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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-12 18:55:06 | 只看该作者 Only view this author
xujiazhen 发表于 2017-8-12 16:59
老师,想再请教一下,我做的是离子对和水之间的相互作用的BBSE校正,应该设定为两个片段还是三个片段啊?另 ...

两个
不知道“离子对的BSSE校正”指什么,如果将离子对当做一个整体考虑考察与水的相互作用,显然不需要考虑两个离子之间的BSSE问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-12 19:01:06 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-8-12 08:25
多谢sob老师,如果对一个未知的很可能是弱相互作用的较大体系,再选定研究方法和基组前,如何判断其是否 ...


1 凭化学、理论直觉一看结构就知道
2 这么判断不合理

如果要论证体系中是否存在弱相互作用,直接用像样点的起码能定性描述合理弱相互作用的级别(见 乱谈DFT-D http://sobereva.com/83)优化体系,然后用Multiwfn+VMD绘制RDG填色等值面图(使用Multiwfn图形化研究弱相互作用 http://sobereva.com/68)来说明
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发表于 Post on 2017-8-13 07:50:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-12 19:01
1 凭化学、理论直觉一看结构就知道
2 这么判断不合理

谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2017-8-14 09:48:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问:1. 如果一个分子结构,在基态和激发态优化时需要加入opt=tight int=ultrafine才会正常四个yes并且基于这些结构才会无虚频(频率4个Yes),那么在用Scan进行某些键的扫描以得到势能曲线时,是不是必须加tight严格收敛标准呀(opt=(modredundant,tight) int=ultrafine)?
2. 如果该分子结构,在基态和激发态优化时不需要加入tight就可以,那在扫描势能曲线(Scan)时,是不是也就不需要加入tight了?

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发表于 Post on 2017-8-14 13:19:28 | 只看该作者 Only view this author
大家好。
      我用Gaussian 的scan 作Ser的两个二面角的扫描。具体的输入文件如下所示。
      扫描后,我希望通过newzmat将各个二面角组合对应的gjf文件(输入是chk文件),作下一步的处理。

      我可以得到 12个独立的gjf.但它们都一样,而不是我想要的各种角度下的gjf.

      我觉得应该是step参数的问题,(手册里写的是第N步优化的分子结构),这里是不是说,在第m种角度情况下,作了k步优化,我提出的是第1步的优化的结构?还是应该是其它的理解?
      或是我应该通过其它的方式得到这12个不同的gjf文件,通过脚本从log里提取?如果是,提取哪一部分?
     谢谢。

轮换的命令:
  1. for ((i=1;i<=12;i++))
  2. do
  3.         newzmat -ichk -ocom -step ${i} SER_scan_2d.chk Ser${i}.gjf
  4. done
复制代码



gaussian 输入
  1. % chk=./SER_scan_2d.chk
  2. % nprocshared=8
  3. % mem=8GB
  4. # hf/3-21G geom=connectivity  opt=modredundant

  5. SER min

  6. 0 1
  7. C                       -0.04800000    0.87600000    0.51400000
  8. N                        0.98900000   -0.09200000    0.85900000
  9. C                        1.56300000   -0.98500000    0.02500000
  10. C                        2.83000000   -1.63600000    0.53000000
  11. O                        1.10700000   -1.25700000   -1.06100000
  12. C                       -1.47000000    0.30300000    0.43000000
  13. N                       -1.66600000   -0.76500000   -0.35100000
  14. C                       -2.97800000   -1.35900000   -0.49700000
  15. O                       -2.35800000    0.85500000    1.03300000
  16. H                        1.49200000    0.12200000    1.68900000
  17. H                       -0.08900000    1.55800000    1.34900000
  18. H                       -0.88700000   -1.15800000   -0.83400000
  19. H                        2.86700000   -1.69600000    1.61100000
  20. H                        3.67600000   -1.04800000    0.18800000
  21. H                        2.90900000   -2.62600000    0.10600000
  22. H                       -3.36000000   -1.69700000    0.45900000
  23. H                       -3.68200000   -0.64900000   -0.91200000
  24. H                       -2.89500000   -2.20700000   -1.16400000
  25. C                        0.28300000    1.70700000   -0.72500000
  26. O                        1.50400000    2.35400000   -0.47400000
  27. H                        0.35200000    1.08400000   -1.60600000
  28. H                       -0.51600000    2.42900000   -0.86400000
  29. H                        1.77800000    2.84500000   -1.23500000

  30. 1 6 1.0 2 1.0 11 1.0 19 1.0
  31. 2 3 1.5 10 1.0
  32. 3 4 1.0 5 2.0
  33. 4 14 1.0 15 1.0 13 1.0
  34. 5
  35. 6 7 1.5 9 2.0
  36. 7 8 1.0 12 1.0
  37. 8 16 1.0 17 1.0 18 1.0
  38. 9
  39. 10
  40. 11
  41. 12
  42. 13
  43. 14
  44. 15
  45. 16
  46. 17
  47. 18
  48. 19 20 1.0 21 1.0 22 1.0
  49. 20 23 1.0
  50. 21
  51. 22
  52. 23

  53. D 7 6 1 2 S 3 6.000000
  54. D 6 1 2 3 S 2 9.000000
复制代码


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-14 16:33:35 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-8-14 09:48
sob老师,请问:1. 如果一个分子结构,在基态和激发态优化时需要加入opt=tight int=ultrafine才会正常四个y ...

柔性扫描没必要用tight,毕竟最终也不需要检验有无虚频。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-14 16:45:46 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-14 13:19
大家好。
      我用Gaussian 的scan 作Ser的两个二面角的扫描。具体的输入文件如下所示。
      扫描后 ...


用gview打开柔性扫描的输出文件,切换一帧保存一次就行。
也可以在输出文件里搜 Optimization completed,没找到一次提取一次与之相邻的结构输出
.fch文件里也有每一步限制性优化完的结构,直接从里面提也可以,搜索Opt point
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发表于 Post on 2017-8-14 22:32:07 | 只看该作者 Only view this author
请问算单点能的时候关键词加TD与不加TD有什么区别?计算S1与T1之间的MECP点的单点能的时候需不需要加TD?

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发表于 Post on 2017-8-14 23:20:57 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,1.误将计算中的gaussian程序关闭了,是不是可以直接拿check文件另存后直接续算,或者out文件也可以吧。谢谢老师的解答。
2. 双自由基的形成过程算单重电子态,不知道如何入手,对这篇博文不是很理解谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态http://sobereva.com/82,老师可以提供一些基础点的参考资料吗,谢谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 00:10:57 | 只看该作者 Only view this author
旺旺雪饼 发表于 2017-8-14 22:32
请问算单点能的时候关键词加TD与不加TD有什么区别?计算S1与T1之间的MECP点的单点能的时候需不需要加TD?


如果你用0 1,算S1显然要加,要不然得到的是S0

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 00:12:43 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2017-8-14 23:20
请问老师,1.误将计算中的gaussian程序关闭了,是不是可以直接拿check文件另存后直接续算,或者out文件也可 ...

1 可
2 没有比这篇博文更浅显易懂的相关文章了
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发表于 Post on 2017-8-15 08:07:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-14 16:45
用gview打开柔性扫描的输出文件,切换一帧保存一次就行。
也可以在输出文件里搜 Optimization complet ...

谢谢sob.
01.因为构象有点多,方式1没法实现。
02.暂时尝试以这种方式实现。
03.我用formchk 得到.fch文件。却没找到Opt point对应的坐标的信息。

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发表于 Post on 2017-8-15 09:36:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,谢谢。另外还有问题请教:
1. 找到过渡态进行IRC时,得到的正负坐标中,正坐标对应的一定是产物,负坐标一定是反应物吗?
2. 如果在IRC中分别写入了forward和reverse,那forward对应的是1中的正坐标,reverse对应的是1中的负坐标?
3. forward任务得到的一定是产物,reverse得到的一定是反应物吗?
4. IRC需要一定扫描到极小点吗,还是只要验证了是反应物和产物的趋势就行?有时IRC点数正好是自己设定的maxpoints,可能在这个点数时还没有到达极小值

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发表于 Post on 2017-8-15 09:42:26 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,关于gaussian09的pop关键词的问题,
1.用了pop=NPA产生的NPA会不会把chk中普通的分子轨道替换掉,这样用这个chk是不是画不了普通的分子轨道了?
2.pop=nbo、pop=savenbo两个关键词是否有区别?他们与pop=nboread有什么区别?这三者是不是也会替换掉chk中的普通的分子轨道?
3.什么情况下必须使用pop=full关键词?

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发表于 Post on 2017-8-15 11:27:40 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,1. 为了确定一条反应路径,初猜的话用TS方法一般是从R与P之间找TS,还是从R与某个中间体开始找TS,再通过中间体与产物之间寻找可能的TS。但如果是从R与P直接找TS,那与QST2就没啥区别了吧。我应该用怎样的方法确定一条反应路径呢?
2. 我通过TS方法初猜找了两个过渡态,确实只有一个虚频,但只有-120左右……走IRC连接的两端确实是连接的不同的结构。不知道是不是TS定位不够准确。虚频为什么会这么低呢?感谢卢老师的解答。

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