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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-8-5 08:51:25 | 只看该作者 Only view this author
你内坐标里面的参数都没有给他赋予值,直接直角坐标就行了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-5 11:04:40 | 只看该作者 Only view this author
好好学习 发表于 2017-8-5 08:15
我在计算浮点数的时候显示错误Wanted a floating point number as input. Found an integer as input. D 2  ...

步数要写整数,步长要写浮点数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-8-5 13:58:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-5 11:04
步数要写整数,步长要写浮点数

老师我把步数写成18 步长写成20.0 结果依然错了

1.png (10.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

1.png

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发表于 Post on 2017-8-5 16:39:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,请教一个问题。我想寻找一个Pd诱导炔环化的过渡态,但是老出现以下错误。输入输出文件在附件中,请求指教,不知道哪里需要改进下?非常感谢。

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Bend failed for angle    24 -     6 -    25
Tors failed for dihedral    25 -     6 -    24 -    40
Tors failed for dihedral    25 -     6 -    24 -    49
Tors failed for dihedral    24 -     6 -    25 -     1
Tors failed for dihedral    24 -     6 -    25 -     5
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /home/phzd/g09E/g09/l103.exe at Sat Aug  5 16:26:30 2017.
Job cpu time:       4 days  0 hours 54 minutes  1.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2608 Int=      0 D2E=      0 Chk=     54 Scr=      1

输入和输出文件.rar

251.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-5 22:54:57 | 只看该作者 Only view this author
好好学习 发表于 2017-8-5 13:58
老师我把步数写成18 步长写成20.0 结果依然错了

上传当前的输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-5 22:55:12 | 只看该作者 Only view this author
gangcheng 发表于 2017-8-5 16:39
老师,请教一个问题。我想寻找一个Pd诱导炔环化的过渡态,但是老出现以下错误。输入输出文件在附件中,请求 ...

见本版置顶的FAQ
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发表于 Post on 2017-8-6 00:36:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-5 22:55
见本版置顶的FAQ

感谢老师指导。

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发表于 Post on 2017-8-6 12:10:48 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,优化结构计算时用了隐式溶剂模型,先后有两个结果
Maximum Force            0.000000     0.000015     YES
RMS     Force               0.000000     0.000010     YES
Maximum Displacement     0.000050     0.000060     YES
RMS     Displacement        0.000011     0.000040     YES
Predicted change in Energy=-2.960557D-12
Optimization completed.
    -- Stationary point found.
Maximum Force            0.000000     0.000015     YES
RMS     Force              0.000000     0.000010     YES
Maximum Displacement     0.002700     0.000060     NO
RMS     Displacement        0.000643     0.000040     NO
Predicted change in Energy=-2.154822D-10
Optimization completed on the basis of negligible forces.
    -- Stationary point found.
请问以哪一个为准?还是要继续计算至全部收敛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-6 12:13:22 | 只看该作者 Only view this author
where11982 发表于 2017-8-6 12:10
请教老师,优化结构计算时用了隐式溶剂模型,先后有两个结果
Maximum Force            0.000000     0.0 ...

我不知道这分别是什么时候输出的,最好上传压缩后的输出文件
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发表于 Post on 2017-8-6 12:22:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-6 12:13
我不知道这分别是什么时候输出的,最好上传压缩后的输出文件

感谢sob老师,就是最后两次优化的结果

ALA2-SOL.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-6 12:30:42 | 只看该作者 Only view this author
where11982 发表于 2017-8-6 12:22
感谢sob老师,就是最后两次优化的结果

第一次是几何优化输出的,第二次是振动分析完输出的,看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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发表于 Post on 2017-8-6 13:44:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-6 12:30
第一次是几何优化输出的,第二次是振动分析完输出的,看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的 ...

感谢sob老师的耐心解答。

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发表于 Post on 2017-8-6 20:35:15 | 只看该作者 Only view this author
大家好。
      我有1000个SER的pdb文件的,其中一个如下所示。我想求每个pdb中的二面角(5,7,9,16)。
      我现在的思路是提取这四个原子的坐标,根据这四个(x,y,z)坐标,通过二面角公式求解。

     我的问题是,有没有哪个程序,gaussian,vmd, gromacs或是其它,可以通过命令行求解这个二面角。这样可以更加方便的求解。
    谢谢。
    另外,不知道这个应该发在哪个版,所以放在这里。
  1. <font size="1">ATOM      1  CH3 ACE   880      36.288  43.171  25.250  1.00  0.00
  2. ATOM      2  H1  ACE   880      36.698  42.162  25.206  1.00  0.00
  3. ATOM      3  H2  ACE   880      35.550  43.362  24.471  1.00  0.00
  4. ATOM      4  H3  ACE   880      35.820  43.418  26.203  1.00  0.00
  5. ATOM      5  C   ACE   880      37.412  44.127  25.046  1.00  0.00
  6. ATOM      6  O   ACE   880      37.416  45.310  25.384  1.00  0.00
  7. ATOM      7  N   SER   881      38.496  43.558  24.491  1.00  0.00
  8. ATOM      8  HN  SER   881      38.494  42.562  24.439  1.00  0.00
  9. ATOM      9  CA  SER   881      39.690  44.326  24.314  1.00  0.00
  10. ATOM     10  HA  SER   881      39.596  45.270  24.829  1.00  0.00
  11. ATOM     11  CB  SER   881      40.989  43.545  24.580  1.00  0.00
  12. ATOM     12  HB1 SER   881      40.954  42.546  24.097  1.00  0.00
  13. ATOM     13  HB2 SER   881      41.904  44.086  24.257  1.00  0.00
  14. ATOM     14  OG  SER   881      41.170  43.463  25.986  1.00  0.00
  15. ATOM     15  HG1 SER   881      42.098  43.234  25.895  1.00  0.00
  16. ATOM     16  C   SER   881      39.833  44.781  22.903  1.00  0.00
  17. ATOM     17  O   SER   881      39.338  44.133  21.982  1.00  0.00
  18. ATOM     18  N   NME   882      40.431  45.958  22.646  1.00  0.00
  19. ATOM     19  HN  NME   882      40.860  46.660  23.210  1.00  0.00
  20. ATOM     20  CH3 NME   882      40.636  46.305  21.274  1.00  0.00
  21. ATOM     21  H1  NME   882      39.691  46.161  20.750  1.00  0.00
  22. ATOM     22  H2  NME   882      40.813  47.373  21.144  1.00  0.00
  23. ATOM     23  H3  NME   882      41.395  45.731  20.742  1.00  0.00
  24. </font>
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-6 21:07:24 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-6 20:35
大家好。
      我有1000个SER的pdb文件的,其中一个如下所示。我想求每个pdb中的二面角(5,7,9,16)。
   ...

适合发在分子模拟版的综合交流分类里
这个就是计算phi角,gromacs里的rama命令就可以批量计算
Gaussian没有与之相关的
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发表于 Post on 2017-8-7 09:33:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-6 21:07
适合发在分子模拟版的综合交流分类里
这个就是计算phi角,gromacs里的rama命令就可以批量计算
Gaussian ...

谢谢sob
我尝试一下。

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