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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-1-17 11:19:03 | 只看该作者 Only view this author
我看文献上很多人建的不同尺寸的量子差异较大,请问老师可以用什么软件构建不同尺寸的量子点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-17 13:49:21 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-1-17 11:19
我看文献上很多人建的不同尺寸的量子差异较大,请问老师可以用什么软件构建不同尺寸的量子点?

看具体类型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-1-17 14:46:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-16 15:12
我不清楚你打算以何种方式分析原子轨道、具体分析什么、原子轨道以什么方式表现。这跟nosymm没直接关系

老师,拜读了您的文章后,想用NAO方法分析原子轨道的贡献,分析原子在指定轨道编号中的贡献并绘制轨道图,但是您说“”某个原子轨道贡献时必须指明分子朝向,否则没有意义” 不太懂如何指定朝向

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-17 15:05:23 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-1-17 14:46
老师,拜读了您的文章后,想用NAO方法分析原子轨道的贡献,分析原子在指定轨道编号中的贡献并绘制轨道图 ...

在可视化程序里显示出笛卡尔轴,和分子放在一起,让别人知道哪个方向是XYZ
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-1-17 15:10:06 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,学习了振动分辨的电子光谱的计算http://sobereva.com/223,请问

1. 文中关于计算FC因子的关键词中都有nosymm,这是必须的吗?如果不加会有什么影响?

2. 如果想得到Duschinsky矩阵,下面的表头书写是否正确呢?

%chk=xxx.chk
# opt freq=(FC,readFCHT) hf/6-31G(d,p)  nosymm

[分子坐标]

prtmat=12

%chk=xxx_exc.chk

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发表于 Post on 2018-1-17 15:10:07 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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发表于 Post on 2018-1-17 15:42:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-17 15:05
在可视化程序里显示出笛卡尔轴,和分子放在一起,让别人知道哪个方向是XYZ

好的,感谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-17 17:26:25 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-17 15:10
请教老师,学习了振动分辨的电子光谱的计算http://sobereva.com/223,请问

1. 文中关于计算FC因子的关键 ...

1 不加可能造成两个态的结构没法匹配。虽然不写也未必有问题,但写了保险
2 忘了。试试便知
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发表于 Post on 2018-1-17 21:59:04 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想请问一下在SMD模型下优化铜的络合物时出错应该怎么调整呢?
关键词是#p opt=Z-MATRIX freq b3lyp/genecp scrf=(solvent=methanol,smd) geom=connectivity temperature=373.15
输出文件的后部分如下
------------------------------------------------------------------------------
Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model                : PCM.
Atomic radii         : SMD-Coulomb.
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method      : Matrix inversion.
Cavity type          : VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.000).
Cavity algorithm     : GePol (No added spheres)
                        Default sphere list used, NSphG=   37.
                        Lebedev-Laikov grids with approx.  5.0 points / Ang**2.
                        Smoothing algorithm: Karplus/York (Gamma=1.0000).
                        Polarization charges: spherical gaussians, with
                                              point-specific exponents (IZeta= 3).
                        Self-potential: point-specific (ISelfS= 7).
                        Self-field    : sphere-specific E.n sum rule (ISelfD= 2).
1st derivatives      : Analytical E(r).r(x)/FMM algorithm (CHGder, D1EAlg=3).
                        Cavity 1st derivative terms included.
Solvent              : Methanol, Eps=  32.613000 Eps(inf)=   1.765709
------------------------------------------------------------------------------
Consistency failure #1 in Separa.
Error termination via Lnk1e in d:\g09w\l301.exe
麻烦老师了!

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发表于 Post on 2018-1-17 22:18:41 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我看了您发的制作多中心键级的帖子http://sobereva.com/200,想要制作一个石墨边缘C-C键的sigma键级分析,但是我将自己算的fchk文件拖入multiwfn之后,运行100 22 0.出现了这样的错误:error:unable to detect the system plane. 请问这是什么原因?(这些fchk文件在做mayer键级,elf和rdg时都没有问题)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-17 23:59:41 | 只看该作者 Only view this author
doublelbegins 发表于 2018-1-17 21:59
老师您好,想请问一下在SMD模型下优化铜的络合物时出错应该怎么调整呢?
关键词是#p opt=Z-MATRIX freq b3 ...


输入文件本身没问题。bug所致。
尝试改用最新的版本,或者尝试别的溶剂模型
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 00:01:13 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2018-1-17 22:18
sob老师好,我看了您发的制作多中心键级的帖子http://sobereva.com/200,想要制作一个石墨边缘C-C键的sigma ...


为什么要选100-22-0?
直接进主功能9计算键级就完了。手册4.8节有大量计算键级的例子
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发表于 Post on 2018-1-18 07:43:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ccccn345 于 2018-1-18 07:44 编辑
sobereva 发表于 2018-1-17 17:26
1 不加可能造成两个态的结构没法匹配。虽然不写也未必有问题,但写了保险
2 忘了。试试便知

谢谢回复,我按照我上面写的格式书写,尝试后计算第二个文件时总是显示Segmentation fault,请问老师是否知道问题出在哪里?具体输入文件如下:

文件1,h2o.com
%nprocshared=8
%mem=10GB
%chk=h2o.chk
# opt td hf/3-21g freq=saveNM

Title Card Required

0 1
O                  6.37073845   -0.05681818    0.00000000
H                  7.33073845   -0.05681818    0.00000000
H                  6.05028386    0.84811765    0.00000000

1 2 1.0 3 1.0
2
3

文件2,h2ogs.com
%nprocshared=8
%mem=10GB
%chk=h2ogs.chk
# opt freq=(FC,ReadFCHT) hf/3-21g nosymm

Title Card Required

0 1
O                  6.37073845   -0.05681818    0.00000000
H                  7.33073845   -0.05681818    0.00000000
H                  6.05028386    0.84811765    0.00000000

1 2 1.0 3 1.0
2
3

prtmat=12

h2o.chk

也尝试把文件2修改成如下,还是一样的错误

%nprocshared=8
%mem=10GB
%chk=h2ogs.chk
# opt freq=FC hf/3-21g nosymm

Title Card Required

0 1
O                  6.37073845   -0.05681818    0.00000000
H                  7.33073845   -0.05681818    0.00000000
H                  6.05028386    0.84811765    0.00000000

1 2 1.0 3 1.0
2
3

h2o.chk

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发表于 Post on 2018-1-18 09:07:08 | 只看该作者 Only view this author
sunmh1112 发表于 2018-1-16 16:39
你应该好好看看Gaussian的说明书,关键词该怎么写就怎么写。Gaussian不区分大小写,但不代表你就可以乱写!

嗯嗯,好的,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 10:10:37 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-18 07:43
谢谢回复,我按照我上面写的格式书写,尝试后计算第二个文件时总是显示Segmentation fault,请问老师是否 ...

你没写geom=connectivity,显然应当去掉这些连接关系:
1 2 1.0 3 1.0
2
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