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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-4 12:47:36 | 只看该作者 Only view this author
melotus 发表于 2016-1-4 11:37
Freq任务结果片段如下,Low frequencies不接近与零,这种情况如何处理?
——————————————— ...

对于DFT,用opt=tight int=ultrafine。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-1-5 10:29:58 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。请问orca的RI,RIJCOSX加速计算,对能量,几何构型,波函数分析性质这三方面会引起误差吗?什么情况下RI,RIJCOSX造成的误差不可忽略?什么情况下不可以用RI,RIJCOSX加速计算?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-5 11:27:17 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-1-5 10:29
sob老师,您好。请问orca的RI,RIJCOSX加速计算,对能量,几何构型,波函数分析性质这三方面会引起误差吗? ...

各种情况都可以用。除非是做那种小分子很高精度计算。
另外COSX精度也和你用的格点精度有关,RIJ或RIJK和你用的辅助基组有关,辅助基组越大误差越小
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发表于 Post on 2016-1-5 12:27:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-5 11:27
各种情况都可以用。除非是做那种小分子很高精度计算。
另外COSX精度也和你用的格点精度有关,RIJ或RIJK ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-1-7 13:09:03 | 只看该作者 Only view this author
ORCA问题求助
Sob老师,您好。我计算的一个弱相互作用体系,一共有41个原子,使用的软件是ORCA。计算能量使用的关键词是“!RI-PWPB95 D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C RIJCOSX grid4 tightscf nopo” 使用这个基组def2-QZVPP(-g,-f) 计算能量后,是不是BEES误差很小,可以忽略呢?
谢谢Sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-7 14:29:28 | 只看该作者 Only view this author
dy19930508 发表于 2016-1-7 13:09
ORCA问题求助
Sob老师,您好。我计算的一个弱相互作用体系,一共有41个原子,使用的软件是ORCA。计算能量 ...


是的。QZ级别不需要考虑BSSE问题,而且还有一点是DFT-D3本身就是在QZ级别下拟合的参数,再结合counterpoise后可能还有坏处。
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发表于 Post on 2016-1-7 14:31:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-7 14:29
是的。QZ级别不需要考虑BSSE问题,而且还有一点是DFT-D3本身就是在QZ级别下拟合的参数,再结合counterp ...

谢谢Sob老师,您的回答对我太有帮助了!非常感谢您!

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发表于 Post on 2016-1-8 03:53:05 | 只看该作者 Only view this author
soberver老师,请问您在http://pan.baidu.com/share/link? ... =%252Fgau%252FLinux 分享的高斯09D软件是破解版么,可以直接安装使用么?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-8 17:57:26 | 只看该作者 Only view this author
yezhonghua 发表于 2016-1-8 03:53
soberver老师,请问您在http://pan.baidu.com/share/link?shareid=2239785897&uk=1074012119#path=%252Fgau ...

高斯没有破不破解之分,装上就能用
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发表于 Post on 2016-1-9 16:31:53 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,关于orca计算中使用GCP校正问题。
1.对于弱相互作用体系,Gcp是优化中使用还是单点能计算中使用?
2.GCP校正是否对几何结构影响不大,主要校正能量?
3.GCP校正是否不可以用于非弱相互作用?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-9 16:35:02 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-1-9 16:31
请问sob老师,关于orca计算中使用GCP校正问题。
1.对于弱相互作用体系,Gcp是优化中使用还是单点能计算中 ...

1 都用
2 如果基组很小,gCP也会影响结构
3 此时本身就没有什么BSSE问题,所以也没必要用
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发表于 Post on 2016-1-9 16:57:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-9 16:35
1 都用
2 如果基组很小,gCP也会影响结构
3 此时本身就没有什么BSSE问题,所以也没必要用

谢谢sob老师,我计算一个弱相互作用体系,以b3lyp/def2-SVP算几何优化和频率,随后用b3lyp/def2-QZVP(-g,-f)算单点,由于最后要用大方法算了单点能,这时优化那一步是否就不需要加GCP校正了呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-9 20:21:50 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-1-9 16:57
谢谢sob老师,我计算一个弱相互作用体系,以b3lyp/def2-SVP算几何优化和频率,随后用b3lyp/def2-QZVP(-g, ...

优化还得加gCP啊,不然结构不合理,用这个结构算出来的单点能也不合理
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发表于 Post on 2016-1-9 21:24:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-9 20:21
优化还得加gCP啊,不然结构不合理,用这个结构算出来的单点能也不合理

谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2016-1-9 22:53:23 | 只看该作者 Only view this author

请问高斯09计算出现意外终止的问题

             我再计算UV或者S0优化的时候,高斯计算没有结束就终止了,log文件也没有报错:我总共遇到下面三种情况
最后几行如下:
(情况一)
The electronic state of the initial guess is 1-A.
Leave Link  401 at Sat Jan  9 20:34:51 2016, MaxMem= 2684354560 cpu:      33.7
(Enter /home/customer/g09/l502.exe)
Closed shell SCF:
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Using DIIS extrapolation, IDIIS=  1040.


情况(二)
Cycle   1  Pass 0  IDiag  1:
FoFCou: FMM=T IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           1
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=       0 IOpCl=  0
         NMat0=    1 NMatS0=    1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           0 NGrid=           0.
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC:   9


情况(三)
Cycle   2  Pass 0  IDiag  1:
RMSU=  1.14D-03    CP:  9.71D-01
E= -1681.30179128433     Delta-E=       -0.374017779184 Rises=F Damp=T
DIIS: error= 6.85D-03 at cycle   2 NSaved=   2.
NSaved= 2 IEnMin= 2 EnMin= -1681.30179128433     IErMin= 2 ErrMin= 6.85D-03
ErrMax= 6.85D-03 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 6.41D-02 BMatP= 8.08D-01
IDIUse=3 WtCom= 9.31D-01 WtEn= 6.85D-02
Coeff-Com:  0.627D-01 0.937D+00
Coeff-En:   0.101D+00 0.899D+00
Coeff:      0.653D-01 0.935D+00
Gap=     0.176 Goal=   None    Shift=    0.000


不知道是我系统的原因还是高斯软件的原因?我的Linux是cent 0S 6.0.4,高斯软件是09.A.02
望大师指点一二

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