简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-31 01:02:43

发条鸟发表于 2015-12-30 16:49
计算一个三价锰和硫酸根的配合物，自旋多重度写的3，下面是报错文件，各位老师帮忙看看问题出在哪里？自己 ...

这不是自旋污染的事，解决方法看540L

yezhonghua · 发表于 Post on 2015-12-31 19:44:37

对一个有机物分子进行基态优化，但是计算到结尾的时候，高斯自动停止计算了。非常奇怪的是没有保持，也不知到错在哪里了？希望，哪位大师指点一二。
我的命令行如下：（计算机总内存32G，硬盘2T）
%chk=BD-SYR-4.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
#p opt freq b3lyp/6-31g(d)
第一种错误，我的log文件到下面的时候就停止了（停止的最后几行如下）：
ErrMax= 2.55D-02 EMaxC= 1.00D+00 BMatC= 1.46D+00 BMatP= 2.21D-01
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com:  0.868D+00 0.132D+00
Coeff:    0.868D+00 0.132D+00
Gap=    0.132 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=6.75D-04 MaxDP=4.94D-02 DE= 1.18D+00 OVMax= 1.26D-01

Cycle 3  Pass 0  IDiag  1:
RMSU=  4.49D-04 CP:  9.95D-01  1.44D-01
第二种错误，然后我对结构稍微调整了一下BD-SYR-4-3.gjf，命令不变，继续计算，log文件得到下面行的时候就自动结束了（关键没有报错）：
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC: 9
      There are 384 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
384 vectors produced by pass  0 Test12= 2.68D-13 1.00D-09 XBig12= 1.50D+03 2.23D+01.
AX will form 72 AO Fock derivatives at one time.
接下去，无论我如何调整结构，都会出现上述的第二种情况后，自动结束！

哪位大师能够指点一下，小弟不胜感激！

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-31 22:59:58

yezhonghua 发表于 2015-12-31 19:44
对一个有机物分子进行基态优化，但是计算到结尾的时候，高斯自动停止计算了。非常奇怪的是没有保持，也不知 ...

机子或者系统有问题，运行不稳定，也可能是高斯的bug。
先尝试换其它高斯版本，比如g09 D.01，还不行把内核数、内存少分配一些再试

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-1-1 00:11:07

多谢大师，sob大师您的大名在小木虫上久仰了！今天，终于看到你的回复了，那个激动！

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-1-1 11:27:21

ORCA问题求助。
Sob老师，您好。我在计算一个无烟煤分子模型吸附一个甲烷分子（体系中共41个原子，其中有6个苯环），使用的软件是ORCA。因为前段时间看到您的帖子说计算弱相互作用的底线基组是6-31+G**，所以纠结在结构优化时是否可以使用纯泛函BLYP-D3，基组使用def2-svp，def2-svp/J，这样优化的结果是否可靠？如果基组加了弥散函数，就没有对应的密度拟合基组，那么使用ma-def2-svp基组是不是就无法加速计算呢？
谢谢Sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-1 12:49:21

dy19930508 发表于 2016-1-1 11:27
ORCA问题求助。
Sob老师，您好。我在计算一个无烟煤分子模型吸附一个甲烷分子（体系中共41个原子，其中有6 ...

用orca的话适合用BLYP-D3/def2-SVP结合gCP校正。用了gCP校正就不需要弥散函数了。

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-1-1 13:21:21

sobereva 发表于 2016-1-1 12:49
用orca的话适合用BLYP-D3/def2-SVP结合gCP校正。用了gCP校正就不需要弥散函数了。

谢谢Sob老师。

风飞 · 发表于 Post on 2016-1-2 17:27:10

本帖最后由风飞于 2016-1-2 17:31 编辑

老师：您好！对于在分子轨道的分析中，比如怎样从分之轨道看是属于离域或者简并，是什么配位，是什么杂化等相关信息？老师您有什么简单易懂的技巧或者是对应的书籍获资料推荐吗？谢谢老师！怎样看一个不熟悉化合物中的π电子数呢？是从NBO分析中看吗？如果是，请问是从NBO输出文件中的哪看呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-2 20:01:19

风飞发表于 2016-1-2 17:27
老师：您好！对于在分子轨道的分析中，比如怎样从分之轨道看是属于离域或者简并，是什么配位，是什么杂化等 ...

从分子轨道等值面图形上看，轨道分布区域遍及很大一片区域乃至整个体系，就说此轨道离域性强
简并就是两个或多个轨道能量相同。
杂化根分子轨道没有直接联系，这需要做NBO分析考察。
这种问题，如果没看过结构化学书先看看结构化学。
pi电子数跟NBO分析毫无直接关系，懂结构化学自然就知道怎么判断。

dingniu2 · 发表于 Post on 2016-1-3 12:47:36

请问老师，orca计算一个气体吸附的体系（80个原子并且含有一个铁原子）。为了精确计算吸附能，综合考虑时间和精度，采用以下哪种组合方式比较好？
1.b3lyp/def2-SVP进行几何优化和频率计算，以更高的基组b3lyp/def2-TZVP(-f)算单点。
2.blyp/def2-SVP进行几何优化和频率计算，以杂化泛函b3lyp/def2-QZVP(-f)算单点。

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-3 19:07:05

dingniu2 发表于 2016-1-3 12:47
请问老师，orca计算一个气体吸附的体系（80个原子并且含有一个铁原子）。为了精确计算吸附能，综合考虑时间 ...

2
但是都应当考虑色散校正，def2-SVP还应该结合gCP校正

dingniu2 · 发表于 Post on 2016-1-3 20:50:36

sobereva 发表于 2016-1-3 19:07
2
但是都应当考虑色散校正，def2-SVP还应该结合gCP校正

请问如果选择2的话。在做NBO，DOS，RDG,AIM,HOMO-LUMO等分析时，要用blyp/def2-SVP进行几何优化和频率所得的结果进行分析？还是用b3lyp/def2-QZVP(-f)算单点得到结果进行分析？

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-3 22:19:07

dingniu2 发表于 2016-1-3 20:50
请问如果选择2的话。在做NBO，DOS，RDG,AIM,HOMO-LUMO等分析时，要用blyp/def2-SVP进行几何优化和频率所 ...

这些分析都用B3LYP/def2-SVP就够了，对基组不敏感。NBO、RDG、AIM对于泛函不敏感，BLYP还是B3LYP都可以，但是HOMO-LUMO gap以及DOS绘制时候的横坐标位置（轨道能）对于泛函敏感，所以建议用B3LYP。

dingniu2 · 发表于 Post on 2016-1-3 22:36:13

sobereva 发表于 2016-1-3 22:19
这些分析都用B3LYP/def2-SVP就够了，对基组不敏感。NBO、RDG、AIM对于泛函不敏感，BLYP还是B3LYP都可以 ...

多谢sob老师！

melotus · 发表于 Post on 2016-1-4 11:37:57

Freq任务结果片段如下，Low frequencies不接近与零，这种情况如何处理？
————————————————————————————————————————————
Dipole       = 3.42583098D-02-6.17872909D-01-1.08490819D-01
Polarizability= 2.66880296D+02 2.24253175D+01 1.50666195D+02
               2.18505584D+00 1.36244947D-01 1.44236535D+02
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies ---  -17.8630  -13.2314 -8.8994 -0.0024 -0.0021 -0.0015
Low frequencies --- 17.9536 31.8242 35.0826
Diagonal vibrational polarizability:
   30.7071836    31.1566910    15.5840241
Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),
and normal coordinates:
                  1                   2                   3
                  A                   A                   A
Frequencies --    16.4245             30.9315             35.0354
Red. masses --    9.5120             14.7889                9.2139
Frc consts  --    0.0015                0.0083                0.0067
IR Inten --    0.0884                0.0306                0.1545

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频率计算：Low frequencies不接近与零如何处理

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