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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-19 13:58:58 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-8-19 11:49
采样是ser在水盒子里,通过 metadynamics,使用gromacs进行的。将得到的轨迹统计在2D空间中,各个二面角 ...

可能是
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发表于 Post on 2017-8-20 10:30:19 | 只看该作者 Only view this author
想计算S1态和T1态的能量差,(1)用Gaussview打开输出文件,summary-results里面有个能量。(2)输出文件从下往上搜索关键词HF,也有一个能量
请问这两个能量应该用哪个?有什么区别?    谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-20 14:03:05 | 只看该作者 Only view this author
旺旺雪饼 发表于 2017-8-20 10:30
想计算S1态和T1态的能量差,(1)用Gaussview打开输出文件,summary-results里面有个能量。(2)输出文件从 ...


不要管gview,永远都不要用gview读取能量
怎么取看你当前的任务用的关键词、想获得什么能量
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发表于 Post on 2017-8-20 15:33:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-20 14:03
不要管gview,永远都不要用gview读取能量
怎么取看你当前的任务用的关键词、想获得什么能量

当前任务是分别优化了S1态和T1态,关键词是#p opt freq b3lyp/6-31g* ,想分别读取S1态的能量和T1态的能量,计算两者的差。该怎么获得能量?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-20 15:37:59 | 只看该作者 Only view this author
旺旺雪饼 发表于 2017-8-20 15:33
当前任务是分别优化了S1态和T1态,关键词是#p opt freq b3lyp/6-31g* ,想分别读取S1态的能量和T1态的能 ...

光用这一个关键词不可能同时得到S1和T1的能量
而且要说明用的自旋多重度是几
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发表于 Post on 2017-8-20 16:16:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kyuu 于 2017-8-20 16:27 编辑

小基组优化完换大基组时,是不是换基组继续算guess=read geom=allcheck就可以
聚合物的红外光谱是只能用特定基组还是按正常红外计算就可以
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发表于 Post on 2017-8-20 16:28:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-20 15:37
光用这一个关键词不可能同时得到S1和T1的能量
而且要说明用的自旋多重度是几

我是分别算了S1和T1,两个输出文件,这个关键词算的是S1态的,算T1态用的是#p opt td(triplet,root=1) freq b3lyp/6-31g* ,我该怎么提取能量比较他们两个的差?

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发表于 Post on 2017-8-20 22:37:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有个问题想请教您一下:
若采用分子表面静点势分析(我做的是ESP填色图)以分析体系的活性位点,是否适用于阴、阳离子体系呢?
之所以有此疑问,是因为我最近对一个+2的体系做ESP图时发现,几乎看不到红色(即负电势)的区域,而全是正电势区。
第一次对离子体系做此分析,因此感觉有些疑惑。
麻烦老师了!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-20 23:50:40 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-8-20 16:16
小基组优化完换大基组时,是不是换基组继续算guess=read geom=allcheck就可以
聚合物的红外光谱是只能用特 ...


照常算红外即可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-20 23:51:41 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-8-20 22:37
sob老师,有个问题想请教您一下:
若采用分子表面静点势分析(我做的是ESP填色图)以分析体系的活性位点, ...

原理上也可以用。此时你得找分子表面上ESP的相对极小、极大点,适当调节色彩刻度上下限,或者用Multiwfn的定量分子表面分析功能来得到

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-20 23:53:12 | 只看该作者 Only view this author
旺旺雪饼 发表于 2017-8-20 16:28
我是分别算了S1和T1,两个输出文件,这个关键词算的是S1态的,算T1态用的是#p opt td(triplet,root=1) fr ...


#p opt freq b3lyp/6-31g*结合0 1得到的是S0的信息,和S1毫无联系。怎么算S1看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314

#p opt td(triplet,root=1) freq b3lyp/6-31g* 结合0 1,取最后一次输出的激发能中的最低的triplet态的能量就是T1极小点下T1的能量
优化T1态强烈不建议用TDDFT,比用UKS耗时高得多,这点上面博文里说了。
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发表于 Post on 2017-8-21 08:41:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问 g09输出log文件问题。
1.log文件读取偶极矩是看“Dipole moment (field-independent basis, Debye)”下面那个,还是l9999后的总结输出信息中的“Dipole=”,数据不一样。
2.Mulliken电荷是读取“Mulliken charges:”还是“Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:”?
3.不论什么方法基组、计算类型,体系电子能量都读l9999后的总结输出信息中的“HF=”?

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发表于 Post on 2017-8-21 09:38:38 | 只看该作者 Only view this author
考虑混合溶剂化效应,只需要把混合溶剂的eps线性组合,不需要考虑其他任何参数?
考虑溶剂中的分子构型,是用已优化后的分子用smd再做一次opt,还是用未优化之前的做好?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-21 09:40:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-8-21 08:41
sob老师,请问 g09输出log文件问题。
1.log文件读取偶极矩是看“Dipole moment (field-independent basis, ...

1 都行。单位不同,而且一个标准朝向一个输入朝向的
2 前者
3 否
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-21 09:41:42 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-8-21 09:38
考虑混合溶剂化效应,只需要把混合溶剂的eps线性组合,不需要考虑其他任何参数?
考虑溶剂中的分子构型, ...

1 需要epsinf时,epsinf也应当线性组合。
2 意义不明
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