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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-17 12:46:56 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-8-17 12:45
针对列举的这幅图,文献中说Ni和苯环中的2号碳原子之间有成键作用,原文:a nickel (II)-aryl bongding int ...

用Multiwfn直接算个Mayer键级就足够说明了
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发表于 Post on 2017-8-17 13:01:13 | 只看该作者 Only view this author
如何计算一个分子中化学键的键能?如图所示,a,b,c,d 四个位置的化学键断裂,其键能如何计算?

duanjian.jpg (96.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

duanjian.jpg

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发表于 Post on 2017-8-17 13:34:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 meatball1982 于 2017-8-17 13:48 编辑
冰释之川 发表于 2017-8-16 15:52
hf/3-21G 这个级别做柔性扫描??这个级别太差了吧

已经b3lyp,花的时间比之前多很多,但是通用,不和冰释之川客气了。

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发表于 Post on 2017-8-17 13:48:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-17 02:06
先把计算级别用个稍微靠谱的,然后如果不符再考虑别的原因。
HF/3-21G的结果完全没法用,甚至对当前问 ...

我可能扫的点有点多,6-311G**的话,可能很花时间。
我的思路是从现在这个构象分四个方向同时作四次扫描。
但M062X/6-311G**很可能是短时间搞不完。
01.有没有可能设置不同的初始角度,以更加多的小块进行扫描(这个初始的角度对应的构象要手动设置?)。
02.优化用低一点的,单点用高一些的基组。这样会不会更加省时些。



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-17 22:14:10 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-8-17 13:01
如何计算一个分子中化学键的键能?如图所示,a,b,c,d 四个位置的化学键断裂,其键能如何计算?

片段能量和减去整体能量
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-17 22:15:15 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-17 13:48
我可能扫的点有点多,6-311G**的话,可能很花时间。
我的思路是从现在这个构象分四个方向同时作四次扫 ...

1 看不明白意思
2 可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-8-18 09:15:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-17 22:15
1 看不明白意思
2 可以


我扫描2D面时,
通过
  1. D 7 6 1 2 S 50 7.200000
  2. D 6 1 2 3 S 40 9.000000
复制代码
扫描的是上图中的红色部分。初始的phi,psi是(-50,-40)

我现在想将2D面分成下图中的各个小的红色的块。分别进行扫描。
  1. D 7 6 1 2 S 3 7.200000
  2. D 6 1 2 3 S 2 9.000000
复制代码

这只是扫一个小块,

其它的小块的初始,
如果还是(-50,-40),那S 3 7.200000 这部分不好设置。
如果不是(-50,-40),是对应的小方块的左下角,那构象就不是最一开始的那个了,这时是需要手动设置吗?
如果分的小块比较多,如何实现,用论坛里提的gentor实现吗?



         

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-18 13:02:16 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-18 09:15
我扫描2D面时,
通过
扫描的是上图中的红色部分。初始的phi,psi是(-50,-40)

如果用较老的G09(C.01之前的),可以直接在扫描设定的时候设定相应变量初值。每次扫描的输入文件自动改初值即可。

如果必须用较新的G09或G16,那可以考虑借用gentor产生相应二面角的结构。

另外,柔性扫描实际上可以在内坐标下做,此时可以设置初值,例如
#p pm6 opt=z-matrix

Title Card Required

0 1
O
H 1 B
H 1 B 2 A

A=90.0 S 4 10.0
B=0.95
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发表于 Post on 2017-8-18 20:26:56 | 只看该作者 Only view this author
如图所示,如何修改播放中间体时的速度?谢谢老师!

sudu.jpg (3.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

sudu.jpg

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发表于 Post on 2017-8-18 20:29:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-17 22:14
片段能量和减去整体能量

需要区分异裂和均裂吗?还有多重度?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-18 22:12:36 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-8-18 20:29
需要区分异裂和均裂吗?还有多重度?


均裂和异裂的键能不同,怎么设看具体情况、要考察的断裂方式
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lufenghxu 发表于 2017-8-18 20:26
如图所示,如何修改播放中间体时的速度?谢谢老师!

gv6的话preference里面有move,animation的分类,里面可以设frame delay。gv5不行
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发表于 Post on 2017-8-19 10:56:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-17 02:06
先把计算级别用个稍微靠谱的,然后如果不符再考虑别的原因。
HF/3-21G的结果完全没法用,甚至对当前问 ...

@sob,@冰释 and 各位大大。
之前我用hf/3-21G对Ser的二面角进行了扫描。
大家的意见是方法和基组太低。
我现在用m062x和b3lyp分别作了relax scan。
得到的能量的面与采样得到的面(下层的两个图)。
似乎还是无法和采样的面对应。
我的理解,采样能量低的位置对应的构象,只是出现的概率大,但不一定是对应二个面角对应的能量最低的,但扫描时,得到的构象,如果优化没问题,一定是能量最低的。
即使如此,下面的两个图和右上的图还是差的太大。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-19 11:33:32 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-19 10:56
@sob,@冰释 and 各位大大。
之前我用hf/3-21G对Ser的二面角进行了扫描。
大家的意见是方法和基组太低 ...

如果确认扫描角度设置什么的都没错,那就是两种情况可比性问题了,不知道你怎么采样的,不过肯定牵扯到更多因素。
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发表于 Post on 2017-8-19 11:49:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-19 11:33
如果确认扫描角度设置什么的都没错,那就是两种情况可比性问题了,不知道你怎么采样的,不过肯定牵扯到更 ...

采样是ser在水盒子里,通过 metadynamics,使用gromacs进行的。将得到的轨迹统计在2D空间中,各个二面角出现的概率。
通过概率画上层的图。

而scan是没有水的影响的。
这个会不会是一个很大的影响因素。

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