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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-8 15:08:33 | 只看该作者 Only view this author
xuzhijielyy 发表于 2017-10-8 15:05
各位好,
          最近计算锌卟啉的结构优化和频率计算,输入文件开头和结尾如下,提交计算老是报错,当 ...

看此文弄懂应当用的关键词
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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发表于 Post on 2017-10-8 15:19:48 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,领会了。

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发表于 Post on 2017-10-8 22:06:56 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,文献中研究A与B的相互作用,用的相互作用能、吸附能、结合能这三种能量是相同的吗?
它们三者的计算公式都是E(AB)-E(A)-E(B),公式中三个能量都是各自自由状态的电子能量,为什么不用AB复合物下状态的能量做差呢(它们之间相差变形能)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-9 00:13:30 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-10-8 22:06
请问老师,文献中研究A与B的相互作用,用的相互作用能、吸附能、结合能这三种能量是相同的吗?
它们三者的 ...

相互作用能具体怎么指代,怎么定义看情况,片段可能优化也可能不优化。结合能一般不优化片段。
吸附能则是对于具体吸附型的体系而言的相互作用能,这个一般得优化结构。
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发表于 Post on 2017-10-9 15:10:26 | 只看该作者 Only view this author
sob老师  1. 当我关键词是opt freq    用高斯运行一结构时 高斯是不是先会计算未优化结构的单点能  然后再是优化后的单点能   
             2.当虚频数为1时,是不是表明此结构一定是过度态,若是 为什么为1时就是过渡态
             3.虚频数值大小有什么实质意义
问题都太小白了,麻烦老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-9 16:07:51 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-10-9 15:10
sob老师  1. 当我关键词是opt freq    用高斯运行一结构时 高斯是不是先会计算未优化结构的单点能  然后再 ...


1 先优化,再做振动分析。每一步优化时都会先计算相应结构下的单点,然后再计算受力,再计算位移
2 未必。在过渡态附近二次区域内都只有一个虚频
3 体现相应振动方向的PES负曲率

更多信息看
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
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发表于 Post on 2017-10-9 17:19:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-9 00:13
相互作用能具体怎么指代,怎么定义看情况,片段可能优化也可能不优化。结合能一般不优化片段。
吸附能则 ...

谢谢老师,还有一个问题A与B之间吸附产生化学键:
1.这个AB之间的化学键强度除了键级还有哪种常见的研究方法?
2.如果采用mayer键级研究,mayer键级值多大对应共价键的强与弱,例如mayer键级0.5说明键强度是不是很弱,到1.0才是单键?
3.若果A与B之间不只形成一个共价键,还有其它的共价键,如何求得某个共价键对AB整体相互作用的贡献?

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发表于 Post on 2017-10-9 20:56:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yangjianfeng 于 2017-10-10 16:12 编辑

sob老师   单点能的计算是不是能确定反应途径  以及怎么确定反应途径的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-9 21:47:14 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-10-9 20:56
sob老师   单点能的计算是不是能确定反应途径  以及怎么确定反应途径的

完全不知道你问的是什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-10-10 14:50:01 | 只看该作者 Only view this author

VEA计算求助

各位大神,中性优化时加了 Int=ultrafine EmpiricalDispersion=GD3BJ。请问算vea,vip时,还需要加Int=ultrafine EmpiricalDispersion=GD3BJ关键词吗?

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发表于 Post on 2017-10-10 16:16:36 | 只看该作者 Only view this author
Zero-point correction=                           0.096501 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                    0.103775
Thermal correction to Enthalpy=                  0.104719
Thermal correction to Gibbs Free Energy=         0.061363
Sum of electronic and zero-point Energies=           -322.423261
Sum of electronic and thermal Energies=              -322.415987
Sum of electronic and thermal Enthalpies=            -322.415043
Sum of electronic and thermal Free Energies=         -322.458399
请问下  高斯计算中有上诉结果  零点能 热能 热焓 自由能 矫正能量的目的是什么

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发表于 Post on 2017-10-10 16:48:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好! 有个自己研究中的问题请教您一下。
这是我所研究的反应途径中的一个中间体结构,我猜测的下一个中间体结构应该是一分子的羧酸脱离这个体系。那么我应该直接将文件中的羧酸删除然后直接再优化吗?
文件是目前这个中间体结构优化的输出文件。麻烦老师了。 ELE_doubleinsertion_HOAc.log (1.9 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-10 17:33:42 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-10-10 16:16
Zero-point correction=                           0.096501 (Hartree/Particle)
Thermal correction to ...

热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-10 17:35:36 | 只看该作者 Only view this author
my_aman 发表于 2017-10-10 14:50
各位大神,中性优化时加了 Int=ultrafine EmpiricalDispersion=GD3BJ。请问算vea,vip时,还需要加Int=ultra ...

需要,因为都会影响能量
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steven 发表于 2017-10-10 16:48
sob老师好! 有个自己研究中的问题请教您一下。
这是我所研究的反应途径中的一个中间体结构,我猜测的下一 ...


确切来说应该是先经历复合物状态再脱离,严格来说应该优化的是复合物。

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