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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-9 22:17:38 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-12-9 20:18
谢谢老师,RECP60VDZ一般指的是什么基组啊?CEP-121G和SDD对于Hg Pb这样的重金属那个更好一些呢?

不要用CEP,一点好处都没有
SDD总是不错的选择
RECP60VDZ哪里用的就看引的文献
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发表于 Post on 2015-12-10 11:54:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-8 15:57
看你机子。一般情况,内存有多大分配多大,剩1.5G给系统,物理核心有多少分配多少,除非你有多个任务要跑

谢谢

那如果有多个任务,那是一个一个跑比较快呢,还是并行跑快呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-10 17:56:26 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2015-12-10 11:54
谢谢

那如果有多个任务,那是一个一个跑比较快呢,还是并行跑快呢?

看此贴
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2232

如果比如就4个核,一个个跑。如果核数很多但机子少,而且要跑的任务多,可以同时跑两三个。
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发表于 Post on 2015-12-11 15:17:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-10 17:56
看此贴
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2232

谢谢老师!

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发表于 Post on 2015-12-12 11:11:08 | 只看该作者 Only view this author

计算净电荷转移

请问各位老师,如何计算出净电荷转移的具体数值?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-12 18:25:21 | 只看该作者 Only view this author
浅原问问 发表于 2015-12-12 11:11
请问各位老师,如何计算出净电荷转移的具体数值?

对两种状态计算原子电荷,求差值
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发表于 Post on 2015-12-13 20:04:09 | 只看该作者 Only view this author
老师:您好!请问我的用高斯进行优化了一个全金属结构,采用的方法和基组是B3LYP/def2TZVP 和 PBE1PBE/def2TZVP,现在准备对其进行芳香性分析,在高斯中进行NICS计算时,采用的基组和方法是不是也要和优化的一样?
  看文献知道计算键级有三种方法:第一种是:键级=(稳定结构的电子总数-价电子总数)/2 ;第二种:键级=(成键轨道电子数-反键轨道电子数)/2;第三种:键级(=Pauling’s formula:) log(n) = (d1 - dn)/0.6 where d1 and dn are the single-bond and the observed distances,respectively。请问这三种的区别是?或者是我们在计算的时候该怎样去选取这三种计算方式?,对于第一种计算方法来说:稳定结构的电子总数指的是外层电子满足8电子结构或者是2电子结构,价电子结构指的是:最外层电子数,我这样理解对吗?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-13 23:15:56 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2015-12-13 20:04
老师:您好!请问我的用高斯进行优化了一个全金属结构,采用的方法和基组是B3LYP/def2TZVP 和 PBE1PBE/def2 ...

算NICS的级别不需要和优化一样。
计算键级方法太多了,你说的三种都是很不常用的。你说的第一种,基本没人用。第二种,局限性太大,也就双原子分子好用,因为原子多了你就往往没法判断哪些轨道对应成键和反键,因为MO倾向于整体离域。第三种,也是局限性太大,是纯粹经验性的,也不可靠。
一般常用的计算键级的方法是Mayer键级,它衡量的是两个原子间共享的电子对儿数。我也提出过拉普拉斯键级,比Mayer键级能更好地衡量化学键的强度,同时也能反映键的极性,看此文的讨论J. Phys. Chem. A 2013, 117, 3100−3108。Multiwfn可以计算大量键级,包括我说的这两种。
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发表于 Post on 2015-12-14 08:30:05 | 只看该作者 Only view this author
恩,好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2015-12-14 22:14:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-9 22:17
不要用CEP,一点好处都没有
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RECP60VDZ哪里用的就看引的文献

谢谢老师的指点

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发表于 Post on 2015-12-15 21:19:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-8 20:31
电荷一看就不怎么合理,氢的电荷居然都是0。

还是说一句,这种体系用oniom是白费功夫。

老师  我一开始读chelpg输出文件时,电荷取的不对,现在我取的是Fitting point charges to electrostatic potential Charges from ESP fit, RMS=   0.00351 RRMS=   0.06720:
Charge=   0.00000 Dipole=    13.0907     0.4357     1.7116 Tot=    13.2093
              1
     1  C   -0.175747
     2  C   -0.016077
     3  C    0.018003
  ·······
HMimBr-chelpg-3.log是我用chelpg方法计算的电荷输出文件。HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91-5.log是指定电荷之后,计算过渡态,没有normal,出现l9999错误,HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91-6.log是接着HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91-5.log计算的,计算的结果还是出现多个虚频,并且L层和H层的距离变得很远,我不太清楚这是怎么回事,不知道哪出现了错误?非常感谢老师为我答疑解惑

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发表于 Post on 2015-12-19 21:34:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-12-19 21:35 编辑

使用VMD显示分子时,Co原子的颜色与C相同。如何解决?
见图上已经Label出的两个Co原子,将其设置为蓝色没有效果,其颜色随C原子的颜色(设置为绿色)变化。





VMD 的输入文件为 GV 转换 Gaussian 的输出得到的mol2,节选相关部分如下:
  1. # title
  2. # Created by GaussView 5.0.9
  3. #

  4. #
  5. #

  6. @<TRIPOS>MOLECULE
  7. Molecule Name
  8. 68 71
  9. SMALL
  10. NO_CHARGES


  11. @<TRIPOS>ATOM
  12. 1 C1     3.4433    -0.2036    -0.1877 C
  13. 2 C2     3.4787    -0.7721     1.2464 C
  14. 。。。。
  15. 49 H49    -0.1088    -2.2625    -3.0500 H
  16. 50 Co50    -3.1309    -1.1544    -0.4780 Co
  17. 51 H51     7.3926     2.0964    -0.1009 H
  18. 。。。。
  19. 56 H56    -1.0901     4.4668    -0.3133 H
  20. 57 Co57    -2.5431     0.7175     0.9757 Co
  21. 58 C58    -2.8813     2.0562    -0.1636 C
  22. 59 C59    -1.4542     1.4832     2.1370 C
  23. 。。。。

  24. @<TRIPOS>BOND
  25. 1 1 2 1
  26. 。。。。
复制代码



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-19 22:12:24 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-12-19 21:34
使用VMD显示分子时,Co原子的颜色与C相同。如何解决?
见图上已经Label出的两个Co原子,将其设置为蓝色没 ...

着色方式用的是element么?
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发表于 Post on 2015-12-20 05:13:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-19 22:12
着色方式用的是element么?

经提醒,Element着色方式会导致所有原子的颜色相同,是否是输入的结构文件有问题?经搜索,未能找到VMD里查看原子坐标的方法,不知如何确认载入正确。




若着色方式设置为了Type,在Color里面没有Type Co的颜色设置,但 select atom里面 “type Co”可以选中箭头所示的Co原子,“Type C” 不包括两个Co原子:







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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-20 08:12:26 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-12-20 05:13
经提醒,Element着色方式会导致所有原子的颜色相同,是否是输入的结构文件有问题?经搜索,未能找到VMD里 ...

怀疑你载入时没正确把Co当做Co来读入,而当成了C
比如这个简单的xyz文件
2
sdf
Co 0. 0. 0.
C 0. 0. 1.
载入后用element方式着色,两个原子是不同的。

在VMD里按数字键1,然后点击原子,在文本窗口可以看到原子信息,包括坐标
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