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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-8-21 10:41:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-21 09:40
1 都行。单位不同,而且一个标准朝向一个输入朝向的
2 前者
3 否

多谢sob老师,对于DFT任何方法对基态的优化、频率、过渡态的计算,以下情况如有溶剂、弥散校正、混合基组、外加电场,体系的电子能量是否都读l9999后的总结输出信息中的“HF=”?

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发表于 Post on 2017-8-21 20:31:26 | 只看该作者 Only view this author

gaussian分子说明

各位大大们,gaussian分子说明中坐标后面的八行数字是什么意思(下图绿色字体)?感激不尽!
C                  0.00000000   -0.00000000   -1.23100150
N                  0.00000000   -0.00000000    0.03154003
N                  0.98946053   -1.14110995   -0.91241075
H                  0.00000000   -0.00000000   -2.32100157
H                 -0.98888195   -1.70972386    0.22657287
C                 -0.07225101   -1.44633758   -0.30117270
O                  1.96346054   -0.89785464   -1.48199024
O                 -0.00000000    0.00000000    1.18577879

1 2 2.0 4 1.0
2 8 2.0
3 7 2.0 6 2.0
4
5 6 1.0
6
7
8

Title Card Required

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
N                  0.00000000    0.00000000    1.20016989
N                  0.00000000    0.00000000   -1.20016989
H                  0.00000000    0.00000000    2.18396473
H                  0.00000000    0.00000000   -2.18396473
C                 -0.42602581   -0.95707455   -0.19508241
O                  0.83237419   -0.95707455   -0.19508241
O                 -1.68442581   -0.95707455   -0.19508241

1 2 2.0 3 2.0
2 4 1.0
3 5 1.0
4
5
6 7 2.0 8 2.0
7
8

transition state-HCNO HCNO.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-21 21:01:02 | 只看该作者 Only view this author
unforgivable 发表于 2017-8-21 20:31
各位大大们,gaussian分子说明中坐标后面的八行数字是什么意思(下图绿色字体)?感激不尽!
C            ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-21 21:01:48 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-8-21 10:41
多谢sob老师,对于DFT任何方法对基态的优化、频率、过渡态的计算,以下情况如有溶剂、弥散校正、混合基组 ...


那叫色散校正不叫弥散校正
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-21 21:02:52 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-8-21 09:47
2 已优化结构的分子未考虑溶剂化效应,现在想做一个考虑溶剂化效应的,可以直接用已优化无溶剂效应的分子 ...

溶剂效应对分子结构影响是否显著看具体体系
整体带净电荷的,或者局部带显著电荷的,优化时强烈建议带溶剂模型,否则可能定性错误。其它情况,带不带溶剂模型优化出的结构差不太多,差异只是定量层面的。
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发表于 Post on 2017-8-22 10:01:51 | 只看该作者 Only view this author
之前参加科音基础量子化学培训班时,sob老师讲到网页上可以下载引用gaussian所需的endnote文件,但是现在这个网页打开找不到了,现在想下载所需的endnote文件该在哪找?

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发表于 Post on 2017-8-22 16:03:23 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,charge density difference与electron density difference是一样的吗?如果一样用哪个好些?

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发表于 Post on 2017-8-22 20:19:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-8-22 20:58 编辑

老师您好,请教一个问题.
静态相关很强的体系,如果不用多参考方法,而只用基于HF的单参考方法,但计算级别为Fulll CI/CBS ,或者是考虑了无穷阶校正的微扰, 那结果也仍旧是不准确的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-22 21:25:33 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-8-22 16:03
请问sob老师,charge density difference与electron density difference是一样的吗?如果一样用哪个好些?


量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-22 21:26:47 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-8-22 20:19
老师您好,请教一个问题.
静态相关很强的体系,如果不用多参考方法,而只用基于HF的单参考方法,但计算级别为F ...

准确。因为此时等于在有限基组下严格求分子解薛定谔方程,此时静态动态相关全都准确考虑了
低阶CI的静态相关考虑程度很低,但是做到很高阶的时候,等价于把静态相关也考虑了进去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-22 21:29:45 | 只看该作者 Only view this author
旺旺雪饼 发表于 2017-8-22 10:01
之前参加科音基础量子化学培训班时,sob老师讲到网页上可以下载引用gaussian所需的endnote文件,但是现在这 ...

这里有endnote文件
http://gaussian.com/citation/
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发表于 Post on 2017-8-22 21:48:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-22 21:26
准确。因为此时等于在有限基组下严格求分子解薛定谔方程,此时静态动态相关全都准确考虑了
低阶CI的静态 ...

谢谢sob老师!
那我是不是可以理解为: 基于MCSCF的多参考方法的存在意义在于,达到相似精度所需要的代价比单参考方法低,更有效率?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-22 22:06:06 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-8-22 21:48
谢谢sob老师!
那我是不是可以理解为: 基于MCSCF的多参考方法的存在意义在于,达到相似精度所需要的代价比 ...


对于静态相关强的体系,是这样。
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发表于 Post on 2017-8-22 22:09:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-22 22:06
对于静态相关强的体系,是这样。

感谢老师!!

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真 掘墓者

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发表于 Post on 2017-8-22 23:53:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kyuu 于 2017-8-23 00:22 编辑

考虑混合溶剂效应对分子结构的影响,AB两种溶剂,实践中有没有说若其中一种微量,当溶剂比大于多少可以忽略掉微量溶剂?
例如:水:甲醇=4:1不可忽略,一堆水加一滴甲醇用纯水做?
如果可以用线性计算后的混合溶液eps变化来衡量的话,用精确到小数点后的第几位数值来衡量显著变化?
epsinf是动态数据,有地方查吗?朗氏手册和Gaussian都没给,Gaussian里有存SMD默认参数的文件是可以打开查看的吗
圣诞刨坟忙

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