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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 10:44:46 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-20 07:12
请教老师,HF中的fock算符,对于它的库伦积分项总是正值,那两个电子在同一轨道J11,和不同轨道J12的库伦积 ...


不一定,看轨道分布特征,甚至有可能精确相等。两个轨道电子密度分布范围相差越大,J12比J11相差得就会越大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-1-20 10:51:37 | 只看该作者 Only view this author
@sobereva老师您好!昨天我问了一个关于相互作用能的问题,换结构优化之后还是正值。我是计算A(离子液体)-B(普通有机溶剂)之间的相互作用能,分别在相同的水平下计算了A-B,A和B的能量,E(A-B)-E(A)-E(B)得到的结果是正值,我换结构之后能量没怎么变化。请问老师这个还是结构的问题吗?

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发表于 Post on 2018-1-20 11:18:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-19 22:10
先弄清楚虚频的原因,是因为优化不精确,还是本身没有高对称性却被约束成了高对称性所导致的。

写sy ...

嗯嗯,好的。谢谢老师耐心解答!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 11:40:45 | 只看该作者 Only view this author
戴上墨镜看世界 发表于 2018-1-20 10:51
@sobereva老师您好!昨天我问了一个关于相互作用能的问题,换结构优化之后还是正值。我是计算A(离子液体) ...

是一些琐碎问题导致的,远程说不清楚,只要搞清楚基本逻辑,就不会搞不明白。
你把溶剂分子和离子液体摆一起优化,优化过程它们肯定越来越近、接触越来越紧密,同时能量也不断降低,显然不可能算出来这个过程能量变化是正的
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发表于 Post on 2018-1-20 14:51:07 | 只看该作者 Only view this author
请问G09中计算的默认温度是298K对吗?

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发表于 Post on 2018-1-20 15:34:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-20 10:44
不一定,看轨道分布特征,甚至有可能精确相等。两个轨道电子密度分布范围相差越大,J12比J11相差得就会 ...

谢谢回复

那如果这两个轨道简并呢?会是什么情况?为什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 15:56:21 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-1-20 14:51
请问G09中计算的默认温度是298K对吗?

对于热力学数据计算,是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 15:57:20 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-20 15:34
谢谢回复

那如果这两个轨道简并呢?会是什么情况?为什么?


考虑苯的简并的不同的pi轨道,其分布范围明显不同,此时J11(自库伦互斥)>J12(轨道间的库仑互斥)
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发表于 Post on 2018-1-20 16:10:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-20 11:40
是一些琐碎问题导致的,远程说不清楚,只要搞清楚基本逻辑,就不会搞不明白。
你把溶剂分子和离子液体摆 ...

谢谢老师的回复!

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发表于 Post on 2018-1-20 20:45:05 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  分裂基组中  有没有4-22G  6-22G等呢  文献以及课本上看到的几乎是3-21G 4-31G 6-31G   如  (8s4p/4s)/[3s2p/2s]为什么就是4-31G  为什么不能是4-22G

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 21:26:18 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-1-20 20:45
sob 老师  分裂基组中  有没有4-22G  6-22G等呢  文献以及课本上看到的几乎是3-21G 4-31G 6-31G   如  (8s ...

不是不能,而是根据实际研究发现性价比不高,所以作者没提出这种收缩方式。
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发表于 Post on 2018-1-20 21:35:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-20 10:39
金属离子光靠隐式溶剂模型是肯定描述不准的,要考虑显式溶剂(本身很多金属离子也会和溶剂分子间有配位作 ...

显示溶剂,比如水分子是随便自己加吗?还是根据体系加,即体系中有几个水分子和金属离子一起算?

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发表于 Post on 2018-1-20 22:36:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-20 15:56
对于热力学数据计算,是

老师,由于实验上分别在78K和298K做了发射光谱,那我在G09里面计算发射光谱,默认是298K吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 23:52:54 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-1-20 21:35
显示溶剂,比如水分子是随便自己加吗?还是根据体系加,即体系中有几个水分子和金属离子一起算?

让水分子足够包住离子
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发表于 Post on 2018-1-21 00:07:34 | 只看该作者 Only view this author

计算出错

最近在算含Pt和Pd的一个分子(如图), 单独算含Pt的部分和Pd的部分都可以正常收敛,但是把这两个片段接到一起算就始终中断,请告诉指教是什么问题?

用的keyword是:# opt b3lyp/gen scrf geom=connectivity density pop=reg
Basic set 是:C H N P 0
3-21G*
****
Pd     0
S   3   1.00
      2.7870000             -1.6102393
      1.9650000              1.8489842
      0.6243000              0.6037492
S   4   1.00
      2.7870000              1.3540775
      1.9650000             -1.6780848
      0.6243000             -0.8559381
      0.1496000              1.0200299
S   1   1.00
      0.0436000              1.0000000
P   3   1.00
      5.9990000             -0.1034910
      1.4430000              0.7456952
      0.5264000              0.3656494
P   2   1.00
      0.7368000              0.0763285
      0.0899000              0.9740065
P   1   1.00
      0.0262000              1.0000000
D   3   1.00
      6.0910000              0.0376146
      1.7190000              0.5200479
      0.6056000              0.5706071
D   1   1.00
      0.1883000              1.0000000
****

PD     0
PD-ECP     3     28
f-ul potential
  5
0    598.3336444             -0.0563177
1    162.4298290            -20.1288036
2     51.5714771           -105.8197923
2     16.4888260            -42.5733345
2      5.8287656             -3.6165086
s-ul potential
  5
0     73.3806304              3.0003651
1     14.7550438             32.4350093
2     17.8350204            459.0830383
2     12.7111477           -868.0629029
2      9.3292063            514.4726098
p-ul potential
  5
0     55.6689877              4.9593099
1     64.2337771             21.1711029
2     17.6254952            605.0560092
2     11.9058155           -726.9641846
2      8.5100832            396.3274883
d-ul potential
  5
0     49.9994728              3.0508745
1     39.7477547             22.2506580
2     11.4321366            674.8357698
2      9.1790080          -1040.8554048
2      7.5624429            505.9375147

Pt 0
SP     4     1.00
             6.6530000              0.2822560              0.0365750
             3.9950000             -1.0759670             -0.2846060
             1.5410000              1.1312550              0.7523460
             0.5599000              0.4782410              0.4765850
SP     1     1.00
             0.1277000              1.0000000              1.0000000
SP     1     1.00
             0.0475400              1.0000000              1.0000000
SP     1     1.00
             1.2000000              1.0000000              1.0000000
D     3     1.00
             4.6580000             -0.0263270
             1.4870000              0.4959950
             0.6093000              0.5948770
D     1     1.00
             0.2527000              1.0000000
D     1     1.00
             0.0950800              1.0000000
****

Pt 0
PT-ECP   4   60
g potential
1
1              3.9081300             -9.7985400
s-g potential
3
0              1.3627900              5.7984300
2              3.3422700           -187.5159400
2              3.9113600            247.9690600
p-g potential
3
0              1.0758600              3.6705500
2              2.8044300            -93.0205500
2              3.5249100            151.5591500
d-g potential
2
0             42.6311600             13.0935300
2              4.7446800             80.2938500
f-g potential
1
0              1.5898800              6.1387000


计算结果出现:dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =     16384
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            49152
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         49152
Rd Pntr         49152
Length          16384
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
failed to open execfile



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