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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2015-12-21 10:46:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-20 08:12
怀疑你载入时没正确把Co当做Co来读入,而当成了C
比如这个简单的xyz文件
2

这个xyz文件是可以的,故开始怀疑是格式的问题,于是之后试了多种不同的格式,GV直接支持转换的只有pdb能正确识别元素(正确不同着色)。但没有存储在GV中定义的键级。

mol2文件如何调整都不成功,VMD里可以选中院子有会给出类似“00:Co50”之类的信息。
GV产生的xyz文件似乎与vmd支持的不同,里面有成键信息,VMD读不了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-21 10:49:12 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-12-21 10:46
这个xyz文件是可以的,故开始怀疑是格式的问题,于是之后试了多种不同的格式,GV直接支持转换的只有pdb能 ...

gv本身产生不了xyz。你就用gv产生个gjf文件,然后改成xyz格式就行了。
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发表于 Post on 2015-12-21 12:01:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-21 10:49
gv本身产生不了xyz。你就用gv产生个gjf文件,然后改成xyz格式就行了。

啊发现这好用,十分感谢

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发表于 Post on 2015-12-24 05:05:16 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想问一下我在MP2 level下用CheLPG方法fit 电荷的时候要不要加density=current 关键词?我在manual 里看到的说法是By default, population and other analysis procedures use the SCF density (i.e., the Hartree-Fock density for post-SCF methods) 我不太理解这句话的意思,因为我试着用hf算了一下,在相同的构型下和不加density关键词的mp2结果并不一样啊。我以前都是用的 opt mp2/cc-pVTZ Pop=CheLPG scf=tight, 没有density 关键词,会不会有什么后果?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-24 06:58:25 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2015-12-24 05:05
老师您好,我想问一下我在MP2 level下用CheLPG方法fit 电荷的时候要不要加density=current 关键词?我在man ...

MP2计算不加density得到的电荷是HF级别的,加上才是MP2级别的。
scf=tight是多余的,因为是默认的

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发表于 Post on 2015-12-24 15:49:56 | 只看该作者 Only view this author
一个有六配位的过渡金属,优化结构后,虽然其周围还是有六个分子,但是只连接了3个方向的分子,其它三个分子键连线不见了,这样子是正确的结果吗,如果没有连线怎么知道它们之间存在配位作用?

GUD$N8UE(JI0V589TV%VFSI.png (41.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-24 17:59:53 | 只看该作者 Only view this author
14xlliu 发表于 2015-12-24 15:49
一个有六配位的过渡金属,优化结构后,虽然其周围还是有六个分子,但是只连接了3个方向的分子,其它三个分 ...

那是根据距离粗略判断的,没太大意义也不准确
有无明显相互作用通过计算Mayer键级来考察
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发表于 Post on 2015-12-25 16:50:04 | 只看该作者 Only view this author

请教高斯优化激发态的问题

利用高斯程序优化激发态,分子含有124个原子,包括C,H,N,O,还有一个Zn
%mem=6GB
%nprocshared=6

#p opt td(nstates=6,direct) 6-31g/6-31g(d) geom=(connectivity)

Title Card Required

0 1


优化到39步,各项的参数是这样
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000008     0.000450     YES
RMS     Force            0.000002     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.002389     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.000366     0.001200     YES


后面继续优化,但第三项总是不收敛,现在计算到70多步,其他的几个参数也不收敛了。计算了17天了,这个问题要怎么解决?

请教大家,期盼回复,多谢了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-26 07:29:58 | 只看该作者 Only view this author
guoguoupc 发表于 2015-12-25 16:50
利用高斯程序优化激发态,分子含有124个原子,包括C,H,N,O,还有一个Zn
%mem=6GB
%nprocshared=6


处理方法:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
当前收敛程度已经差不多了,可以直接用了

另外关键词写得不合理,绝对不能写6-31g/6-31g(d),看此文
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314

另外,TD里写direct是多余的,TD默认就是direct而且TD也只能用direct
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发表于 Post on 2015-12-27 09:28:43 | 只看该作者 Only view this author
请问,orca和gaussian计算nbo时,可以优化+nbo同时计算?还是必须要用优化好的结构算单点时才能+nbo?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-27 09:33:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2015-12-27 09:28
请问,orca和gaussian计算nbo时,可以优化+nbo同时计算?还是必须要用优化好的结构算单点时才能+nbo?

可以同时
实际上你一测试便知
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发表于 Post on 2015-12-27 09:57:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-27 09:33
可以同时
实际上你一测试便知

多谢sob老师。

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发表于 Post on 2015-12-28 08:36:22 | 只看该作者 Only view this author
谢谢Sob老师!6-31g那里写的是泛函,论坛中的写成了基组!

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发表于 Post on 2015-12-30 16:49:12 | 只看该作者 Only view this author

自旋污染如何解决

计算一个三价锰和硫酸根的配合物,自旋多重度写的3,下面是报错文件,各位老师帮忙看看问题出在哪里?自己去查过自选污染的资料,但还是不明白。是输入的构型偏差太大吗?
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1184.78908841     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.2194D-04             -V/T =  2.0473
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.0000 <S**2>= 2.9956 S= 1.3015
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 1.131242137609D+03 PE=-5.110902658710D+03 EE= 1.627228746665D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     2.9956,   after     2.0338
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09/l502.exe at Mon Dec 28 21:45:15 2015.
Job cpu time:  0 days  6 hours 30 minutes 36.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    178 Int=      0 D2E=      0 Chk=      8 Scr=      2


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发表于 Post on 2015-12-30 18:03:33 | 只看该作者 Only view this author
就是迭代不收敛,参考@sobereva 老师的文章http://sobereva.com/61

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