

那叫NPA电荷,不叫NBO电荷,仔细看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

看第一次输出的,即基于总密度矩阵分析的结果
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发表于 Post on 2017-6-23 08:18:38 | 只看该作者 Only view this author

柔性扫描出现这种错误是什么原因呢?

求助大家,我用柔性扫描扫键长,出现了这样的错误,应该怎么解决呢,麻烦大家了

R1_fe3_2spin_hem_opt_scanoo_17-22.gjf

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发表于 Post on 2017-6-23 15:17:11 | 只看该作者 Only view this author

赝势基组做结构优化,SCF不收敛

体系内有C,H,O,Si,Al,Zn。首先使用b3lyp/6-31+g(d,p),结构优化可以得到收敛。之后对C,H,O,Si,Al仍使用6-31+g(d,p),对Zn使用Lanl2TZ,结果出现SCF不收敛的现象,麻烦各位指导!

报错如下,
SCF Done:  E(RM06L) =  -3091.15970419     A.U. after  129 cycles
             NFock=128  Conv=0.24D-04     -V/T= 1.9859
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/jiang/g09/l502.exe at Fri Jun 23 00:54:35 2017.

gaussian输入文件对于基组的描述如下,Lanl2TZ来自于https://bse.pnl.gov/bse/portal
H O Al Si C 0
6-31+g(d,p)
****
Zn 0
S   1   1.00
       0.7997000              1.0000000        
S   1   1.00
       0.1752000              1.0000000        
S   1   1.00
       0.0556000              1.0000000        
P   1   1.00
       0.1202000              1.0000000        
P   1   1.00
       0.0351000              1.0000000        
D   3   1.00
      68.8500000              0.0258532        
      18.3200000              0.1651195        
       5.9220000              0.4468212        
D   1   1.00
       1.9270000              1.0000000        
D   1   1.00
       0.5528000              1.0000000        
****
(空格)
ZN     0
ZN-ECP     3     18
f-ul potential
   5
1    386.7379660            -18.0000000        
2     72.8587359           -124.3527403        
2     15.9066170            -30.6601822        
2      4.3502340            -10.6358989        
2      1.2842199             -0.7683623        
s-ul potential
   5
0     19.0867858              3.0000000        
1      5.0231080             22.5234225        
2      1.2701744             48.4465942        
2      1.0671287            -44.5560119        
2      0.9264190             12.9983958        
p-ul potential
   5
0     43.4927750              5.0000000        
1     20.8692669             20.7435589        
2     21.7118378             90.3027158        
2      6.3616915             74.6610316        
2      1.2291195              9.8894424        
d-ul potential
   3
2     13.5851800             -4.8490359        
2      9.8373050              3.6913379        
2      0.8373113             -0.5037319
(空格)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-23 15:38:49 | 只看该作者 Only view this author
youfish 发表于 2017-6-23 15:17
体系内有C,H,O,Si,Al,Zn。首先使用b3lyp/6-31+g(d,p),结构优化可以得到收敛。之后对C,H,O,Si,Al ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
跟你用不用赝势没直接关系。记得当前情况要写genecp。

若无必要,去掉弥散函数,收敛容易得多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-23 15:48:21 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2017-6-23 08:18
求助大家,我用柔性扫描扫键长,出现了这样的错误,应该怎么解决呢,麻烦大家了


程序bug
换更新的g09版本
若仍不行,opt里加上gdiis之类再试,或者尝试修改扫描方式,比如步长改成0.15
上传大附件前一定要先压缩,以节约宝贵的论坛空间
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发表于 Post on 2017-6-23 23:58:44 | 只看该作者 Only view this author

团簇不同异构体之间能量比较采用EE还是EE+ZPE?

请问,在搜索团簇构型过程中,不同异构体之间的相对能量比较,需要给出EE还是EE+ZPE ? 以前一直用EE,最近觉得EE+ZPE更妥一些。
不知是否需要看情况?
谢谢。

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发表于 Post on 2017-6-24 01:05:33 | 只看该作者 Only view this author
△G

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发表于 Post on 2017-6-24 02:28:18 | 只看该作者 Only view this author
EE+ZPE对应的是在0K下的“自由能”,不是0K的话应当用△G

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-24 03:19:54 | 只看该作者 Only view this author
jiameiye 发表于 2017-6-23 23:58
请问,在搜索团簇构型过程中,不同异构体之间的相对能量比较,需要给出EE还是EE+ZPE ? 以前一直用EE,最近 ...

图省事用电子能量比较
图意义严格用G比较
电子能量+ZPE只是0K下的G,毫无意义,除非你真打算研究0K
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发表于 Post on 2017-6-24 11:07:25 | 只看该作者 Only view this author

优化构型取坐标的问题

本帖最后由 15whyhq 于 2017-6-24 11:08 编辑

对于高斯优化构型,优化一次后结束但是 Error in internal coordinate system.Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l103.exe.
有yes,取坐标进行下一步优化时是取YES最多的上面的坐标还是下面的坐标?谢谢!


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发表于 Post on 2017-6-24 14:23:53 | 只看该作者 Only view this author
综合考量能量低、收敛性、结构合理、异常情况发生前(例如震荡开始之前)

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发表于 Post on 2017-6-24 19:22:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-24 03:19
图省事用电子能量比较
图意义严格用G比较
电子能量+ZPE只是0K下的G,毫无意义,除非你真打算研究0K

好的,谢谢社长,我这里就是在默认温度下优化了特定组成团簇的不同结构,进而确定基态以及能量相近的异构体之间的相对能量。

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发表于 Post on 2017-6-24 19:24:05 | 只看该作者 Only view this author
agent99 发表于 2017-6-24 02:28
EE+ZPE对应的是在0K下的“自由能”,不是0K的话应当用△G

谢谢

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发表于 Post on 2017-6-24 19:24:47 | 只看该作者 Only view this author

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