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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-19 14:12:07 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-1-19 13:53
一:
柔性分子的  分子晶体也是可有多种构象的,只是由于受到周围环境束缚所以不能用Boltzmann分布来计 ...

分子晶体的不同构象,应当通过计算不同构象下分子晶体的自由能来考察,而不是只在真空里算一个分子自由能来考察

可以这么说

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-1-19 14:36:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-19 13:06
不能。晶体环境中结构受到周围环境束缚,没法通过计算单一分子不同构象的自由能来考察分布比例

@sobereva谢谢老师,这种情况是不是要重新进行优化呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-19 14:37:54 | 只看该作者 Only view this author
戴上墨镜看世界 发表于 2018-1-19 14:36
@sobereva谢谢老师,这种情况是不是要重新进行优化呀?

对不同构象的分子晶体分别优化、做振动分析,得到自由能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-1-19 14:46:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-19 14:37
对不同构象的分子晶体分别优化、做振动分析,得到自由能

谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-1-19 15:03:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-19 14:12
分子晶体的不同构象,应当通过计算不同构象下分子晶体的自由能来考察,而不是只在真空里算一个分子自由能 ...

明白了 感谢老师的指导!

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发表于 Post on 2018-1-19 17:37:11 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,
请问在gaussview中如何将蛋白分子和水分层显示?比如,蛋白显示成wirerame形状,水显示成ball&stick形状

h1.pdb

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-19 17:41:37 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2018-1-19 17:37
老师您好,
请问在gaussview中如何将蛋白分子和水分层显示?比如,蛋白显示成wirerame形状,水显示成ball& ...

用ONIOM分层设置工具设置,低层和高层显示方式默认是不同的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-1-19 18:22:56 | 只看该作者 Only view this author

在几何优化和吸收光谱的计算中可以选择不一样的泛函吗?

在选择体系最适合的泛函的时候,我是先用B3LYP泛函优化的,在计算吸收光谱时发现与实验值相差较多,这个时候我是应该在已经用B3LYP泛函优化的基础之上换泛函计算吸收光谱 还是从几何优化的时候就换泛函?
高斯计算新手,请教一下大家。

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发表于 Post on 2018-1-19 19:16:54 | 只看该作者 Only view this author
本身激发能的计算值就与泛函的选择有直接关系。
可以直接在B3LYP优化的结构下,换泛函进行计算。

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发表于 Post on 2018-1-19 21:17:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-18 22:18
界面上有选项,仔细一看就能找到,找不到我再具体回复你

谢谢sob老师,找到了

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发表于 Post on 2018-1-19 21:59:27 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师!
还想请问一下使用B3LYP优化一个对称度很高的络合物
#p opt freq b3lyp/genecp scrf=(solvent=methanol,smd) geom=connectivity temperature=373.15
在不收敛的情况且反复震荡的情况下下保存了最后一步的结构尝试过
1.opt=cartesian
2.opt=(Maxstep=5, notrustupdate,GDIIS,calcfc)
3.opt=(calcfc,maxstep=5,notrustupdate,cartesian)
4.opt=(calcfc,maxstep=5,notrustupdate,z-matrix) symm=loose
5.修改初始结构
均不收敛且反复震荡,但放宽收敛标准后频率计算出现虚频,想向老师请教可以怎样调整命令吗?还是换方法比较好呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-19 22:10:49 | 只看该作者 Only view this author
doublelbegins 发表于 2018-1-19 21:59
谢谢老师!
还想请问一下使用B3LYP优化一个对称度很高的络合物
#p opt freq b3lyp/genecp scrf=(solvent= ...


先弄清楚虚频的原因,是因为优化不精确,还是本身没有高对称性却被约束成了高对称性所导致的。

写symm=loose、z-matrix都是多余的。越用cartesian越容易震荡、收敛慢
calcall或recalc=x直接有助于解决震荡

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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发表于 Post on 2018-1-20 07:12:58 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,HF中的fock算符,对于它的库伦积分项总是正值,那两个电子在同一轨道J11,和不同轨道J12的库伦积分,哪个大?为什么?可以用两电子的距离远近解释吗?

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发表于 Post on 2018-1-20 10:04:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-10 14:56
优化时候就考虑隐式溶剂模型,耗时只会增加15%左右而已

Sob老师,在计算金属离子的单点能量时,除了考虑溶剂化效应,还要在体系中加水分子吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 10:39:59 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-1-20 10:04
Sob老师,在计算金属离子的单点能量时,除了考虑溶剂化效应,还要在体系中加水分子吗?

金属离子光靠隐式溶剂模型是肯定描述不准的,要考虑显式溶剂(本身很多金属离子也会和溶剂分子间有配位作用),不过这时候得到的单点能就是这个团簇的能量了
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