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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-8-7 19:07:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-5 22:54
上传当前的输入文件

这是我做scan的输入文件 麻烦老师帮我看一下

23-s0-scan.gjf

8.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2017-8-7 21:51:33 | 只看该作者 Only view this author

请教老师关于TDDFT计算中的问题

Sob老师您好,我计算了一个铀络合物紫外光谱,结果计算出错,报错如下

Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Largest valence mixing into a core orbital is  5.00D-01
Largest core mixing into a valence orbital is  2.68D-01
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals.
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l801.exe at Mon Aug  7 21:43:50 2017.
Job cpu time:       0 days  2 hours 15 minutes 12.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    295 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      2


我所用的基组和pp信息如下
C H O N 0
6-31G(d)
****
U 0
S 3 1.00
12098.0820000 0.000102
1833.7573000 0.000771
351.6863200 0.002969
S 1 1.00
104.3142600 1.0
S 3 1.00
60.9058220 0.049868
35.5150860 -0.245313
20.8912270 0.723847
S 1 1.00
10.1846470 1.0
S 1 1.00
2.8518510 1.0
S 1 1.00
1.5316160 1.0
S 1 1.00
0.6162030 1.0
S 1 1.00
0.2794940 1.0
S 1 1.00
0.0572530 1.0
S 1 1.00
0.0234430 1.0
P 5 1.00
2906.8451000 0.000088
694.4005300 0.000732
224.6347900 0.003414
80.5205260 0.011099
24.0802110 0.025216
P 1 1.00
14.0775800 1.0
P 1 1.00
8.2658460 1.0
P 1 1.00
3.4236070 1.0
P 1 1.00
1.7084170 1.0
P 1 1.00
0.6550460 1.0
P 1 1.00
0.2837550 1.0
P 1 1.00
0.1018140 1.0
P 1 1.00
0.0305350 1.0
D 6 1.00
449.0195300 0.000050
156.3569500 0.000322
60.2424390 0.001777
17.7723170 0.025385
10.4543040 -0.089378
3.5834330 0.444799
D 1 1.00
1.7637240 1.0
D 1 1.00
0.7840300 1.0
D 1 1.00
0.2761270 1.0
D 1 1.00
0.0869800 1.0
F 5 1.00
105.2879300 0.000228
35.1011810 0.002308
14.5641380 0.009253
4.6518850 0.136949
2.2559730 0.339801
F 1 1.00
1.0102740 1.0
F 1 1.00
0.4116800 1.0
F 1 1.00
0.1441200 1.0
G 4 1.00
105.2879300 0.000137
35.1011810 0.001831
14.5641380 0.019940
4.6518850 0.110758
G 1 1.00
2.2559730 1.0
G 1 1.00
1.0102740 1.0
****

U 0
ECP60MWB 5 60
H-Komponente
1
2 1.00000000 0.00000000
S-H
1
2 16.41403869 536.51662778
P-H
1
2 9.06055606 169.54492465
D-H
1
2 8.83183198 142.61559837
F-H
1
2 7.01851629 60.39307602
G-H
1
2 12.80408844 -60.12998958

请问应该如何解决,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-7 22:22:48 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-8-7 21:51
Sob老师您好,我计算了一个铀络合物紫外光谱,结果计算出错,报错如下

Defaulting to unpruned grid fo ...

TD里写full
置顶的FAQ里有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-7 22:27:39 | 只看该作者 Only view this author
好好学习 发表于 2017-8-7 19:07
这是我做scan的输入文件 麻烦老师帮我看一下

你用变量方式定义的键长键角之类,但是你输入文件里又没给这些变量赋值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-8-7 22:51:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-7 22:22
TD里写full
置顶的FAQ里有

谢谢老师

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4086#
发表于 Post on 2017-8-8 12:07:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我在用TDDFT做(TD=(Nstates=200))的计算的时候,我的log文件一直出现这样的语句,1.请问这也是一种计算出错吗?
我使用的基组是:


2.我算的分子原子数在70-80个之间。之前做几何优化用的也是def2TZVP基组,那么我算TDDFT,用比它小一点的基组造成的误差会很大吗?
谢谢sob老师解答。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-8 16:58:53 | 只看该作者 Only view this author
沽宁 发表于 2017-8-8 12:07
sob老师您好,我在用TDDFT做(TD=(Nstates=200))的计算的时候,我的log文件一直出现这样的语句,1.请问这 ...


1 不是报错,只不过自动调整设置使得计算得以进行。往往这种提示是因为你给的内存太少,核数又较多,所有核一起并行时内存不够,所以把并行的线程数自动降低了
2 TDDFT激发能计算理应用的基组>=几何优化,用比几何优化反倒更小的基组,道义上说不通。虽然对于有机体系,6-31G*一般也足够给出基本合理结果。
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发表于 Post on 2017-8-8 17:35:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-8 16:58
1 不是报错,只不过自动调整设置使得计算得以进行。往往这种提示是因为你给的内存太少,核数又较多,所 ...

谢谢sob。
还有一个比较牛角尖的疑惑,在gaussian的log文件中。常常会见到这三类语句。第一类
PrRfSu:  requested number of processors reduced to:   8 ShMem   1 Linda.
PrRfSu:  requested number of processors reduced to:   8 ShMem   1 Linda.

第二类:
CalDSu:  requested number of processors reduced to:  15 ShMem   1 Linda.
CalDSu:  requested number of processors reduced to:  15 ShMem   1 Linda.

第三类:
CoulSu:  requested number of processors reduced to:   7 ShMem   1 Linda.
CalDSu:  requested number of processors reduced to:  10 ShMem   1 Linda.(这两个字符串总是交替出现)

求sob。
这三类调整是代表某种含义吗?
这个输出语句在《exploring chemistry with ...》那本书中没有给出解释。
谢谢sob。








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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-8 17:43:13 | 只看该作者 Only view this author
沽宁 发表于 2017-8-8 17:35
谢谢sob。
还有一个比较牛角尖的疑惑,在gaussian的log文件中。常常会见到这三类语句。第一类
PrRfSu:  ...

exploring那本书不可能讲这些跟实际计算紧密相关的细节东西
reduced to后面是几,并行核数就被降到了几
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发表于 Post on 2017-8-8 17:44:03 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请教您一个问题
请问如何获得分子轨道的成分,比如由哪些原子的哪些轨道组成以及份数
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-8 17:49:32 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-8-8 17:44
Sob老师,请教您一个问题
请问如何获得分子轨道的成分,比如由哪些原子的哪些轨道组成以及份数
谢谢老师

谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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发表于 Post on 2017-8-8 17:50:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-7 22:27
你用变量方式定义的键长键角之类,但是你输入文件里又没给这些变量赋值

Sob老师,我按照您说的在TD后面加入full,还是出现同样问题

关键词和基组信息如下

#p pbe1pbe/genecp td(full,nstates=10)

C H O N 0
6-31G(d)
****
U 0
S 3 1.00
12098.0820000 0.000102
1833.7573000 0.000771
351.6863200 0.002969
S 1 1.00
104.3142600 1.0
S 3 1.00
60.9058220 0.049868
35.5150860 -0.245313
20.8912270 0.723847
S 1 1.00
10.1846470 1.0
S 1 1.00
2.8518510 1.0
S 1 1.00
1.5316160 1.0
S 1 1.00
0.6162030 1.0
S 1 1.00
0.2794940 1.0
S 1 1.00
0.0572530 1.0
S 1 1.00
0.0234430 1.0
P 5 1.00
2906.8451000 0.000088
694.4005300 0.000732
224.6347900 0.003414
80.5205260 0.011099
24.0802110 0.025216
P 1 1.00
14.0775800 1.0
P 1 1.00
8.2658460 1.0
P 1 1.00
3.4236070 1.0
P 1 1.00
1.7084170 1.0
P 1 1.00
0.6550460 1.0
P 1 1.00
0.2837550 1.0
P 1 1.00
0.1018140 1.0
P 1 1.00
0.0305350 1.0
D 6 1.00
449.0195300 0.000050
156.3569500 0.000322
60.2424390 0.001777
17.7723170 0.025385
10.4543040 -0.089378
3.5834330 0.444799
D 1 1.00
1.7637240 1.0
D 1 1.00
0.7840300 1.0
D 1 1.00
0.2761270 1.0
D 1 1.00
0.0869800 1.0
F 5 1.00
105.2879300 0.000228
35.1011810 0.002308
14.5641380 0.009253
4.6518850 0.136949
2.2559730 0.339801
F 1 1.00
1.0102740 1.0
F 1 1.00
0.4116800 1.0
F 1 1.00
0.1441200 1.0
G 4 1.00
105.2879300 0.000137
35.1011810 0.001831
14.5641380 0.019940
4.6518850 0.110758
G 1 1.00
2.2559730 1.0
G 1 1.00
1.0102740 1.0
****

U 0
ECP60MWB 5 60
H-Komponente
1
2 1.00000000 0.00000000
S-H
1
2 16.41403869 536.51662778
P-H
1
2 9.06055606 169.54492465
D-H
1
2 8.83183198 142.61559837
F-H
1
2 7.01851629 60.39307602
G-H
1
2 12.80408844 -60.12998958

报错如下
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Largest valence mixing into a core orbital is  4.96D-01
Largest core mixing into a valence orbital is  2.47D-01
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals.
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l801.exe at Tue Aug  8 00:57:36 2017.
Job cpu time:       0 days  2 hours 15 minutes 53.8 seconds.

请问这是怎么回事
谢谢老师麻烦您了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-8 17:54:48 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-8-8 17:50
Sob老师,我按照您说的在TD后面加入full,还是出现同样问题

关键词和基组信息如下

上传压缩后的输入输出文件
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发表于 Post on 2017-8-8 17:54:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-8 17:49
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-8-8 17:57:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-8 17:54
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谢谢老师

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