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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-10-10 17:55:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-10 17:37
确切来说应该是先经历复合物状态再脱离,严格来说应该优化的是复合物。

PS:上传文本型文件时请压缩 ...

好,谢谢老师解答。下次记得压缩。
如果我之前上传的那个结构是A,那严格来说就应该是先找到某一个羧酸离整体比较远的中间体结构B,然后才是不含羧酸的结构C,这样对吗老师?
如果是的话,那么A和B,B和C之间是不是均有可能存在过渡态,也可能不存在过渡态?

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发表于 Post on 2017-10-10 18:34:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jingruoyoulan 于 2017-10-10 18:36 编辑

请问sob老师,用orca做opt计算,界面显示计算完成,但是发现有不同的情况, ,不出现Optimized geometry的文件优化了50步,而出现Optimized geometry的文件优化没有50步就完成了,是不是不出现Optimized geometry就说明优化没有做完呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-10 19:30:27 | 只看该作者 Only view this author
jingruoyoulan 发表于 2017-10-10 18:34
请问sob老师,用orca做opt计算,界面显示计算完成,但是发现有不同的情况,和,不出现Optimized geometry的 ...


别看这个,直接看输出文件末尾的提示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-10 19:35:42 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-10-10 17:55
好,谢谢老师解答。下次记得压缩。
如果我之前上传的那个结构是A,那严格来说就应该是先找到某一个羧酸 ...

羧酸从整个体系掉下来过程肯定要经历过渡态,而且未必还是一步过程。解离后形成了复合物,再进一步变成无限远离状态,这个没过渡态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-10 19:35:46 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-10-10 17:55
好,谢谢老师解答。下次记得压缩。
如果我之前上传的那个结构是A,那严格来说就应该是先找到某一个羧酸 ...


我看错了,没注意到羧酸就是指的那个配体。这个配体解离过程应当没有过渡态,你可以用柔性扫描进一步确认
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发表于 Post on 2017-10-10 20:29:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-10-10 20:44 编辑
sobereva 发表于 2017-10-10 19:35
我看错了,没注意到羧酸就是指的那个配体。这个配体解离过程应当没有过渡态,你可以用柔性扫描进一步确 ...

对,我说的要解离的羧酸就是指的那个配位Pd的配体羧酸分子。
那如果确认解离过程没有过渡态的话,那么为了获取下一步的结构,是不是就应该在我这个结构的基础上把这个羧酸配体删掉,剩余结构直接(或者再手动调整一下)优化?

或者是虽然解离过程没有过渡态,但是还应该能再找到一个羧酸更加远离体系的复合结构?

若是抛开这个具体问题,“两个极小点之间不存在过渡态。”    这种可能性存在吗老师?

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发表于 Post on 2017-10-10 21:16:19 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师   高精度算法中    能否不先用低点精度的算法优化结构而直接用高精度法优化结构并算能量  为什么呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-10 21:22:47 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-10-10 21:16
sob 老师   高精度算法中    能否不先用低点精度的算法优化结构而直接用高精度法优化结构并算能量  为什么 ...

可以
但不划算,所以不要这么干
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-10 21:26:03 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-10-10 20:29
对,我说的要解离的羧酸就是指的那个配位Pd的配体羧酸分子。
那如果确认解离过程没有过渡态的话,那么为 ...

确认没过渡态之后直接删了配体优化就完了。

没有那种可能
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发表于 Post on 2017-10-10 21:38:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-10 21:26
确认没过渡态之后直接删了配体优化就完了。

没有那种可能

明白了~~~
感谢老师的耐心指导 :)

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发表于 Post on 2017-10-11 00:49:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,如何查看描述分子轨道的基函数和分子轨道的系数?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-11 00:57:10 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-10-11 00:49
老师,如何查看描述分子轨道的基函数和分子轨道的系数?

高斯计算时pop=full就会输出
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发表于 Post on 2017-10-11 09:53:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我研究的一种反应分两步进行,先质子转移然后才能断键成环,之前都是断键的能垒更高,但是我最近得到的一个结果恰好相反,质子转移的能垒要高一点,我该怎么解释这个结果呢?谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-11 09:56:37 | 只看该作者 Only view this author
chrishuo 发表于 2017-10-11 09:53
sob老师,我研究的一种反应分两步进行,先质子转移然后才能断键成环,之前都是断键的能垒更高,但是我最近 ...

从键级、原子电荷、NBO E2分析、Mayer或IQA能量分解等多方面都有可能进行解释,得结合具体体系来说
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发表于 Post on 2017-10-11 19:59:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好. 有个问题请教
1.为什么用热力学组合方式算出的任务,想重新计算其他温度、压力、同位素设定下的结果只能保留chk文件然后用关键词写restart这种方法,为什么不能用freqchk工具来重算呢?

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