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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-1-13 17:01:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-1-13 17:05 编辑
布清 发表于 2018-1-13 16:36
老师好,不好意思打扰了,学生在通过进行溶剂效应计算时,遇到了以下问题:1)学生是需要的是混合溶剂,其 ...

(1)自定义溶剂需要查到溶剂的介电常数;
(2)混合溶剂直接按照混合体积比去定义介电常数,即混合溶剂的介电常数等于原来两种溶剂的介电常数按照混合体积比定义。(说清楚了吗?感觉表达有点吃力~意思就是混合溶剂在Gaussian里就是按照比例混合它们的介电常数。)
(3)这个问题Gaussian官网上这么写的:We list the ε values here for convenience, but be aware it is only one of many internal parameters used to define solvents. Thus, simply changing the ε value will not define a new solvent properly.

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发表于 Post on 2018-1-13 22:05:57 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2018-1-13 17:01
(1)自定义溶剂需要查到溶剂的介电常数;
(2)混合溶剂直接按照混合体积比去定义介电常数,即混合溶剂 ...

好的,谢谢您的指导。我还有一个问题,请问怎么去表述呢,因为有些混合溶剂的介电常数的和与某些单一体系是的介电常数是相似的。是我还需要添加什么语句么?还是怎么?谢谢

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发表于 Post on 2018-1-14 21:58:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2018-1-14 21:59 编辑

老师,用IRC进行反应路径的计算,关键词是:irc=(calcall,maxpoints=100) b3lyp/GenEcp Temperature=298.15,但是结果如图所示。怎么只有后半段?并且,点也只有37个?(原子数只有20个)


1111.jpg (37.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

1111.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-14 22:42:58 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-1-12 15:28
Sob老师,您好,请问能否采用gaussian来计算分子晶体的激发态性质呢,是直接采用晶体结构中的结构参数来计 ...

这种做法没法考虑周围环境产生的耦合作用
严格计算是用第一性原理程序做PBC下的计算。如果用Gaussian,起码把周围分子的原子用背景电荷描述
此文有一些相关信息
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-14 22:43:24 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-1-14 21:58
老师,用IRC进行反应路径的计算,关键词是:irc=(calcall,maxpoints=100) b3lyp/GenEcp Temperature=298.15 ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-14 22:44:03 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-1-12 20:02
各位大神,我算NBO,用这个这些关键词可以么?# pop=(nboread,savenbo) m06l/genecp scf=xqc            别 ...


直接pop=nbo就完了,没有特殊要求不要写其它的,不要被误导
没报错就算正常完成了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-14 22:44:50 | 只看该作者 Only view this author
布清 发表于 2018-1-13 16:36
老师好,不好意思打扰了,学生在通过进行溶剂效应计算时,遇到了以下问题:1)学生是需要的是混合溶剂,其 ...

仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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发表于 Post on 2018-1-15 11:16:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-14 22:42
这种做法没法考虑周围环境产生的耦合作用
严格计算是用第一性原理程序做PBC下的计算。如果用Gaussian, ...

谢谢Sob老师!另外:opt=calcfc与TD可以联用吗?即 #p opt=calcfc td=nstates=7 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-15 13:13:15 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-1-15 11:16
谢谢Sob老师!另外:opt=calcfc与TD可以联用吗?即 #p opt=calcfc td=nstates=7 ...

对于G16可以
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发表于 Post on 2018-1-15 14:44:07 | 只看该作者 Only view this author

联用的时候,结束之后打开log文件,会弹出unable to orient dipole derivatives,这是否正常,该结果可以用吗?

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发表于 Post on 2018-1-15 16:35:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用b3lyp 6-31g(d)计算的过渡态虚频有-200,当我把输出的结构换大基组6-31+g(d,p)重新找过渡态时,虚频只有-50,振动模式正确,这个结果可用吗?还是有什么办法增大虚频?谢谢老师

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发表于 Post on 2018-1-15 17:43:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教您:
在高斯中用opt=TS找过渡态时,若反应过程涉及共价键的断裂和连接,是否有可能反应物和产物都是普通的闭壳层单重态,但是过渡态结构是自旋极化单重态呢?

若有可能的话,这时找过渡态的关键词是否需要额外加上 "U guess(mix,always) nosymm" ? 或者是先用一个任务产生过渡态结构的片断初猜,然后在找过渡态时写上"guess=read stable=opt" ?

若找到了一个自旋极化单重态的过渡态,之后跑IRC时,关键词需要有什么改动吗 ?


谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-15 18:13:03 | 只看该作者 Only view this author
chrishuo 发表于 2018-1-15 16:35
sob老师,我用b3lyp 6-31g(d)计算的过渡态虚频有-200,当我把输出的结构换大基组6-31+g(d,p)重新找过渡态时 ...

刻意增大虚频是没有意义的
如果6-31+G**下IRC也走得通,说明没错
如果有某些特殊原因就是想让虚频更大,尝试M06-2X
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-15 18:13:13 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-1-15 14:44
联用的时候,结束之后打开log文件,会弹出unable to orient dipole derivatives,这是否正常,该结果可以 ...

无视即可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-15 18:14:06 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-1-15 17:43
sob老师,请教您:
在高斯中用opt=TS找过渡态时,若反应过程涉及共价键的断裂和连接,是否有可能反应物和 ...

这种情况极少有,虽然也不排除能找到个例的可能
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