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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-8-10 09:59:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,再问一个小问题,在计算结合能时,我从配合物(已优化)中提取出单个片段,再重新优化并计算能量,得到的结构与我之前画的片段构象(已优化)结构相吻合,但是两个结构的能量不同,请问计算时用哪种结构的能量呢?

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发表于 Post on 2017-8-10 10:02:18 | 只看该作者 Only view this author
1130240115 发表于 2017-8-10 09:45
这属于给ahlrichs的def2系列基组加弥散。博文:给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva. ...

谢谢,看来只能这样了,可能高斯还没有定义ma-def2tzvp成内置基组吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-10 12:34:27 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-8-10 09:59
sob老师,再问一个小问题,在计算结合能时,我从配合物(已优化)中提取出单个片段,再重新优化并计算能量 ...


直接从优化好的复合物中提取片段的坐标算单点,不需要重新优化,除非你要和实验对比
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-10 12:36:13 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-8-10 08:41
谢谢老师~可以理解成做HOMO/LUMO图过程中,通常是不需要手动修改MO及Density值,采用默认的设置就可以了 ...

绘制轨道等值面时density是无用的。MO等值面数值改不改看你要求,默认的0.02对于不是很大的体系来说往往偏小

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-10 12:37:45 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-8-10 01:02
Gaussian 1D-PBC中,一个N个原子的有机聚合单体,加了平移矢量后,这样的聚合物体系计算规模是2N原子还是大 ...

2N
必须一样
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发表于 Post on 2017-8-10 15:13:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-10 12:34
直接从优化好的复合物中提取片段的坐标算单点,不需要重新优化,除非你要和实验对比

嗯,感谢sob老师

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发表于 Post on 2017-8-10 19:12:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-9 11:24
用HF成份高一点的泛函,成分越高算出来的激发能越大

谢谢老师 可以推荐几个HF成分高的泛函吗?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-10 19:30:31 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-8-10 19:12
谢谢老师 可以推荐几个HF成分高的泛函吗?
谢谢老师

不同DFT泛函的HF成份一览
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发表于 Post on 2017-8-10 20:00:59 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请教一下在做复合物BSSE校正的时候,我得到的优化结构的坐标,如何转换成做counterposie时所需的坐标?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-10 22:26:51 | 只看该作者 Only view this author
xujiazhen 发表于 2017-8-10 20:00
老师好,请教一下在做复合物BSSE校正的时候,我得到的优化结构的坐标,如何转换成做counterposie时所需的坐 ...


不需要做什么转换啊,gv载入优化的输出文件,然后保存成输入文件,按此帖的说明设定好片段就完了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
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发表于 Post on 2017-8-11 22:27:16 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问gaussian计算一个弱相互作用较大体系,
(1)用B3LYP-D3/6-31G**是不是不如B3LYP-D3BJ/6-31G**好呢?这对几何结构,能量、波函数分析等影响大吗?
(2)基组用6-31G**优化后结构再用6-311+g**算单点,这样可以吗?优化用的基组是否一定要加弥散?
(3)用以上的方法和基组计算相互作用能是否一定要做BSSE?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-12 01:24:44 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-8-11 22:27
sob老师,请问gaussian计算一个弱相互作用较大体系,
(1)用B3LYP-D3/6-31G**是不是不如B3LYP-D3BJ/6-31G ...

1 不如。但相差不太大。色散校正对波函数没影响,对结构也影响很小,对相互作用能精度略有影响
2 看具体体系。氢键可以。如果是色散主导的,优化也应当用3-zeta。优化时不需要弥散
3 6-311+G**这个档,有余力就考虑BSSE,没余力就算了
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发表于 Post on 2017-8-12 08:25:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-12 01:24
1 不如。但相差不太大。色散校正对波函数没影响,对结构也影响很小,对相互作用能精度略有影响
2 看具体 ...

多谢sob老师,如果对一个未知的很可能是弱相互作用的较大体系,再选定研究方法和基组前,如何判断其是否为弱相互作用体系以及是否为色散主导的弱相互作用?
是不是要先用一般常用的方法和基组,如B3LYP/6-31G*优化并计算相互作用能,如果较大不是弱相互作用,如果较小就是弱相互作用?那色散主导又如何判断呢?

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发表于 Post on 2017-8-12 16:52:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-10 22:26
不需要做什么转换啊,gv载入优化的输出文件,然后保存成输入文件,按此帖的说明设定好片段就完了
谈谈 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-8-12 16:59:09 | 只看该作者 Only view this author
老师,想再请教一下,我做的是离子对和水之间的相互作用的BBSE校正,应该设定为两个片段还是三个片段啊?另外还需不需要做离子对的BSSE校正?谢谢老师

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