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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-2 19:53:55 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-3-2 19:19
抱歉老师,这显然是不行的,因为hg需要用赝势基组,而6-311G*不适用hg。那优化hg时用lanl2dz,还是说一个h ...


优化时候Si、O用6-311G*,Hg用SDD。单点时候都用def2-TZVP。无论是计算单体还是复合物都是这样。

计算单体和计算复合物时候基组要相同,但不是说每个元素的基组都要相同。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-3-2 19:56:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-2 19:53
优化时候Si、O用6-311G*,Hg用SDD。单点时候都用def2-TZVP。无论是计算单体还是复合物都是这样。

计 ...

太感谢您了,sob老师元宵节快乐!

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发表于 Post on 2018-3-3 10:28:07 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想要横向对比一系列大约50个原子含CHON有机化合物的热力学量,包括电中性分子以及带1个到2个电子的电负性分子,有如下问题:
1. 为保证可比性要保证计算级别一致,几何优化,振动分析用不带弥散的基组,仅单点计算用带弥散的基组,结果的精度是否足够用于横向比较?
2. 如果为了减少计算量,单点计算仅用def2-TZVP基组,负离子的结果会不会很不可靠,以至于失去横向对比的意义?有必要提升到ma-def2-TZVP吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-3 11:39:37 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-3-3 10:28
Sob老师,我想要横向对比一系列大约50个原子含CHON有机化合物的热力学量,包括电中性分子以及带1个到2个电 ...

1 够
2 如果负电荷分布比较均匀,def2-TZVP完全足够。如果是集中分布在某个地方,只给那部分原子加弥散也就够了。
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发表于 Post on 2018-3-3 15:51:18 | 只看该作者 Only view this author
老师 ,结合这几天向您请教的知识,我已经用TDDFT做完激发态的优化了,但是在用Multiwfn查看光谱的时候只能打开log文件,而不能用chk文件执行这个操作。这是为什么呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-3 16:03:35 | 只看该作者 Only view this author
常永新 发表于 2018-3-3 15:51
老师 ,结合这几天向您请教的知识,我已经用TDDFT做完激发态的优化了,但是在用Multiwfn查看光谱的时候只能 ...


Multiwfn首先根本不支持chk
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379

而且转出来的fch里根本没激发能、振子强度信息
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发表于 Post on 2018-3-3 18:03:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-3 16:03
Multiwfn首先根本不支持chk
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva ...

老师 ,那我就用log文件是吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-3 19:55:45 | 只看该作者 Only view this author
常永新 发表于 2018-3-3 18:03
老师 ,那我就用log文件是吗?

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发表于 Post on 2018-3-4 15:39:14 | 只看该作者 Only view this author
A general rule of thumb is that reactions with a barrier of 21 kcal/mol or less will proceed readily at room temperature. 请问模拟的络合反应的自由能变大于零,引用这个过渡态时用的吗?计算的自由能变值在7kcal/mol左右,按照自由能变大于零,反应不能自发进行。而实际中确实可以自发进行。。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-4 17:19:22 | 只看该作者 Only view this author
anqingpingle 发表于 2018-3-4 15:39
A general rule of thumb is that reactions with a barrier of 21 kcal/mol or less will proceed readily ...

实际中能进行,算出来又自由能变明显大于零,说明计算设定、建模不合理或者欠缺考虑一些因素
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发表于 Post on 2018-3-4 18:57:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,看您关于DFT-D的博文时说Gaussian在计算时实际上是将DFT-D校正能先加到核互斥能里面了,最后输出的总能量就是DFT-D校正后的能量,因此对于加了DFT-D计算出的单点能,用最后输出的SCF值即可吗?在opt+Freq输出结果中还有ZPE,将其值加到上述的单点能上就是该体系的能量吗?即算吸附能时,需要分别把A,B,AB的ZPE加到相应的sp算出的能量上去,再用E(AB)-E(A)-E(B)吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-4 22:23:17 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-3-4 18:57
sob老师,看您关于DFT-D的博文时说Gaussian在计算时实际上是将DFT-D校正能先加到核互斥能里面了,最后输出 ...




你这样算的是0K下的吸附能,要算实际温度的情况,就不能光考虑ZPE,而是要给电子能量加上当前温度下的焓或自由能的热校正量(加哪个看具体目的)
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发表于 Post on 2018-3-5 09:17:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,在您帖子提到的这个问题中(4.4 基于线性响应溶剂模型做TDDFT计算
这个例子包含4个任务,你需要研究什么问题就follow哪个,没有顺序关系。此例是通过线性响应方法,通过PCM溶剂模型表现乙醇环境。

(1)溶剂下基态几何结构优化:# PBE1PBE/6-311G* opt scrf=solvent=ethanol)最后的溶剂模型的关键词,如果我想用DMSO做溶剂的时候关键词换成Dimethyl sulfoxide吗?在实验过程中我们经常用到混合溶剂,例如加一定比例的水,这样的话我的关键词该怎么弄呢?

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发表于 Post on 2018-3-5 11:09:18 | 只看该作者 Only view this author
请问用MS forcite anneal 寻找络合物能量最低的结构,最后的结构应该选用最后一帧的结构,还是结果表中总势能最低的结构?

20180305110821.jpg (19.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

20180305110821.jpg

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发表于 Post on 2018-3-5 14:11:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-3-5 14:17 编辑

       老师您好,我用molclus+MOPAC+Gaussian B3LYP/6-31G*做了一个反应底物的构象搜索,最后找到了底物的四种主要构象1,2,3,4。它们在B3LYP/6-31G*下都顺利收敛了并且结构没有虚频。然后因为我之后要研究的反应机理都是用M06算的,我又把找出的底物四种构象用M06优化了一下,其中构象3,4没有虚频,但是剩下的构象1,2在M06/6-31G*下都分别有一个很小的虚频消不掉的,我试着按照虚频微调结构,或者更严的收敛限,以及calcall,都消不掉。输出文件如下,请求老师帮我看一下输出文件,为什么消不掉。
      如果实在消不掉的话,我在做反应路径能量折线图的时候可不可以用底物构象3或构象4的能量作为起始的能量零点?(但是计算出来的反应机理是底物以构象1或构象2的形式参与接下来的反应,在底物和催化剂构成的第一个复合物结构中底物的结构是更接近构象1或构象2的。)
gau.rar (219.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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