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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-1-18 11:25:25 | 只看该作者 Only view this author
请问双自由基写0 1还是0 3,有两个未成对电子S=1,2S+1=3,但是又说双自由基是单重态所以要写0 1?谢谢老师

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发表于 Post on 2018-1-18 11:27:30 | 只看该作者 Only view this author
请教老师一个问题:
走IRC的时候,要先calcfc,为了省时间,能否把calcfc换成ReadCartesianFc,从生成TS的chk文件里面读取Hessian矩阵?我试了,这样做是可行的,但想知道这样做合理吗?

我担心的是,生成TS的chk文件里面算了两次Hessian矩阵,刚开始优化的时候有一次calcfc,最后(收敛之后)振动分析时又计算了一次,ReadCartesianFc是读取最后那个Hessian矩阵吗?

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发表于 Post on 2018-1-18 11:47:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-18 10:10
你没写geom=connectivity,显然应当去掉这些连接关系:
1 2 1.0 3 1.0
2

谢谢老师回复

我去掉这些连接关系,跑第二个文件依旧显示Segmentation fault。想问有没有相关的表头文件比较一下问题所在?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 13:27:42 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2018-1-18 11:27
请教老师一个问题:
走IRC的时候,要先calcfc,为了省时间,能否把calcfc换成ReadCartesianFc,从生成TS的 ...

可行

最后一次的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 13:28:01 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2018-1-18 11:25
请问双自由基写0 1还是0 3,有两个未成对电子S=1,2S+1=3,但是又说双自由基是单重态所以要写0 1?谢谢老师
...

谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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发表于 Post on 2018-1-18 15:14:18 | 只看该作者 Only view this author
高斯b3lyp/6-31g(d,p)和m06-2x/6-311g(d,p)计算苯酚的化学位移,酚羟基氢的化学位移均在4左右,与核磁库中的差别很大,请问有什么原因吗?谢谢附我的输入文件
%chk=222.chk
%nprocshared=12
%mem=2GB
# nmr m062x/6-311g(d,p) scrf(SMD,solvent=DMSO) guess=read geom=checkpoint

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发表于 Post on 2018-1-18 16:16:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-18 00:01
为什么要选100-22-0?
直接进主功能9计算键级就完了。手册4.8节有大量计算键级的例子

老师您好,我是想按照帖子里那样将pi轨道的占据数归零,再去计算总键级,这样来得到sigma键级。直接进入主功能的9也能实现这个功能么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 16:27:19 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2018-1-18 16:16
老师您好,我是想按照帖子里那样将pi轨道的占据数归零,再去计算总键级,这样来得到sigma键级。直接进入 ...

不能。
如果你的体系不是纯平面的且完全平行于某个笛卡尔平面,则没法用100-22。或者你先对体系做轨道定域化,然后用最新版Multiwfn里的100-22来识别pi定域化轨道并设置占据数,看最新版手册里4.100.22的示例。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 16:27:49 | 只看该作者 Only view this author
oucli 发表于 2018-1-18 15:14
高斯b3lyp/6-31g(d,p)和m06-2x/6-311g(d,p)计算苯酚的化学位移,酚羟基氢的化学位移均在4左右,与核磁库中 ...

谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354
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发表于 Post on 2018-1-18 16:35:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-18 16:27
不能。
如果你的体系不是纯平面的且完全平行于某个笛卡尔平面,则没法用100-22。或者你先对体系做轨道定 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-1-18 16:48:44 | 只看该作者 Only view this author
我想做一个频率和IR强度的曲线,但是gaussview显示出来的纵坐标是摩尔吸收系数(mol-1 cm-1),请问如何转化成IR活性单位(km/mol)?
大家是不是将数据导出到origin中做的图呀?因为我要多条曲线拟合在一张图里。
谢谢大家!

IR.jpg (103.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2018-1-18 16:50:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-18 13:27
可行

最后一次的

谢谢Sob老师答疑。

再一个小问题请教老师:
找到了过渡态,但过渡态优化好之后除了想要的虚频之外,还有一个虚频,Freq -45.13, Infrared 0.67, 仅仅涉及一个甲基的旋转。这个虚频很难去掉,尝试带着这个虚频走了IRC,也很漂亮,没什么问题。不过,将来要是发文章的话,这个虚频可以带着吗?还是得想方设法去掉?如果必须去掉的话,计算级别和参数一改动,恐怕很多内容都得重算了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 17:50:09 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-1-18 16:48
我想做一个频率和IR强度的曲线,但是gaussview显示出来的纵坐标是摩尔吸收系数(mol-1 cm-1),请问如何转化 ...


仔细看此文,弄清楚理论光谱是怎么来的就自然清楚了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224

Multiwfn可以同时绘制多个光谱,看此文末尾
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-18 17:52:15 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2018-1-18 16:50
谢谢Sob老师答疑。

再一个小问题请教老师:

你可以不提它
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发表于 Post on 2018-1-18 17:55:27 | 只看该作者 Only view this author

激发态计算

计算第一激发态S1结构,计算方法B3LYP与UB3LYP有什么区别,哪一个方法更精确?如果是T1的优化,必须使用UB3LYP吗?

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