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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-19 05:35:32 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2017-7-18 19:26
老师,您好!今天我进行了如下尝试:
输入文件命令:%chk=D2C.chk
%mem=150MW


没事别分那么多rwf文件,没有好处还徒增麻烦
指定多个rwf文件时,每个rwf文件后头得定义此rwf文件能利用的磁盘空间上限,但是你没写
建议你索性直接重算一遍freq完了,折腾的功夫都算好了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-7-19 10:39:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-17 16:26
这体系opt用tight毫无意义,nolinear我更是从来没说要加这个
noraman完全多余
CPCM写它作甚,看此文 ...

多谢Sob老师的回复。
1. 由于体系里的其他构型都是tight的标准,所以对于小分子SO3也用的这个标准。
2.CPCM模拟溶液相,但是由于单点计算时Orca只有CPCM溶剂化模型,所以为了一致,高斯优化时也是用的CPCM。
3. 高斯优化前调整SO3为C3V对称性,优化不收敛的过程中,对称性又降到C1. 能量震荡。

有做法不恰当的地方,麻烦老师指正。

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发表于 Post on 2017-7-19 20:21:30 | 只看该作者 Only view this author
为什么碘的6-311G*与6-311G**的基组信息是一样的呢?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-19 22:57:14 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-7-19 20:21
为什么碘的6-311G*与6-311G**的基组信息是一样的呢?谢谢!

第二个星号是给H,He加极化,显然对I是一样的
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发表于 Post on 2017-7-20 10:30:17 | 只看该作者 Only view this author
同一个结构构型我分别用b3lyp/6-31g (d) 和M062X/def2TZVP 对各个构象做单点能计算并计算它们的玻尔兹曼分布,发现它们的玻尔兹曼分布完全不一样,请问sob老师,在这种情况下还是以M062X/def2TZVP 的结果为参考吗?为什么会出现这种情况,理论上相对自由能的大小顺序趋势应该是一样才对。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-21 00:37:58 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-7-20 10:30
同一个结构构型我分别用b3lyp/6-31g (d) 和M062X/def2TZVP 对各个构象做单点能计算并计算它们的玻尔兹曼分 ...


M062X/def2TZVP比B3LYP/6-31G*精确太多,无论是泛函还是基组层面都是,定性结果不同也很正常。B3LYP/6-31G*的单点结果根本没有用处。如果你想更进一步验证,可以考虑再用双杂化泛函算算单点。
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发表于 Post on 2017-7-21 09:31:27 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,对于一个十几个原子的有机分子,我想研究他的热分解路径。在直接寻找过渡态之前,用从头算动力学跑一跑是否有指导意义?这种任务用什么完成比较简便呢(没有化学背景,只参与过量化初级班)

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发表于 Post on 2017-7-21 10:07:45 | 只看该作者 Only view this author

gaussin计算508错误

No lower point found -- run aborted.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09E01/g09/l508.exe at Wed Jul 19 14:51:37 2017.
Job cpu time:       7 days 13 hours 29 minutes 37.1 seconds.
有没有人遇到过同样的错误,用的什么方法解决?一直被困在这里,但是我老板说不能降低收敛精度。

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发表于 Post on 2017-7-21 10:14:44 | 只看该作者 Only view this author
错误信息提供的不够

不过根据508这个细节,应该是你使用了SCF=QC这个关键词,建议替换成其他的解决自洽场不收敛的关键词

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-21 10:46:34 | 只看该作者 Only view this author
彭索萍 发表于 2017-7-21 10:07
No lower point found -- run aborted.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09E01/g0 ...

甭用qc
解决SCF不收敛问题的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-21 10:47:55 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2017-7-21 09:31
sob老师,对于一个十几个原子的有机分子,我想研究他的热分解路径。在直接寻找过渡态之前,用从头算动力学 ...


如果你难以猜测出解离路径的过渡态的话,可以跑AIMD,有指导意义,用高斯就可以
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发表于 Post on 2017-7-21 10:55:22 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-7-21 10:14
错误信息提供的不够

不过根据508这个细节,应该是你使用了SCF=QC这个关键词,建议替换成其他的解决自洽 ...

确实,我再试一试其他的关键词

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发表于 Post on 2017-7-21 10:56:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-21 10:46
甭用qc
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

好的。感谢sob、

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发表于 Post on 2017-7-21 11:21:21 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师,
1.计算两个到多个分子之间的氢键,每个分子原子在25个左右,先在B3LYP/6-311G**条件下进行了每个分子结构的优化并收敛,之后计算结合能时采用M062X-D3/6-311+G**。疑问在于计算结合能时是否要对各个分子结构进一步优化,添加关键词opt freq,或者先在M062X/6-311+G**下对各个分子优化之后再用该结构不加opt进行计算?计算等级是否合适?
2.如果添加溶剂模型scrf=(solvent=acetonitrile),是否要每一步都添加?

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发表于 Post on 2017-7-21 13:37:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-21 10:47
如果你难以猜测出解离路径的过渡态的话,可以跑AIMD,有指导意义,用高斯就可以

查阅了手册以及论坛相关内容,由于我考虑的只是分子的解离,是否在高斯中使用ADMP,并且只需给出分子的初始结构即可呢?(除温度外,无需设置其他参数)

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