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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 17:54:34 | 只看该作者 Only view this author
喵帕斯 发表于 2017-11-10 16:26
请问一下,能够通过理论计算来模拟分子的EPR谱,如果可以的话有什么软件能够实现?

ORCA结合easyspin
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 17:55:35 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-11-9 23:03
老师,计算casscf时,常用到guess=alter来互换轨道,将感兴趣的轨道提到前线放入cas中,那么请问互换之后, ...

不处于基态,但是基于这套轨道做CASSCF的结果可以是基态
没必要从STO-3G那么一套做下来,除非真是碰见很难收敛的情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 17:56:35 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-11-10 15:13
sob老师,书上写双精度基组是由两组收缩函数组成,每个收缩函数由一个或多个原函数(primitive)按照一定方式 ...

没听说叫做“双精度基组”的东西
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 17:58:57 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-11-10 09:49
Sob老师,之前提的问题您可能没有看到,在此冒昧的再发一遍:
1.石墨烯及C3N4体系掺杂或改性的计算类文献 ...

1 量化计算一个优势就是可以理论计算实际中难以测定的不稳定结构的特征
2 是
3 我对你研究的这类体系不清楚,属于化学问题,不好说。

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发表于 Post on 2017-11-10 18:04:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-10 17:53
直接写pop=CHELPG
当提示缺少原子半径的时候,再用pop=(chelpg,ReadRadii),并且输入文件末尾空一行指定 ...

sob老师,Ti原子的半径写多少合适呢?在哪里能找到呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 18:12:53 | 只看该作者 Only view this author
李丝丝 发表于 2017-11-10 13:52
您好,在计算中出现两个问题无法解决,自己已经试过较多方法,但是始终算不出来,所以像大家请教,谢谢,期 ...

1 怎么正确消虚频看,不要听信其他人说的盲目调节结构
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

2 用三重态优化到的过渡态作为初猜再在单重态找TS。calcall对于帮助收敛到TS有很大帮助,虽然很昂贵。
也不排除单重态时本来就没有那个对应的过渡态。

上传较大文本型文件前一定要先压缩以节约宝贵的论坛空间且降低他人下载附件耗时
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5017#
发表于 Post on 2017-11-10 20:36:16 | 只看该作者 Only view this author

势能面扫描

请问一下,在做全势能面扫描的时候,有H原子会自动转移,这是什么缘故?

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发表于 Post on 2017-11-10 20:50:39 | 只看该作者 Only view this author

使用高斯优化带有Hg的体系遇到的问题

我在优化该体系的时候发现HgCl2优化过程中会慢慢遇S原子和O原子贴合,并与他们成键。请问是什么原因?

输入文件:#p opt wb97xd/gen scrf=(smd,solvent=acetonitrile)

Title Card Required

0 1

分子坐标

H     0
S   3   1.00
     18.7311370              0.03349460
      2.8253937              0.23472695
      0.6401217              0.81375733
S   1   1.00
      0.1612778              1.0000000
P   1   1.00
      1.1000000              1.0000000
****
C     0
S   6   1.00
   3047.5249000              0.0018347
    457.3695100              0.0140373
    103.9486900              0.0688426
     29.2101550              0.2321844
      9.2866630              0.4679413
      3.1639270              0.3623120
SP   3   1.00
      7.8682724             -0.1193324              0.0689991
      1.8812885             -0.1608542              0.3164240
      0.5442493              1.1434564              0.7443083
SP   1   1.00
      0.1687144              1.0000000              1.0000000
D   1   1.00
      0.8000000              1.0000000
****
N     0
S   6   1.00
   4173.5110000              0.0018348
    627.4579000              0.0139950
    142.9021000              0.0685870
     40.2343300              0.2322410
     12.8202100              0.4690700
      4.3904370              0.3604550
SP   3   1.00
     11.6263580             -0.1149610              0.0675800
      2.7162800             -0.1691180              0.3239070
      0.7722180              1.1458520              0.7408950
SP   1   1.00
      0.2120313              1.0000000              1.0000000
D   1   1.00
      0.8000000              1.0000000
****
O     0
S   6   1.00
   5484.6717000              0.0018311
    825.2349500              0.0139501
    188.0469600              0.0684451
     52.9645000              0.2327143
     16.8975700              0.4701930
      5.7996353              0.3585209
SP   3   1.00
     15.5396160             -0.1107775              0.0708743
      3.5999336             -0.1480263              0.3397528
      1.0137618              1.1307670              0.7271586
SP   1   1.00
      0.2700058              1.0000000              1.0000000
D   1   1.00
      0.8000000              1.0000000
****
S     0
S   6   1.00
  21917.1000000              0.0018690
   3301.4900000              0.0142300
    754.1460000              0.0696960
    212.7110000              0.2384870
     67.9896000              0.4833070
     23.0515000              0.3380740
SP   6   1.00
    423.7350000             -0.0023767              0.0040610
    100.7100000             -0.0316930              0.0306810
     32.1599000             -0.1133170              0.1304520
     11.8079000              0.0560900              0.3272050
      4.6311000              0.5922550              0.4528510
      1.8702500              0.4550060              0.2560420
SP   3   1.00
      2.6158400             -0.2503740             -0.0145110
      0.9221670              0.0669570              0.3102630
      0.3412870              1.0545100              0.7544830
SP   1   1.00
      0.1171670              1.0000000              1.0000000
D   1   1.00
      0.6500000              1.0000000
****
Cl     0
S   6   1.00
  25180.1000000              0.0018330
   3780.3500000              0.0140340
    860.4740000              0.0690970
    242.1450000              0.2374520
     77.3349000              0.4830340
     26.2470000              0.3398560
SP   6   1.00
    491.7650000             -0.0022974              0.0039894
    116.9840000             -0.0307140              0.0303180
     37.4153000             -0.1125280              0.1298800
     13.7834000              0.0450160              0.3279510
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SP   3   1.00
      3.1864900             -0.2518300             -0.0142990
      1.1442700              0.0615890              0.3235720
      0.4203770              1.0601800              0.7435070
SP   1   1.00
      0.1426570              1.0000000              1.0000000
D   1   1.00
      0.7500000              1.0000000
****
Hg     0
S   3   1.00
     48.013786990            0.58008164912E-02
     21.239875095           -0.17328165235
     15.876100879            0.36416685034
S   1   1.00
      5.5180531820           1.0000000
S   1   1.00
      1.5099145479           1.0000000
S   1   1.00
      0.70683482159          1.0000000
S   1   1.00
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S   1   1.00
      0.56960589112E-01            1.0000000
P   4   1.00
     17.500000000           -0.86457187331E-01
     15.252594855            0.15327318234
      6.4404715169          -0.30274955249
      1.8180159920           0.54361285026
P   1   1.00
      0.90067981801          1.0000000
P   1   1.00
      0.41304540122          1.0000000
P   1   1.00
      0.11845702655          1.0000000
P   1   1.00
      0.36087619349E-01            1.0000000
D   4   1.00
     10.028197701            0.39922353165E-01
      7.5920661493          -0.94774230522E-01
      1.9144256118           0.31164157463
      0.88641552102          0.45567078406
D   1   1.00
      0.38154235320          1.0000000
D   1   1.00
      0.14880740086          1.0000000
F   1   1.00
      0.7956900              1.0000000
****






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发表于 Post on 2017-11-10 20:58:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 圣人惠 于 2017-11-10 21:01 编辑

老师,我这又有一个问想请教一下,就是算碘的话,用什么方法基组比较好呢,其中要考虑氢键和卤键,M062X可以吗?

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发表于 Post on 2017-11-10 21:29:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-10 17:56
没听说叫做“双精度基组”的东西

说错了,不好意思。

我重新发。

书上写double-zeta基组是由两组收缩函数组成,每个收缩函数由一个或多个原函数(primitive)按照一定方式线性叠加而成。
请问,
1. 两组收缩函数是线性叠加的吗?
2. 两组收缩函数的i+j+k值相同吗?

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-11-10 21:34:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-10 17:55
不处于基态,但是基于这套轨道做CASSCF的结果可以是基态
没必要从STO-3G那么一套做下来,除非真是碰见很 ...

谢谢老师
您的意思是说,casscf得到的能及顺序不一定等同于hf计算的能级顺序是吧?
如果真的两种方法获得的基态能级顺序不一致,应以casscf得到的为准是不是?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 21:38:32 | 只看该作者 Only view this author
杨小狗 发表于 2017-11-10 20:50
我在优化该体系的时候发现HgCl2优化过程中会慢慢遇S原子和O原子贴合,并与他们成键。请问是什么原因?

...

没读入赝势

用genecp
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 21:39:09 | 只看该作者 Only view this author
圣人惠 发表于 2017-11-10 20:58
老师,我这又有一个问想请教一下,就是算碘的话,用什么方法基组比较好呢,其中要考虑氢键和卤键,M062X可 ...


可以
什么基组取决于要求的精度
lanl08、lanl08(d)、SDD、def2-SVP/TZVP等都可以用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 21:40:06 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-11-10 21:34
谢谢老师
您的意思是说,casscf得到的能及顺序不一定等同于hf计算的能级顺序是吧?
如果真的两种方法获 ...

CASSCF本身就是变分过程,即便初态轨道排布对应激发态,照样可以收敛到基态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 21:40:34 | 只看该作者 Only view this author
18810106930 发表于 2017-11-10 20:36
请问一下,在做全势能面扫描的时候,有H原子会自动转移,这是什么缘故?

对于柔性扫描,除了被扫描的变量外都会被优化
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