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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-26 10:56:43 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问:DFT计算一个分子,如果实际情况上(实验上)分子不发光,激发态优化之后对应的跃迁的振子强度一定接近0或很小吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-26 16:26:19 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-12-26 10:56
Sob老师,请问:DFT计算一个分子,如果实际情况上(实验上)分子不发光,激发态优化之后对应的跃迁的振子强 ...

也未必,比如有可能是什么因素导致荧光淬灭
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-26 17:23:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-12-26 17:26 编辑

sob老师,请教您 :   

自由能可分为 电子能量贡献、振动贡献、转动贡献、平动贡献。加了溶剂模型以后,自由能会有变化(溶解自由能),变化中的极性部分应该可以归为“电子能量贡献变化” ,因为它仅改变了电子能量,这样理解正确吗? (只有电子能量变化了,对于振动能级、转动能级、平动能级是否加溶剂模型的极性部分都没变化)

那么非极性部分可以归为上述四项中的哪一项呢,还是说就是凭空又多出来了一项?


为什么是否考虑非极性部分对计算光谱无影响?这是只限于程序之中吗?


非常感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-26 18:21:25 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-26 17:23
sob老师,请教您 :   

自由能可分为 电子能量贡献、振动贡献、转动贡献、平动贡献。加了溶剂模型以后,自 ...

从溶剂模型的角度来说,如果你是在溶剂下优化又做了振动分析,对振动贡献会产生影响,对转动也会产生影响(因为转动惯量变了)。如果说你不在溶剂下优化和做振动分析,只是算单点的时候带着溶剂模型,可以认为是只影响了结果中的电子能量。此时非极性部分从溶剂模型角度上来说并入了对电子能量的影响,但从物理角度来说,是额外多出来一项。

目前的主流溶剂模型计算非极性部分时只依赖于几何结构,计算垂直过程的光谱问题不涉及到几何结构,因此不产生影响。但实际上,即便是垂直过程,溶剂与溶质之间的非极性相互作用也是对光谱结果有影响的,但影响非常微弱。
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发表于 Post on 2017-12-26 19:06:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-12-26 21:07 编辑

感谢老师的耐心解答!   学生愚笨有几处地方不知道理解的对不对..  再跟您确认下。
对转动也会产生影响(因为转动惯量变了)

是因为带着SCRF优化时与气相优化相比,极小点的位置变了 故两次优化相对应的极小点几何结构变了

此时非极性部分从溶剂模型角度上来说并入了对电子能量的影响,但从物理角度来说,是额外多出来一项。

假如我现在有一个确定的分子保持结构不变,第一次我只考虑极性溶剂效应部分用TDDFT画一个理论电子光谱,第二次极性非极性都考虑再画一个,两次画出的光谱 是一样的。

目前的主流溶剂模型计算非极性部分时只依赖于几何结构

说明势能面各点处的非极性部分取值是不同的。所以在程序中如果第一次只考虑极性溶剂效应画一个基态势能面,第二次极性非极性都考虑。两次画出的电子能量势能面除了高度方面一上一下,形状上来讲或多或少应当是有点儿定性区别的。 但是事实上假如现实中真的能分离极性效应和非极性效应的话,两次电子能量势能面应是无论在高度还是形状都完全重合的,因为从物理上 非极性部分不应属于电子能量。

对吗老师?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-26 23:20:31 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-26 19:06
感谢老师的耐心解答!   学生愚笨有几处地方不知道理解的对不对..  再跟您确认下。
是因为带着SCRF优化时 ...

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发表于 Post on 2017-12-27 08:57:03 | 只看该作者 Only view this author

再次谢谢老师的耐心讲解 这回清楚了。

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发表于 Post on 2017-12-27 11:46:10 | 只看该作者 Only view this author
请问为什么在运行时总出现这样的提示
qsub: Job exceeds queue resource limits MSG=cannot locate feasible nodes (nodes file is empty or all systems are busy)
[neduliu7@cluster ci]$ cd
[neduliu7@cluster ~]$ cd opt
[neduliu7@cluster opt]$ cd ci
[neduliu7@cluster ci]$ ls
scp-Fe-TS1.chk  scp-Fe-TS1.gjf
[neduliu7@cluster ci]$ run.g09 scp-Fe-TS1.chk scp-Fe-TS1.gjf
qsub: Job exceeds queue resource limits MSG=cannot locate feasible nodes (nodes file is empty or all systems are busy)
[neduliu7@cluster ci]$
请问是我的输入文件的问题,还是服务器的问题呀。经常会遇到这样的提示!有时候自己把输入文件重新保存下就好了,有时候就不行呢。请问这到底是什么原因引起的呢?谢谢!不胜感激!

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发表于 Post on 2017-12-27 16:01:31 | 只看该作者 Only view this author

关于td输入文件的溶液问题

  请问老师,在计算td时,设计两种或多种溶液,时输入文件该怎样书写?

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发表于 Post on 2017-12-27 16:28:27 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想请问一下,在gaussianD01 32位Windows版本下,在配置文件中设置参数时,调用核数可以有多少核调用多少核对吗?而调用内存是有上限的,liyuanhe说最稳定的最高值约为1300MB,请问可以更高一些吗?

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发表于 Post on 2017-12-27 16:55:01 | 只看该作者 Only view this author
大家好,想问一下,看到一篇文献说 “采用IEFPCM模型,介电常数4被用来模拟酶环境”,我想问一下,这是介电常数是怎么设置的?是要手动输入吗?
头顶笠帽,身披蓑衣,独钓江雪

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发表于 Post on 2017-12-27 16:55:48 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,有推荐的用于量化计算的台式机配置吗?

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发表于 Post on 2017-12-27 17:40:28 | 只看该作者 Only view this author
eureka

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-27 19:13:11 | 只看该作者 Only view this author
李宏俊 发表于 2017-12-27 16:55
Sob老师,有推荐的用于量化计算的台式机配置吗?

淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6310

看末尾的推荐
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-27 19:13:29 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2017-12-27 16:55
大家好,想问一下,看到一篇文献说 “采用IEFPCM模型,介电常数4被用来模拟酶环境”,我想问一下,这是介电 ...


看此文,自定义溶剂,写eps=4.0
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
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