简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-11 07:11:38

lufenghxu 发表于 2017-9-10 21:15
老师您好。我优化一个分子结构，优化结束后得到5.log文件，然后我用5.log的结构保存为55.gjf去计算freq等性 ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

dingniu2 · 发表于 Post on 2017-9-11 09:19:08

请问sob老师，gaussian09做bsse时，如何知道复合物坐标中哪些原子是片段1的哪些是片段2的？如何在每个原子坐标后标注片段1还是片段2，是手动输入还是gview可以操作？

阳光总在风雨后 · 发表于 Post on 2017-9-11 09:32:20

优化构型时当介电常数为3时，那么优化构型的命令怎么来表示这个介电常数呐？附上一张图片这里面就是介电常数为3时，调节长程校正泛函的w

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-9-11 09:47:53

阳光总在风雨后 · 发表于 Post on 2017-9-11 09:52:57

非常感谢！

huaxuewuli · 发表于 Post on 2017-9-11 14:45:04

老师好，我想请问一下，我之前优化和计算频率用这个input文件是正常的也就是那个opt freq文件，之后想查看一下这个分子的红外光谱，查看说明书更改了关键词freq[=Anharmonic]，用gaussian计算出现错误如图，请问我应该怎么修改去计算红外光谱？谢谢各位老师！

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-9-11 14:47:51

使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224

ABetaCarw · 发表于 Post on 2017-9-11 15:41:33

freq[=Anharmonic] ??????大兄弟，你知道自己在做什么要做什么吗？
还有你一开始顺利进行的freq是做什么的，总要有个目的的吧。你freq完成后有没有用GV打开输出文件查看一下比如看一下振动然后点一下spectrum……

火烈鸟小唐 · 发表于 Post on 2017-9-11 15:49:49

卡开发发发表于 2017-9-8 17:48
Tools->Vibrational Analysis->Options->Project out zero freq modes勾选之后重新分析，看看是否还有虚 ...

勾选这个后，通过Vibrational Analysis然后计算，是没有虚频了。但是这样操作只是把转动模式和平动模式投影掉了，但是结果还是和原来一样，存在虚频，只是隐藏了吧。
回复的时间有点不及时，不好意思，临近开学事情有点多。

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-9-11 16:04:36

火烈鸟小唐发表于 2017-9-11 15:49
勾选这个后，通过Vibrational Analysis然后计算，是没有虚频了。但是这样操作只是把转动模式和平动模式投 ...

通过Vibrational Analysis然后计算，是没有虚频了。但是这样操作只是把转动模式和平动模式投影掉了，但是结果还是和原来一样，存在虚频，只是隐藏了吧。

那么投影之后显示的结果到底是有虚频还是没有虚频呢？如果投影后Analysis显示没有虚频可以认为没有虚频，并非被隐藏。一般分子振动自由度只有3N-6,（线性为3N-5），剩下的那些自由度根本都不是振动自由度。

huaxuewuli · 发表于 Post on 2017-9-11 16:26:33

ABetaCarw 发表于 2017-9-11 15:41
freq[=Anharmonic] ??????大兄弟，你知道自己在做什么要做什么吗？
还有你一开始顺利进行的freq是做什 ...

当然有目的啦，我只是想看看硝基苯的红外光谱，看下软件和实验的差别多大，之前已经比对过过渡态和基态的频率了。我已经说过是从gaussian手册上查的关键词，我就是想测红外光谱，但是呢，不知道怎么去用关键词，请教一下，我应该怎么调用关键词去测红外光谱？我的关键词有什么问题吗？

火烈鸟小唐 · 发表于 Post on 2017-9-11 16:33:34

卡开发发发表于 2017-9-11 16:04
那么投影之后显示的结果到底是有虚频还是没有虚频呢？如果投影后Analysis显示没有虚频可以认为没有虚频 ...

那以后进行计算的时候，勾选Project out zero freq modes这个以后输出的3N-6个频率数值里面没有虚频就可以认为已经优化到能量最低点了么？
之前计算的3N-6个频率一直都大于零，只是在没有勾选的时候出现了6个转动和平动模式的频率，其中有几个虚频。这种虚频没有影响是吧。
感觉我提问的描述有问题。。。

huaxuewuli · 发表于 Post on 2017-9-11 16:41:47

冰释之川发表于 2017-9-11 14:47
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224

我是想用gaussian09去计算他的红外光谱图，不是用MUltiwfn绘制

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-9-11 16:46:29

火烈鸟小唐发表于 2017-9-11 16:33
那以后进行计算的时候，勾选Project out zero freq modes这个以后输出的3N-6个频率数值里面没有虚频就可 ...

那5、6个频率根本都不对应振动，一般投影之后就是0了，这种情况就是结构的局域极小；如果投影之后还不是0，那么结构优化做的就有问题。

注意：
1、这种投影是针对整体转动的，如果有内转动的话DMol3没办法正常处理。
2、对于固体一般是3N-3个，多出三个声学支的声子谱。
3、最低是势能面全局最低点，但不见得所有稳定结构都落在最低点，因为有能垒阻碍，也就是动力学上的因素；要得到全局最低点，做普通优化构型是不行的，需要特定的全局搜索方法。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-11 16:58:38

huaxuewuli 发表于 2017-9-11 14:45
老师好，我想请问一下，我之前优化和计算频率用这个input文件是正常的也就是那个opt freq文件，之后想查看 ...

使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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介电常数

怎么使用关键词计算红外光谱？自己根据说明书输入关键词然后就出错