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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-5 15:33:35 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-3-5 14:11
老师您好,我用molclus+MOPAC+Gaussian B3LYP/6-31G*做了一个反应底物的构象搜索,最后找到了底物的 ...

尝试int=superfine
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发表于 Post on 2018-3-5 16:55:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-4 22:23


你这样算的是0K下的吸附能,要算实际温度的情况,就不能光考虑ZPE,而是要给电子能量加上当前 ...

谢谢sob老师,我看到您一篇关于谐振频率校正因子的文章,然后查了B3LYP/6-311G*里没有相应的校正因子,只有Fundamentals (F)=0.9623,是不是说明在这个方法下算出的热力学校正量比较准确,不需要校正因子校正?还有您说要给电子能量加上当前温度下的焓或自由能的热校正量才是实际温度的情况,我的目的就是计算sio2吸附Hg后的吸附能是多少,那么我是应该加哪一个热校正量呢?这两者有什么区别呢?

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发表于 Post on 2018-3-5 18:13:25 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师。
我用了superfine后构象2已经没有虚频了,但是构象1仍然是有一个14的虚频,我现在还在尝试继续优化构象1。
请教下老师如果这个虚频仍然消不掉的话,是不是就是说明这个是计算级别的限制呢,应该怎样在文章中说一下?
那么这两个反应路径是否可以都以底物构象2为能量零点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-5 18:30:38 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-3-5 16:55
谢谢sob老师,我看到您一篇关于谐振频率校正因子的文章,然后查了B3LYP/6-311G*里没有相应的校正因子,只 ...

否,只不过作者恰好没考虑这个组合而已
借用基组尺寸相仿佛的其它基组的频率校正因子

如果想和等温等压条件下吸热放热量对应,加焓的热校正量。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-5 18:31:11 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-3-5 18:13
谢谢老师。
我用了superfine后构象2已经没有虚频了,但是构象1仍然是有一个14的虚频,我现在还在尝试继 ...


不是级别的问题。不管什么级别,终究势能面上会有极小点,虚频是数值计算层面的事情。明尼苏达系列泛函对积分格点质量敏感,所以这个问题显得更突出。
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发表于 Post on 2018-3-5 21:47:42 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在计算苯分子表面静电势时,发现极值点的数值大小和计算级别相关性很大,在不同的计算级别下,甚至极值点的数目都有差异。我想问:
1. 这是我计算时级别不当造成的,还是分子表面静电势本来就如此
2. 计算级别越高得到的表面静电势数值越准确吗,怎样的计算级别比较合适
3. 表面静电势的极值数值是不是意义不大,只能定性确认全局的极大值极小值
4. 在不同级别下,出现极值点数目有差异,选择能解释的结果,忽略其他认为是数值误差,合理吗
谢谢Sob老师。

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发表于 Post on 2018-3-5 22:20:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-5 18:31
不是级别的问题。不管什么级别,终究势能面上会有极小点,虚频是数值计算层面的事情。明尼苏达系列泛函 ...

谢谢老师。现在我两个虚频都消掉了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-5 23:01:16 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-3-5 21:47
Sob老师,我在计算苯分子表面静电势时,发现极值点的数值大小和计算级别相关性很大,在不同的计算级别下, ...


1、2 正常
建议基组不低于6-311G*。如果能用得起def2-TZVP,一般就足够理想了。理论方法用B3LYP就可以

3 除了全局最大最小以外的局部极大极小也是可以有意义的,看具体情况

4 要结合分子表面静电势填色图一起考察,便于全面把握分子表面静电势分布特征。极值点是从数学角度来定义的,分子表面静电势特征稍有变化,就可能导致一些极值点出现和消失
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发表于 Post on 2018-3-6 09:19:51 | 只看该作者 Only view this author
化学键的covalency可以使用什么参数表达?
谢谢!

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发表于 Post on 2018-3-6 10:56:49 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,计算完两个分子之间的相互作用能之后,想进一步分析,除了分析氢键能之外还有什么方法呀?还有就是怎么判断有没有dw作用呀?谢谢了!

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发表于 Post on 2018-3-6 11:19:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2018-3-6 11:23 编辑

sob老师您好,我下面这个IRC有问题么?(因为是续算的,跳跃那个点可能是出了bug,不用管)。但是感觉好像前面还有一个过渡态,可是我一直没找到。这个断键过程不知道有没有问题,很纠结。万分感谢。

[NP4T$UU`_9ZLQ[R[Y8(}ME.png (26.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

[NP4T$UU`_9ZLQ[R[Y8(}ME.png

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发表于 Post on 2018-3-6 11:48:53 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,用ORCA计算了吸附能,为化学吸附,您博客里谈到的《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》中用的分析方法不知哪些可以适用?谢谢~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 13:19:04 | 只看该作者 Only view this author
jingruoyoulan 发表于 2018-3-6 11:48
请问sob老师,用ORCA计算了吸附能,为化学吸附,您博客里谈到的《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览 ...

化学吸附就不算弱相互作用了,要用分析化学键的方式分析
看此文5.2节
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 13:19:41 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-3-6 11:19
sob老师您好,我下面这个IRC有问题么?(因为是续算的,跳跃那个点可能是出了bug,不用管)。但是感觉好像 ...

光从曲线上没有必然问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 13:21:11 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2018-3-6 09:19
化学键的covalency可以使用什么参数表达?
谢谢!

对有机体系,可以用Multiwfn算拉普拉斯键级,这体现的是共价键级
用NBO的NRT分析,给出的键级也会把离子性和共价性部分分别给出
用Multiwfn绘制ELF、LOL等函数图形,也直接体现的是共价作用
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