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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-8-15 11:36:06 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-8-15 09:36
sob老师,谢谢。另外还有问题请教:
1. 找到过渡态进行IRC时,得到的正负坐标中,正坐标对应的一定是产物 ...

我说一下对第三个问题的见解。IRC中的forward和reverse只是由TS出发向振动模式的两个“不同”方向寻找势能面上的最稳定点。fowward不一定是向前倒产物,reverse不一定是向后倒反应物。forward与reverse只是指向两个不同的方向而已。过渡态其实没有定语,R,P,TS都是人为定义的含义。
自己决定自己的DNA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 12:03:13 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-15 08:07
谢谢sob.
01.因为构象有点多,方式1没法实现。
02.暂时尝试以这种方式实现。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 12:04:36 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-8-15 09:36
sob老师,谢谢。另外还有问题请教:
1. 找到过渡态进行IRC时,得到的正负坐标中,正坐标对应的一定是产物 ...

1 否,高斯没法判断哪边是实际的反应物和产物,只不过是按照特定的算法判断而已
2 是
3 否
4 对于验证TS找没找对的目的,默认点数一般就够了,不需要跑完整
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 12:05:55 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-8-15 09:42
请问sob老师,关于gaussian09的pop关键词的问题,
1.用了pop=NPA产生的NPA会不会把chk中普通的分子轨道替 ...


1 不会。pop=saveNLMO、pop=saveNBO才会分别把NLMO、NBO替换掉chk里的MO
2 saveNBO做完了NBO分析后还把NBO轨道存到chk里。nboread代表做pop=nbo的时候从输入文件末尾读取额外的传递给NBO的关键词
3 不知道什么时候用就别用。一般没必要用。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 12:25:03 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2017-8-15 11:27
请问Sob老师,1. 为了确定一条反应路径,初猜的话用TS方法一般是从R与P之间找TS,还是从R与某个中间体开始 ...

对于非基元反应,肯定是从R或P与与之相连的最近的中间体来找TS。一步一步去把整个路径涉及的所有中间体和TS慢慢耐心找出来。非基元反应根本没法用QST2/3。
既然IRC连接的不是你要的中间体或R/P,那显然这个过渡态不是你要研究的那个过渡态,直接无视。
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发表于 Post on 2017-8-15 13:34:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-15 12:05
1 不会。pop=saveNLMO、pop=saveNBO才会分别把NLMO、NBO替换掉chk里的MO
2 saveNBO做完了NBO分析后还 ...

多谢sob老师,也就是pop=nbo是做nbo分析结果在log文件体现,结果不会存在chk文件里;而pop=savenbo是做nbo分析结果不仅在log文件体现,也会同时存到chk文件里,可以这样理解吗?

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发表于 Post on 2017-8-15 20:30:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,如何将一个完整的分子结构一部分用棍状模型,另一部分结构用球棍模型来表示呢?试过chem3D2004版,没能成功

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 20:32:16 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-8-15 13:34
多谢sob老师,也就是pop=nbo是做nbo分析结果在log文件体现,结果不会存在chk文件里;而pop=savenbo是做nb ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 20:33:13 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-8-15 20:30
sob老师,如何将一个完整的分子结构一部分用棍状模型,另一部分结构用球棍模型来表示呢?试过chem3D2004版 ...

VMD就可以,graphics-representation里建立两个rep,不同选区,不同显示方式
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发表于 Post on 2017-8-15 20:37:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-15 20:33
VMD就可以,graphics-representation里建立两个rep,不同选区,不同显示方式

感谢老师

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发表于 Post on 2017-8-15 22:28:17 | 只看该作者 Only view this author

ECD计算出错

计算ECD时,出现问题,头好大。。。
输入文件:
%nprocshared=32
%mem=8GB
#p opt freq b3lyp/6-31+g(d,p) scrf=(solvent=methanol) geom=connectivity

compd5-sybylm-spasea4-opt4

0 1
C                 -4.02146500    1.32922800    0.39639600
C                 -3.67301200    2.63986000    0.07053800
C                 -2.34661400    2.96114700   -0.17136000
C                 -1.36224900    1.92969000   -0.14764800
。。。。。。

输出文件:
。。。。。。
。。。。。。
最后是这样的
FoFCou: FMM=T IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           1
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=       0 IOpCl=  0
         NMat0=   57 NMatS0=   57 NMatT0=    0 NMatD0=   57 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           0 NGrid=           0.
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC:   9
          There are   228 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
    228 vectors produced by pass  0 Test12= 1.03D-13 1.00D-09 XBig12= 4.55D+02 1.08D+01.
AX will form    57 AO Fock derivatives at one time.
没有出现normal termination.

具体的输入和输出文件见附件。

搞不明白这是怎么回事儿,请大神不吝赐教,十分感谢






输出文件1.log

1.29 MB, 下载次数 Times of downloads: 6

ECD输入文件

输入文件1.gjf

5.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

ECD输入文件

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发表于 Post on 2017-8-15 22:43:57 | 只看该作者 Only view this author
没有出错吧,是不是进程还在算?

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发表于 Post on 2017-8-15 23:50:17 | 只看该作者 Only view this author
这不是ECD,就是普通的优化+频率。
没报错等着,这一步时间就是比较长。如果任务已经消失了考虑其他外力因素。
非特殊情况不要用黑体加粗大字号,尤其加粗的还不是重点,这和开会的时候拍桌子咆哮没什么区别。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-16 00:45:32 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-8-15 23:50
这不是ECD,就是普通的优化+频率。
没报错等着,这一步时间就是比较长。如果任务已经消失了考虑其他外力因 ...

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发表于 Post on 2017-8-16 03:07:14 | 只看该作者 Only view this author
我在CCDC下载了几个有机晶体的cif文件。为了方便比较,希望晶体的ab平面统一起来。请问有什么方法可以旋转坐标轴吗?

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