计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5671#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 19:56:15 | 只看该作者 Only view this author
shanbei123 发表于 2018-1-18 17:55
计算第一激发态S1结构,计算方法B3LYP与UB3LYP有什么区别,哪一个方法更精确?如果是T1的优化,必须使用UB3 ...

S1要用TDDFT之类的算,B3LYP只是指定用什么泛函。初学者不要去写U、R、RO这些前缀。
T1怎么优化这里说明了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

5672#
发表于 Post on 2018-1-18 20:21:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您看我这个能量是震荡了吧。我已经把步长上限设置成三了,关键词设置是 #p opt=(calcfc,maxstep=3,notrust,ts,noeigentest) freq=noraman m06l/gen
ecp int=(ultrafine,acc2e=12) scf=xqc,我是应该继续减少步长上限么? 下面那个能量曲线是代表的什么啊,我一直不会看。

FMD7QQB@ERS7PZ7}36SQ($1.png (66.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

FMD7QQB@ERS7PZ7}36SQ($1.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5673#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 20:32:34 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-1-18 20:21
sob老师,您看我这个能量是震荡了吧。我已经把步长上限设置成三了,关键词设置是 #p opt=(calcfc,maxstep=3 ...

下面是平均受力

noraman完全多余
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

尝试calcall
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

334

帖子

0

威望

2357

eV
积分
2691

Level 5 (御坂)

5674#
发表于 Post on 2018-1-18 21:15:33 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢Sob老师

55

帖子

0

威望

188

eV
积分
243

Level 3 能力者

5675#
发表于 Post on 2018-1-18 21:24:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-18 17:50
仔细看此文,弄清楚理论光谱是怎么来的就自然清楚了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光 ...

非常感谢sob老师。但有几点还没搞清楚:1. 后面几条曲线的颜色都是一样的了,如何改为都不一样?2. 图例的位置怎么移动,与曲线重合了;
3.  我只想要右Y轴,不想要左Y轴,怎么去掉左Y然后把右Y 放到左边呢?     
4. 每个峰中间都有一天竖线,能不能去掉?怎么去掉呢?
O(∩_∩)O谢谢            

1.png (43.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

1.png

55

帖子

0

威望

188

eV
积分
243

Level 3 能力者

5676#
发表于 Post on 2018-1-18 21:40:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-18 17:50
仔细看此文,弄清楚理论光谱是怎么来的就自然清楚了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光 ...

还有,网格线怎么删掉呀?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5677#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 22:18:57 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-1-18 21:40
还有,网格线怎么删掉呀?

界面上有选项,仔细一看就能找到,找不到我再具体回复你
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5678#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 22:21:41 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-1-18 21:24
非常感谢sob老师。但有几点还没搞清楚:1. 后面几条曲线的颜色都是一样的了,如何改为都不一样?2. 图例 ...

1、2 把数据导出,弄到origin里可以做更多调节。图例位置没法改,颜色都是内置的
3 没法实现
4 选9 Toggle showing discrete lines
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

91

帖子

0

威望

419

eV
积分
510

Level 4 (黑子)

5679#
发表于 Post on 2018-1-18 22:39:59 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  图中的r是指什么半径呢   

1516285986(1).jpg (62.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

1516285986(1).jpg

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5680#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 22:42:17 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-1-18 22:39
sob 老师  图中的r是指什么半径呢

距离此基函数所属中心(通常是原子核)的距离
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

49

帖子

0

威望

282

eV
积分
331

Level 3 能力者

5681#
发表于 Post on 2018-1-19 10:21:13 | 只看该作者 Only view this author
请问一下各位老师,在计算相互作用能的时候,E=E(A-B)-EA-EB, 结果出现了正值,这是什么情况呀?谢谢各位老师的回答!

201

帖子

2

威望

1354

eV
积分
1595

Level 5 (御坂)

5682#
发表于 Post on 2018-1-19 12:54:54 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 请问对一个常温常压下是固体且熔点大概一百多度的物质(可能是分子晶体),可以用Boltzmann分布近似来说它处于固体时不同构象大概分布吗?
我知道高斯中都是当作理想气体的。我想请教下您如果它是分子晶体单晶的话是不是只能有一种构象?若不是晶体只是固体,则有多种构象并存?
谢谢老师!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5683#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-19 13:05:05 | 只看该作者 Only view this author
戴上墨镜看世界 发表于 2018-1-19 10:21
请问一下各位老师,在计算相互作用能的时候,E=E(A-B)-EA-EB, 结果出现了正值,这是什么情况呀?谢谢各位 ...

数据读取错误,或者结构没有在当前级别下优化(或者优化了,但是优化的级别没法定性给出正确的结构)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5684#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-19 13:06:11 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-1-19 12:54
sob老师 请问对一个常温常压下是固体且熔点大概一百多度的物质(可能是分子晶体),可以用Boltzmann分布近似 ...

不能。晶体环境中结构受到周围环境束缚,没法通过计算单一分子不同构象的自由能来考察分布比例
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

201

帖子

2

威望

1354

eV
积分
1595

Level 5 (御坂)

5685#
发表于 Post on 2018-1-19 13:53:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-1-19 13:54 编辑
sobereva 发表于 2018-1-19 13:06
不能。晶体环境中结构受到周围环境束缚,没法通过计算单一分子不同构象的自由能来考察分布比例

一:
柔性分子的  分子晶体也是可有多种构象的,只是由于受到周围环境束缚所以不能用Boltzmann分布来计算比例?对吗老师?






二:是这样的老师,现在实验上做出了一个反应,我想计算一下反应机理。
首先有这样一个过程,在醋酸溶剂中发生, A+B----[A--B]----[TS]---P  

A和B常温常压下都是固体,B的结构明确知道了。在溶液中我用molclus找到了四种A的主要构象,用Boltzmann分布计算了一下,第一种A是占很大优势的。
同时在溶液中也找到了几种[A--B]的复合物极小点结构,能量都差不多,到各自TS的势垒也差不多。这几种[A--B]之中的A和单独用molclus找到的那几种A的结构看起来都是分别对应的。 那么是否很大概率上反应走的是与A的最优构象最接近的[A--B]这条路径?

话有点多,十分感谢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 20:33 , Processed in 0.546846 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list