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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-8-16 09:04:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问:我在进行IRC时,在零坐标上有两个点,其中一个是异常点。这是什么原因导致的,如何才能避免这个现象?另外,这样的IRC图可以用吗?

图片1.tif

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发表于 Post on 2017-8-16 10:12:08 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-8-15 23:50
这不是ECD,就是普通的优化+频率。
没报错等着,这一步时间就是比较长。如果任务已经消失了考虑其他外力因 ...

抱歉,没有注意到这个问题,下次会好好注意
谢谢您的帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-16 12:47:24 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-8-16 09:04
sob老师,请问:我在进行IRC时,在零坐标上有两个点,其中一个是异常点。这是什么原因导致的,如何才能避免 ...


要么没跑完你就看结果了,要么中途报错停止了
IRC正常跑完结束了就不会有这个问题了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-16 12:48:43 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2017-8-16 03:07
我在CCDC下载了几个有机晶体的cif文件。为了方便比较,希望晶体的ab平面统一起来。请问有什么方法可以旋转 ...

不属于量化问题,请到第一性原理板块讨论
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发表于 Post on 2017-8-16 14:39:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 meatball1982 于 2017-8-16 14:44 编辑

sob:
    你好。这是你的图片:

这是我的图片:


    我的ser有23个原子。根据你给的Opt point下面的数据,实在是看不出来如何提取对应的扫描的构象。
    我看了gaussian的手册,只有formchk的帮助,但fchk的格式,暂时是没有找到的。



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-16 14:59:55 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-16 14:39
sob:
    你好。这是你的图片:

每步opt point下面的一堆数字是这一步限制性优化里每一步的所有坐标。23个原子就有69个笛卡尔坐标,因此这一步有897/69=13步,故提取最后输出的69个值就行了。
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发表于 Post on 2017-8-16 15:09:14 | 只看该作者 Only view this author
大家好。
     是关于2D扫描的问题。
     我要扫描一个Ser的2个二面角。作的是relax  scan。 每次在一组二面角组合下,固定这两个二面角,作优化,算单点。
     多得到的2D能量面与我想像的不一样。
     我通过MD的增强采样,得到两个二面角中的所有的点。     图3是高斯scan的能量。


     我的理解,应该是图3的形状应该和图2差不多(虽然不可能完全一样,但变化的趋势应该是一样的),但现在,完全不是。
    我的问题是,
    01.是我的2D扫描作的不对吗?Normal结束的。
    02.是我的理解不对吗?是不是应该能量小的,出现的概率要大。

我的输入如下 。

通过
D 7 6 1 2 F
D 6 1 2 3 F
D 7 6 1 2 S 50 7.200000
D 6 1 2 3 S 40 9.000000
固定二面角和进行扫描。




  1. % chk=./SER_scan_fix_2d.chk
  2. % nprocshared=8
  3. % mem=8GB
  4. # hf/3-21G geom=connectivity  opt=modredundant

  5. SER min

  6. 0 1
  7. C                       -0.04800000    0.87600000    0.51400000
  8. N                        0.98900000   -0.09200000    0.85900000
  9. C                        1.56300000   -0.98500000    0.02500000
  10. C                        2.83000000   -1.63600000    0.53000000
  11. O                        1.10700000   -1.25700000   -1.06100000
  12. C                       -1.47000000    0.30300000    0.43000000
  13. N                       -1.66600000   -0.76500000   -0.35100000
  14. C                       -2.97800000   -1.35900000   -0.49700000
  15. O                       -2.35800000    0.85500000    1.03300000
  16. H                        1.49200000    0.12200000    1.68900000
  17. H                       -0.08900000    1.55800000    1.34900000
  18. H                       -0.88700000   -1.15800000   -0.83400000
  19. H                        2.86700000   -1.69600000    1.61100000
  20. H                        3.67600000   -1.04800000    0.18800000
  21. H                        2.90900000   -2.62600000    0.10600000
  22. H                       -3.36000000   -1.69700000    0.45900000
  23. H                       -3.68200000   -0.64900000   -0.91200000
  24. H                       -2.89500000   -2.20700000   -1.16400000
  25. C                        0.28300000    1.70700000   -0.72500000
  26. O                        1.50400000    2.35400000   -0.47400000
  27. H                        0.35200000    1.08400000   -1.60600000
  28. H                       -0.51600000    2.42900000   -0.86400000
  29. H                        1.77800000    2.84500000   -1.23500000

  30. 1 6 1.0 2 1.0 11 1.0 19 1.0
  31. 2 3 1.5 10 1.0
  32. 3 4 1.0 5 2.0
  33. 4 14 1.0 15 1.0 13 1.0
  34. 5
  35. 6 7 1.5 9 2.0
  36. 7 8 1.0 12 1.0
  37. 8 16 1.0 17 1.0 18 1.0
  38. 9
  39. 10
  40. 11
  41. 12
  42. 13
  43. 14
  44. 15
  45. 16
  46. 17
  47. 18
  48. 19 20 1.0 21 1.0 22 1.0
  49. 20 23 1.0
  50. 21
  51. 22
  52. 23

  53. D 7 6 1 2 F
  54. D 6 1 2 3 F
  55. D 7 6 1 2 S 50 7.200000
  56. D 6 1 2 3 S 40 9.000000
复制代码



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发表于 Post on 2017-8-16 15:31:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-16 14:59
每步opt point下面的一堆数字是这一步限制性优化里每一步的所有坐标。23个原子就有69个笛卡尔坐标,因此 ...

感谢sob的详细回复,现在明白了,正在尝试。

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发表于 Post on 2017-8-16 15:52:45 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-16 15:09
大家好。
     是关于2D扫描的问题。
     我要扫描一个Ser的2个二面角。作的是relax  scan。 每次在一组 ...

hf/3-21G 这个级别做柔性扫描??这个级别太差了吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-17 02:06:53 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-16 15:09
大家好。
     是关于2D扫描的问题。
     我要扫描一个Ser的2个二面角。作的是relax  scan。 每次在一组 ...


先把计算级别用个稍微靠谱的,然后如果不符再考虑别的原因。
HF/3-21G的结果完全没法用,甚至对当前问题还不如用PM6D3这样的半经验方法好
当前情况比较建议用M06-2X,基组至少6-311G**(如果条件好的话,用def2-TZVP)

另外,写
D 7 6 1 2 F
D 6 1 2 3 F
是多余的
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发表于 Post on 2017-8-17 10:05:43 | 只看该作者 Only view this author

IRC往产物方向走不收敛问题

Sob老师好,我找到过渡态验证是否合理,因为暑假计算资源还可以,想走精准的IRC曲线,但是往产物方向一直出现不收敛现象,请问怎么解决呢?

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发表于 Post on 2017-8-17 10:22:48 | 只看该作者 Only view this author
解决SCF不收敛问题的方法
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发表于 Post on 2017-8-17 11:12:31 | 只看该作者 Only view this author
请问各位,单原子双金属的分离能是否是结合能的2倍?(如Ag2的DE与Eb的关系)  VIP的计算是否是在基态的基础上改变电荷和自旋,并在关键词上加Nosymm?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-17 12:45:15 | 只看该作者 Only view this author
weizheng007 发表于 2017-8-17 11:12
请问各位,单原子双金属的分离能是否是结合能的2倍?(如Ag2的DE与Eb的关系)  VIP的计算是否是在基态的基 ...

量化里没有“分离能”这种概念,要么说解离能,要么说结合能,除非你给出明确定义,有了定义自然而然就清楚了。
根本就不需要加nosymm,看此文了解这是干嘛的
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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发表于 Post on 2017-8-17 12:45:54 | 只看该作者 Only view this author
针对列举的这幅图,文献中说Ni和苯环中的2号碳原子之间有成键作用,原文:a nickel (II)-aryl bongding interaction is formed between the π (pai) orbital of the aryl group and the empty d orbital of the nickel (II) center.怎么分析,用什么分析就可以知道这二者之间存在相互作用啊。谢谢老师!

360截图20170817120221354.jpg (244.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

360截图20170817120221354.jpg

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