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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-21 22:09:45 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2017-7-21 13:37
查阅了手册以及论坛相关内容,由于我考虑的只是分子的解离,是否在高斯中使用ADMP,并且只需给出分子的初 ...

BOMD和ADMP都可以
高斯的AIMD没法直接设温度,也没法控温,只能设初速度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-21 22:12:26 | 只看该作者 Only view this author
where11982 发表于 2017-7-21 11:21
请教sob老师,
1.计算两个到多个分子之间的氢键,每个分子原子在25个左右,先在B3LYP/6-311G**条件下进行 ...

1 优化的方法改成M06-2X,否则说不通
理论上研究结合能不需要优化各个分子,直接用复合物的结构

2 是
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发表于 Post on 2017-7-22 01:20:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-21 22:12
1 优化的方法改成M06-2X,否则说不通
理论上研究结合能不需要优化各个分子,直接用复合物的结构

非常感谢sob老师的耐心解答!
1.对于优化方法,之前在翻看一些帖子时,发现采用的优化和计算能量的方法并不相同,此处要求一致为M06-2X是为什么?
2.那么在计算两个分子间的弱相互作用能时,是直接用#p opt freq m062x/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=acetonitrile)关键词,将两个已经用M06-2X优化好的分子建模到一起么?
3.考虑BEES是是否不应添加溶剂模型,提示No SCRF with Counterpoise,因为之前基础班时有提到过溶剂对于氢键的影响。
由于专业原因,在量化方面跨度较大,还望您谅解

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-22 03:45:29 | 只看该作者 Only view this author
where11982 发表于 2017-7-22 01:20
非常感谢sob老师的耐心解答!
1.对于优化方法,之前在翻看一些帖子时,发现采用的优化和计算能量的方法 ...

1 没有绝对明确的理由,就不要换泛函,否则一定会招致审稿人吐槽,弄不好还得重算数据。
B3LYP计算氢键明显不如M06-2X,虽说对于优化氢键目的,B3LYP也可以定性正确,但毕竟能量都用M06-2X算了,而且M06-2X比B3LYP的耗时增加也就不到一倍,都是同一个档,何不优化也用M06-2X?
2 不是。直接把M06-2X优化出来的复合物结构当中,取出两个片段各自的坐标,分别算单点。
3 溶剂下计算BSSE没有唯一做法。一般来说相对合理的做法是在气相下计算BSSE校正能,加到溶剂下直接算的相互作用能上。
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发表于 Post on 2017-7-22 11:11:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 03:45
1 没有绝对明确的理由,就不要换泛函,否则一定会招致审稿人吐槽,弄不好还得重算数据。
B3LYP计算氢键 ...

感谢sob老师!

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发表于 Post on 2017-7-22 16:31:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-7-22 16:54 编辑

sob老师您好,我计算了一下C原子的基态能量,b3lyp/sto-3g pop=full 在输出文件中我发现基态电子排布下 最后两个电子是在同一个p轨道中,也就是闭壳层,单重态。程序自动判断的单重态并用的限制性闭壳层。
    但是我记得高中时学的电子填充三原则说C原子基态下最后两个电子应该以自旋平行方向占据两个不同的p轨道,从而为开壳层,三重态。

然后我又算了一个,ROb3lyp/sto-3g pop=full   0 3 ,这下得出的确实是两个电子分别占据了两个不同的p轨道,并且这次算得能量更低了一些,这是否能证明这个排布才是基态?
请问老师,这个具体应该是怎么回事,难道是程序默认没有判断对?

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发表于 Post on 2017-7-22 19:58:53 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师。我用orca计算出了水的拉曼光谱,orca能像高斯软件包一样判断出拉曼光谱的每个峰代表什么振动模式吗?如果不行 请问有什么免费的软件可以通过读取orca的jobname.out文件来判断(最好是类似高斯的分子动画)每个拉曼峰代表什么振动模式?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-22 22:18:28 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-7-22 16:31
sob老师您好,我计算了一下C原子的基态能量,b3lyp/sto-3g pop=full 在输出文件中我发现基态电子排布下 最后 ...

可以证明。
你设置0 1时,收敛到的相当于单重态激发态波函数。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-22 22:22:20 | 只看该作者 Only view this author
恨吾峰 发表于 2017-7-22 19:58
请问各位老师。我用orca计算出了水的拉曼光谱,orca能像高斯软件包一样判断出拉曼光谱的每个峰代表什么振动 ...


ChemCraft可以显示ORCA振动分析任务的振动的动画,但不是免费的,不过破解版很好找
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发表于 Post on 2017-7-23 01:08:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 22:18
可以证明。
你设置0 1时,收敛到的相当于单重态激发态波函数。

明白了 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-7-23 10:11:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 22:22
ChemCraft可以显示ORCA振动分析任务的振动的动画,但不是免费的,不过破解版很好找

谢谢老师 再请问老师一下 我发现avogadro打开不了orca的输出文件jobname.out  显示Reading molecular file failed. 油管上有人直接可以打开jobname.out文件 我输入文件写了!  Normalprint %output Print[ P_Basis ] 2 Print[ P_MOs ] 1 这组命令  请问是我的软件安装不对还是别的原因呢

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发表于 Post on 2017-7-23 16:10:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-19 05:35
没事别分那么多rwf文件,没有好处还徒增麻烦
指定多个rwf文件时,每个rwf文件后头得定义此rwf文件能利 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2017-7-23 16:14:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-19 05:34
没事不要去动它
不同的初猜对于收敛容易程度有影响,见
解决SCF不收敛问题的方法

木有动它呢,就是用Gview打开不同的out文件和gjf文件,自动显示的method方法有不同,有疑惑,所以问问

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-24 01:14:37 | 只看该作者 Only view this author
恨吾峰 发表于 2017-7-23 10:11
谢谢老师 再请问老师一下 我发现avogadro打开不了orca的输出文件jobname.out  显示Reading molecular fil ...

不清楚,我不用avogadro,那程序实在太糟糕,老崩溃,受不了
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发表于 Post on 2017-7-24 14:31:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-24 01:14
不清楚,我不用avogadro,那程序实在太糟糕,老崩溃,受不了

谢谢sob老师!

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