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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-22 17:22:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,有没有批量对比分子结构的软件?通过输入分子结构,可以清楚的指示出哪些结构一样,哪些不一样?目前知道vmd可以通过.xy文件比较两个结构。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-22 17:26:38 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-22 17:16
老师,寻找反应路径时可以找出多个过渡态?如何判断哪个是真实的?有什么经验。谢谢老师!


一个反应物有可能连通多个过渡态,根据自己的化学直觉和对研究的反应的认识,摆合适的过渡态初猜来找对应的过渡态。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-22 17:28:20 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-12-22 17:22
老师,有没有批量对比分子结构的软件?通过输入分子结构,可以清楚的指示出哪些结构一样,哪些不一样?目前 ...

搞化学信息学的人估计对这个比较清楚,肯定有好些现成程序,你可以发帖在分子模拟版里问问,我一时想不起来
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发表于 Post on 2017-12-22 18:32:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,有两个问题想向您请教一下:(1)“偶极矩是能量对外加电场的一阶导数”、“极化率是能量对外加电场的二阶导数”,在Gaussian中,这个“外加电场”是哪来的呢?
(2)“Koopmans定理认为VIP≈-EHOMO,这个对于HF是个可以接受的近似。对于DFT不适用。”不适用于DFT的具体原因是什么呢?

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发表于 Post on 2017-12-22 18:41:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-22 16:12
这里写了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314

请问是否有使用前者计算速率的情况吗?

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发表于 Post on 2017-12-22 18:52:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-22 16:11
X-H....Y的情况,X-Y距离小于3.5埃

谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-22 20:15:13 | 只看该作者 Only view this author
夐异 发表于 2017-12-22 18:32
老师,有两个问题想向您请教一下:(1)“偶极矩是能量对外加电场的一阶导数”、“极化率是能量对外加电场 ...


不是哪来的,而是说,你要计算偶极矩/极化率,是按照那个形式来计算。偶极矩的这种导数定义可以推出来,极化率的那种导数计算形式本身就是从定义上来的

DFT轨道的物理意义和HF不一样,记得Frank Jensen的书里就有讲,可以看看
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发表于 Post on 2017-12-23 14:48:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-12-23 15:15 编辑

老师,请问一个柔性分子的两种构象之间是否可能会不存在过渡态呢?我在两个构象(1.log和16.log)之间做了一个柔性扫描,结果能量是单调上升的,倒是中间有一个受力较小的点,我取那个点搜索过渡态,但是总是会跑到一个极小点上(1.log)。找这个过渡态很长时间也没找到,拜托老师有空帮我看下..
谢谢sob老师。 log.rar (2.42 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2017-12-23 15:30:58 | 只看该作者 Only view this author
sob  老师   这是我在自己高斯输出文件上的内容如图   请问下  这些代表什么

1514013908(1).jpg (3.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

1514013908(1).jpg

1514013971(1).jpg (1.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

1514013971(1).jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-23 16:52:14 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-12-23 15:30
sob  老师   这是我在自己高斯输出文件上的内容如图   请问下  这些代表什么

不用去管它,那是给开发者看的。非要弄清楚需要看程序员手册以及阅读高斯源码
唯独两个对于一般用户有点用的是natoms和nbsuse,前者是体系中原子数,后者是实际用的基函数数目(扣除被自动消除的线性依赖的基函数之后剩下的数目)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-23 19:02:47 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-23 14:48
老师,请问一个柔性分子的两种构象之间是否可能会不存在过渡态呢?我在两个构象(1.log和16.log)之间做了 ...


可能会有。
能量单调上升可能和旁边的C35的环的影响有关,扫到末尾的时候虽然你扫的环已经旋转了,但是C35所在的环的二面角和它在16.log里时的结构还是有明显差异。柔性扫描不能简单地当做IRC的近似来看待。
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发表于 Post on 2017-12-23 19:34:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-12-23 20:25 编辑

谢谢老师的解答.
那我现在想找1.log和16.log之间的过渡态您建议我怎么做比较好呢? 我觉得我想手动摆的话挺难的,或者我同时用刚性扫描同时扫描那两个环,然后看一下二维势能面吗?
如果找不到的话,直接在能量折线图上将这两个构象直接相连吗。。。
感谢sob老师!

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发表于 Post on 2017-12-23 21:40:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-23 16:52
不用去管它,那是给开发者看的。非要弄清楚需要看程序员手册以及阅读高斯源码
唯独两个对于一般用户有点 ...

sob 老师   请问下有专门解释高斯输出文件内容的博客或者什么的不

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-23 21:41:36 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-23 19:34
谢谢老师的解答.
那我现在想找1.log和16.log之间的过渡态您建议我怎么做比较好呢? 我觉得我想手动摆的话挺 ...


二维柔性扫描虽然可以,但是很昂贵。
也有可能不是一步就能转变的过程
如果两个构象能量差别不大,也不是研究的重点,凭直觉觉得容易在考察的温度下自发变化的话,直接相连也凑凑合合,但还是应该文中提一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-23 21:43:25 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-12-23 21:40
sob 老师   请问下有专门解释高斯输出文件内容的博客或者什么的不


高斯能做得任务类型太多了,要说完整的讲,只有在北京科音办的量化培训班里,会讲得十分系统全面

某些类型的任务某些输出在我的一些博文里讲过,诸如TDDFT的,在这里有介绍http://sobereva.com/314
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