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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-7-24 21:39:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-21 00:37
M062X/def2TZVP比B3LYP/6-31G*精确太多,无论是泛函还是基组层面都是,定性结果不同也很正常。B3LYP/6- ...

谢谢sob老师的回复

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发表于 Post on 2017-7-24 21:40:08 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-7-20 10:30
同一个结构构型我分别用b3lyp/6-31g (d) 和M062X/def2TZVP 对各个构象做单点能计算并计算它们的玻尔兹曼分 ...

谢谢 sob 老师

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发表于 Post on 2017-7-25 18:18:03 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,文献中用动力学方法求得的活化能和用高斯求得的活化能有可比性吗,两种方法求得的活化能差距比较大,该如何解释呢?

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发表于 Post on 2017-7-27 13:02:29 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问一下,我想考虑不同温度压力下的gibbs自由能,但将优化好的结构提取出来计算频率时出现502错误怎么办?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-27 14:38:04 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-7-27 13:02
sob老师,请问一下,我想考虑不同温度压力下的gibbs自由能,但将优化好的结构提取出来计算频率时出现502错 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2017-7-27 16:18:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-27 14:38
解决SCF不收敛问题的方法
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谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-7-31 08:55:40 | 只看该作者 Only view this author
1.请问def2-TZVP和def2-TZVPP这两个基组是否可以类比看成6-311G*和6-311G**这样的基组呢?

对基组理解不是特别好。在《exploring chemistry with electronic structure Methods》第二版里chapter5里介绍的还是常用的pople系列基组。
在论坛里好几次听到sob推荐用def2系列基组,在哪里可以找到这个系列基组的使用范围呢?
谢谢

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发表于 Post on 2017-7-31 09:17:58 | 只看该作者 Only view this author
Sob的博文谈谈量子化学中基组的选择http://sobereva.com/336。基组入门小资料合集:http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9%D7%E9%C8%EB%C3%C5,合集中有一篇综述Atomic orbital basis sets对这个有说明。

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发表于 Post on 2017-7-31 09:40:45 | 只看该作者 Only view this author
1130240115 发表于 2017-7-31 09:17
Sob的博文谈谈量子化学中基组的选择http://sobereva.com/336。基组入门小资料合集:http://bbs.keinsci.com ...

十分感谢

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发表于 Post on 2017-8-4 09:22:32 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师为我们提供了可以学习的地方,我有一些问题想要请教一下。希望大家在空闲时间帮我看一看。先说一声谢谢啦。
我采用m062x/aug-cc-pvdz 的方法算碱基对与氨基酸酸之间的氢键作用时出现下面的问题
1、算pop=nbo时存在少量不收敛的情况。(但若是在pcm模型下就收敛,或采用一个小的基组也可收敛。)
2、如果在能量时形成5个氢键的话,在算pop=nbo时,采用chemcraft软件打开out文件发现有的体系氢键数目减少。
ps:我是在采用b3lyp优化后的基础上,用m062x的方法进行其他的计算的。

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发表于 Post on 2017-8-4 19:08:51 | 只看该作者 Only view this author
请问lammps程序里包含clayff力场吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-4 21:10:24 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2017-8-4 19:08
请问lammps程序里包含clayff力场吗?

我不怎么用lammps,可以搜索一下手册。估计不包含
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-4 21:32:18 | 只看该作者 Only view this author
Moe 发表于 2017-8-4 09:22
非常感谢老师为我们提供了可以学习的地方,我有一些问题想要请教一下。希望大家在空闲时间帮我看一看。先说 ...


1 这和算不算NBO无关
解决SCF不收敛问题的方法
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2 意义不明,氢键数目是体系内在特征,和做不做NBO、哪个程序打开完全无关

不要试图用B3LYP优化氢键体系,根本不准,甚至可能定性错误,诸如能把Cs水二聚体构型优化成非Cs的
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发表于 Post on 2017-8-5 08:15:50 | 只看该作者 Only view this author

势能面扫描遇到浮点数问题

我在计算浮点数的时候显示错误Wanted a floating point number as input. Found an integer as input. D 2 1 110 40 49.57169 S 18 20.0  之后我改成了D 2 1 110 40 S 18.0 20.0  依然显示Wanted a floating point number as input. Found an integer as input.  D 2 1 110 40 S 18.0 20.0  请问各位大神这是为什么?

23-s0-scan.out

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输出文件

23-s0-scan.gjf

8.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

输入文件

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发表于 Post on 2017-8-5 08:45:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-4 21:32
1 这和算不算NBO无关
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谢谢老师

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