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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 13:07:58 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-12-6 10:34
在Gaussian中进行BOMD,如果加GradientOnly这个选项,设置StepSize的值其实设置的是时间步长;如果没加Grad ...


轨迹如果跑的不是很长的话,应该不至于有太大影响。如果轨迹较长,差异会逐渐累积起来,最终可能会有不小差异
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-6 13:52:12 | 只看该作者 Only view this author
请问老师做量子化学计算用服务器ECC内存和普通台式机内存有什么区别?只是对机器运行稳定性影响还是对计算结果也有一点影响?
另外内存和cpu的超频是否会对计算结果产生一些影响?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 17:42:21 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-12-6 13:52
请问老师做量子化学计算用服务器ECC内存和普通台式机内存有什么区别?只是对机器运行稳定性影响还是对计算 ...

对结果没影响,对稳定性有益,增加了校验机制
超频不会有影响
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发表于 Post on 2017-12-6 20:52:05 | 只看该作者 Only view this author

G16计算较大的体系频率时出错~( CPHF failed to converge in LinEq2.)

利用G16对一个较大的体系进行频率计算时,出现下面这种错误:......
      3 vectors produced by pass996 Test12= 4.80D-13 1.00D-09 XBig12= 4.78D-14 3.34D-09.
      3 vectors produced by pass997 Test12= 4.80D-13 1.00D-09 XBig12= 3.81D-14 2.75D-09.
      3 vectors produced by pass998 Test12= 4.80D-13 1.00D-09 XBig12= 2.61D-14 2.35D-09.
      3 vectors produced by pass999 Test12= 4.80D-13 1.00D-09 XBig12= 3.80D-14 2.82D-09.
      3 vectors produced by pass*** Test12= 4.80D-13 1.00D-09 XBig12= 2.76D-14 2.32D-09.

CPHF failed to converge in LinEq2.
Error termination via Lnk1e in /apps/chem/Gaussian/G16_A03/AVX2/g16/l1002.exe


输入文件为:
%nprocshared=14
%mem=28GB
%chk=7a+tnp3freq.chk
# freq b3lyp/6-31+g(d,p) empiricaldispersion=gd3 scrf=(solvent=acetonitrile) scf=(novaracc,noincfock)

7a+3tnp freq

0 1
C                 -2.21378700   -0.72763000   -1.87028200
C                 -0.82020300   -0.66213900   -1.67113000
C                 -0.14204700    0.60676200   -1.56032300
C                 -2.20647100    1.62788200   -1.84935100
N                 -0.88230700    1.72362600   -1.64144100
N                 -2.90761800    0.44306300   -1.98159700
N                 -2.63315300   -1.98805000   -1.84710300
N                 -1.48944500   -2.65719200   -1.63196500
N                 -0.38899000   -1.93479400   -1.52140400
N                 -4.24482600    0.67095300   -2.11949900
N                 -3.10733100    2.62338100   -1.92683900
C                 -4.30191900    1.99713700   -2.07847300

......
看了网上的一些帖子,也一直没有找到合适的解决方法,想问一下大家,这种情况应该要怎么解决,谢谢了~~~~







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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 21:10:06 | 只看该作者 Only view this author
yinjie 发表于 2017-12-6 20:52
利用G16对一个较大的体系进行频率计算时,出现下面这种错误:......
      3 vectors produced by pass996 ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=7458
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发表于 Post on 2017-12-6 22:03:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-6 21:10
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=7458

谢谢Sob 老师了

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发表于 Post on 2017-12-6 22:19:21 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在CentOS 7中运行高斯有如下报错:

  1. [gaussian@localhost scratch]$ g09 ben.com

  2. Problem with file /home/gaussian/g09/l1.exe omode 33277 compare 7.

  3. Error: segmentation violation
  4.    
  5. rax 0000000000000000, rbx 00007ffdc789d860, rcx ffffffffffffffff
  6.    
  7. rdx 0000000000001135, rsp 00007ffdc78919e8, rbp 00000000000003e8
  8.    
  9. rsi 000000000000000b, rdi 0000000000001135, r8  00002ba9521ef2c0
  10.    
  11. r9  0000000000000000, r10 00007ffdc7891700, r11 0000000000000206
  12.    
  13. r12 00007ffdc789e4aa, r13 00007ffdc789e4bc, r14 00007ffdc7899bc0
  14.    
  15. r15 00007ffdc7891a00
  16.   /lib64/libpthread.so.0(+0xf5e0) [0x2ba9523e65e0]
  17.   
  18. /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2ba95292a4c7]
  19.   
  20. g09() [0x404fb5]
  21.   
  22. g09() [0x40556f]
  23.   
  24. g09() [0x405879]
  25.   
  26. g09() [0x40455c]
  27.   
  28. g09() [0x40358d]
  29.   
  30. /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2ba952916c05]
  31.   
  32. g09() [0x403489]
  33. Aborted
  34. (core dumped)

复制代码


其中ben.com是在GaussView中画出的苯分子。
请问有比较便捷的办法解决segmentation violation这个问题吗?
/home分区大小为50GiB。账户对/home/gaussian及其子目录拥有读写执行权限。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 23:48:15 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2017-12-6 22:19
Sob老师,我在CentOS 7中运行高斯有如下报错:

看输出文件。贴这些没用
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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发表于 Post on 2017-12-7 00:21:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-6 23:48
看输出文件。贴这些没用
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

输出文件内容如下:

  1. Entering Gaussian System, Link 0=g09
  2. Input=ben.com
  3. Output=ben.log
  4. Files in the Gaussian directory are world accessible.
  5. This must be fixed.
复制代码

我把目录/home/gaussian权限设置为700问题得到了解决,谢谢Sob老师。

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发表于 Post on 2017-12-7 10:03:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2017-12-7 10:04 编辑

老师,NBO的install文件里面的script文件gennbo6,这里面的脚本是CSH的。有没有针对bash的脚本?我的ubuntu上安装不上csh,修改更新源也不行啊。

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发表于 Post on 2017-12-7 11:12:18 | 只看该作者 Only view this author
老师,有2个关于sobMECP的计算问题向您请教,期待您的答复。问题1,计算了路径中的三重态和单重态,出现了自旋交叉,计算第一个自旋交叉时,算出了MECP(7和14NH),但是第二个自旋交叉(14和15)算的时候,显示高斯文件错误,继续运行./runMECP,仅计算几步,就出现高斯文件错误。我就不知道要怎么做,还是sobMECP只适合讨论中间体和过渡态的能量?第二个问题,中间体7会经历TEMPO夺氢,第一条路径为NH,第二个路径为OH,起始结构都是7,在计算sobMECP时,应该怎么提交输入结构?能量变化趋势相同。谢谢老师

2345截图20171207110305.jpg (33.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

2345截图20171207110305.jpg

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发表于 Post on 2017-12-7 11:13:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-25 13:22
Input_Header_A和Input_Header_B文件必须放到当前目录
而且你机子里没正确安装g09,导致没法调用

谢谢老师,是的,就是在安装服务器时,高斯没有安装正确,计算sobMECP时,需要调用高斯。现在已经可以计算了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-7 17:32:10 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-12-7 10:03
老师,NBO的install文件里面的script文件gennbo6,这里面的脚本是CSH的。有没有针对bash的脚本?我的ubuntu ...

没有
自行改写成bash的写法
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发表于 Post on 2017-12-8 09:17:10 | 只看该作者 Only view this author
老师,在用multiwfn进行AIM分析时,一些氢键中的cp参数中,H有正有负,请问负值是如何导致的呢,代表什么含义?谢谢

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发表于 Post on 2017-12-8 10:19:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 21:03
看文中具体描述。如果过渡态只是在一个自旋多重度下找的,那么结构相同。如果分别是在两个自旋多重度下找 ...

老师,那选择自旋多重度的时候,是先在不同多重度下优化得到不同结构,然后比较能量大小,还是先在单重态下优化,然后在同一结构下修改不同多重态,计算单点能然后比较?查看了您以前的回答,好像是赞同,在不同多重度下优化得到不同结构,然后比较能量大小。不知道这样理解对不?

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