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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 05:27:11 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-9-9 21:40
关于translation entropy的计算,whitesides提出的方法中提及下图所示的公式,但是不知道Vmolec(分子体积 ...


谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

计算范德华体积并没有唯一方法,粗看了一下文章,貌似里面没说清楚具体怎么定义的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2017-9-10 10:01:55 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,这个问题应该如何来解决呢?

输入文件如下:
%chk=Fe-sal_liq_Cs.chk
%mem=4GB
%nprocshared=4
#p opt b3lyp/genecp scrf=smd opt

Title Card Required

1 1
C                 -1.62030135   -3.83814552    0.00000000
C                 -1.86778503   -2.46799406    0.00000000
C                 -0.79612094   -1.56282813    0.00000000
C                  0.53935831   -2.03391103    0.00000000
C                  0.75664028   -3.42174511    0.00000000
C                 -0.30454963   -4.32405752    0.00000000
H                 -2.45686158   -4.53138368    0.00000000
H                 -2.88225688   -2.08128524    0.00000000
H                  1.77976286   -3.78269924    0.00000000
H                 -0.11416658   -5.39246684    0.00000000
C                  1.69807400   -1.07072879    0.00000000
O                  2.87795973   -1.51503330    0.00000000
O                  1.40852535    0.18617580    0.00000000
O                 -1.06923229   -0.22531047    0.00000000
Fe                -0.20255568    1.71911333    0.00000000
O                  1.13364549    2.95382301    0.00000000
H                  2.07133287    2.74967361    0.00000000
O                 -1.45650569    3.03753200    0.00000000
H                 -2.40501159    2.89431509    0.00000000
O                 -0.20533730    1.65195227    1.82279695
H                 -0.05354954    0.86071792    2.34482059
O                 -0.20533730    1.65195227   -1.82279695
H                 -0.05354954    0.86071792   -2.34482059
H                  1.00448224    3.90508488    0.00000000
H                 -1.26675444    3.97851300    0.00000000
H                 -0.35880819    2.40254802    2.40128870
H                 -0.35880819    2.40254802   -2.40128870

C O H 0
6-31+G(d)
****
Fe 0
lanl2dz
****

Fe 0
lanl2

报错如下:
Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
Ernie:  1 primitive shells out of 234 were deleted.
The combination of multiplicity 1 and   125 electrons is impossible.
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l301.exe at Sun Sep 10 17:16:42 2017.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     27 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      2

似乎是电荷和自选多重度错误,但是我分析了一下这个结构,charge=1、multiplicity=1也没有错误啊。(Fe III)

麻烦sob老师帮忙看下,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 10:24:28 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-9-10 10:01
请问sob老师,这个问题应该如何来解决呢?

输入文件如下:

有没有矛盾直接在gview里看状态栏显示的电子数就能判断
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发表于 Post on 2017-9-10 10:34:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-10 05:27
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

谢谢老师,教师节来临之际,祝老师节日快乐,工作开心!

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发表于 Post on 2017-9-10 10:47:03 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,节日快乐。
我在左右一个80-90个原子的计算出错出现以下这样的错误:


Rotational constants (GHZ):      0.0551626      0.0355435      0.0303017
Standard basis: 6-31G(d) (6D, 7F)
The combination of multiplicity 1 and   377 electrons is impossible
照论坛中的帖子,我知道是我的多重度设错了。
1.可是我的原分子里应只有376个电子,现在图中是377个,这是为什么呢?
2.有没有可能是溶剂给分子以电子呢?


我用的计算方法是:#n B3LYP/6-31G(d) Opt freq SCRF=(solvent=water)
谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 11:06:08 | 只看该作者 Only view this author
沽宁 发表于 2017-9-10 10:47
sob老师,节日快乐。
我在左右一个80-90个原子的计算出错出现以下这样的错误:

1 要么是你结构画错了,要么结构没错,但是电荷设了-1
2 这和溶剂完全没有关系
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发表于 Post on 2017-9-10 11:10:49 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-9-10 12:04:31 | 只看该作者 Only view this author
老师,IOp的使用详解很多,如何在gjf文件的添加?输入格式是怎样的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 12:13:40 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-9-10 12:04
老师,IOp的使用详解很多,如何在gjf文件的添加?输入格式是怎样的?

例如# B3LYP/6-31G* TD IOp(9/40=4)
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发表于 Post on 2017-9-10 17:07:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-10 05:24
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290

老师,为什么vmd打开.xyz文件显示说the first line should be the number of atoms.我看第一行就是原子个数啊。不知道问题在什么地方?

123.xyz

75.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2017-9-10 17:51:18 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我要计算的是Fe(III)与水杨酸的络合物。
Fe(III)电子结构为d3,配体价层电子饱和,为-2价。那么等计量比的络合物应为+1价,单电子数为3,自选多重度为4。
但是我在计算的时候还是不收敛,输入输出文件如下。
麻烦老师帮忙看下如何解决。
谢谢老师。

新建文件夹.rar

29.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 18:47:41 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-9-10 17:07
老师,为什么vmd打开.xyz文件显示说the first line should be the number of atoms.我看第一行就是原子个 ...

你这个文件明显有问题,文本编辑器打开一看全是
{\rtf1 \ansi \ansicpg936 \deff0 \stshfdbch1 \stshfloch0 \s
这种东西
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-10 18:55:23 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-9-10 17:51
Sob老师,我要计算的是Fe(III)与水杨酸的络合物。
Fe(III)电子结构为d3,配体价层电子饱和,为-2价。那么 ...


Fe为3d6 4s2,Fe(III)少了3个电子显然应当是3d5(4s电子先走),这又是弱场配体,自旋多重度应为6
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发表于 Post on 2017-9-10 20:18:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2017-9-10 23:44 编辑
sobereva 发表于 2017-9-10 18:55
Fe为3d6 4s2,Fe(III)少了3个电子显然应当是3d5(4s电子先走),这又是弱场配体,自旋多重度应为6

谢谢老师但是我把自选多重度改为6后,还是出问题
如下
Charge and Multiplicity card seems defective:
Wanted an integer as input.

?
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l101.exe at Mon Sep 11 03:52:39 2017.
Job cpu time:       0 days  0 hours 28 minutes 12.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    215 Int=      0 D2E=      0 Chk=      8 Scr=      2


输入文件如下:
%chk=Fe-sal_liq_Cs.chk
%mem=4GB
%nprocshared=4
#p opt b3lyp/genecp scrf=smd opt

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1 6
C                 -1.62030135   -3.83814552    0.00000000
C                 -1.86778503   -2.46799406    0.00000000
C                 -0.79612094   -1.56282813    0.00000000
C                  0.53935831   -2.03391103    0.00000000
C                  0.75664028   -3.42174511    0.00000000
C                 -0.30454963   -4.32405752    0.00000000
H                 -2.45686158   -4.53138368    0.00000000
H                 -2.88225688   -2.08128524    0.00000000
H                  1.77976286   -3.78269924    0.00000000
H                 -0.11416658   -5.39246684    0.00000000
C                  1.69807400   -1.07072879    0.00000000
O                  2.87795973   -1.51503330    0.00000000
O                  1.40852535    0.18617580    0.00000000
O                 -1.06923229   -0.22531047    0.00000000
Fe                -0.20255568    1.71911333    0.00000000
O                  1.13364549    2.95382301    0.00000000
H                  2.07133287    2.74967361    0.00000000
O                 -1.45650569    3.03753200    0.00000000
H                 -2.40501159    2.89431509    0.00000000
O                 -0.20533730    1.65195227    1.82279695
H                 -0.05354954    0.86071792    2.34482059
O                 -0.20533730    1.65195227   -1.82279695
H                 -0.05354954    0.86071792   -2.34482059
H                  1.00448224    3.90508488    0.00000000
H                 -1.26675444    3.97851300    0.00000000
H                 -0.35880819    2.40254802    2.40128870
H                 -0.35880819    2.40254802   -2.40128870

C O H 0
6-31+G(d)
****
Fe 0
lanl2dz
****

Fe 0
lanl2


请问这是怎么回事
谢谢老师


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发表于 Post on 2017-9-10 21:15:14 | 只看该作者 Only view this author
老师您好。我优化一个分子结构,优化结束后得到5.log文件,然后我用5.log的结构保存为55.gjf去计算freq等性质参数,但是计算结束的55.log文件中显示收敛指标有三个没有达到。这是为什么呢?明明我用的是已经优化过的结构但是计算freq的时候又不收敛呢?
结果如下:
Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.001012     0.000450     NO
RMS     Force            0.000276     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.071471     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.018439     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-2.811509D-04


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