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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-3-8 16:53:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-8 16:14
光从你的描述上看看不出什么,关键词也没问题
注意看输出文件靠前输出的信息,看看是否提示你指定的那 ...

哦这样,谢谢老师啦!

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发表于 Post on 2018-3-8 20:16:17 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在做一个H转移的过程,吡啶夺β-异佛尔酮的a-C上的活泼H,想看过渡态,但是ts结果一直在震荡,看结构的话感觉吡啶上的H和β-异佛尔酮的O比较近了,有作用,整体稳定不下来。想问下老师这种情况怎么办?谢谢老师!~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-8 21:22:54 | 只看该作者 Only view this author
鱼叉君 发表于 2018-3-8 20:16
老师好,我在做一个H转移的过程,吡啶夺β-异佛尔酮的a-C上的活泼H,想看过渡态,但是ts结果一直在震荡,看 ...


如置顶的新人必读贴所示,上传较大文本文件前必须压缩,否则会严重浪费论坛空间、增加他人下载耗时。附件已删除

如果结构逐渐往期望的TS结构走,按此文做法解决震荡:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
如果根本没有往期望的TS方向走的苗头,重新调整初猜

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-3-9 15:50:08 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师   molpro 的输出文件中 搜索什么能得到能量值呢(如,高斯输出文件搜索scf done)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-9 15:57:08 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-3-9 15:50
sob 老师   molpro 的输出文件中 搜索什么能得到能量值呢(如,高斯输出文件搜索scf done)

从头到尾仔细看一遍,结合自己的基本理论知识,很容易确定该读哪
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发表于 Post on 2018-3-9 19:25:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,化学吸附要用分析化学键的方式分析,那用Multiwfn都可以做哪些分析呢?看了手册,该软件包括的功能很多,但我不太清楚什么是有关分析化学键的分析方式(非专业),请老师给提示一下需着重看哪些内容,谢谢您~

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发表于 Post on 2018-3-9 20:18:57 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我算的体系大(Kiggen型多酸),很多过渡态难找,我用的是m06l泛函,6-31g*和lanl2dz混合基组。我想换一个小的泛函和基组来定位过渡态,希望您给我推荐一下。我用的是高斯09,之前听您推荐过用PM6方法,但是这个方法往往体系跑偏的厉害。谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-3-9 20:23:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-8 21:22
如置顶的新人必读贴所示,上传较大文本文件前必须压缩,否则会严重浪费论坛空间、增加他人下载耗时。附 ...

明白,谢谢老师~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-10 00:04:41 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-3-9 19:25
sob老师,化学吸附要用分析化学键的方式分析,那用Multiwfn都可以做哪些分析呢?看了手册,该软件包括的功 ...

看此文5.2节
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-10 00:06:04 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-3-9 20:18
sob老师您好,我算的体系大(Kiggen型多酸),很多过渡态难找,我用的是m06l泛函,6-31g*和lanl2dz混合基组 ...

泛函用B3LYP,更便宜一丁点
基组可以姑且先不加极化
或者用混合基组,无关区域用3-21G
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发表于 Post on 2018-3-10 08:31:02 | 只看该作者 Only view this author
请教一个过渡态问题, 一个反应查文献的时候发现有两种反应机理分别是SN2 和SET, 找到的过渡态结构没有太大区别, 请问在寻找过渡态时SN2机理和SET机理,设定的原始结构各有什么不同?

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发表于 Post on 2018-3-10 12:53:28 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,在柔性扫描过程中(opt=modredunt),log文件中,有些中间点的收敛并不是4个yes,那这个点能用吗?要把这个点从扫描的曲线中删掉吗

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发表于 Post on 2018-3-10 17:33:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-3-10 17:48 编辑

老师您好,请教一个问题。我在算一个反应路径的时候,每一个涉及过渡态的基元反应的势垒都很低,是小于21kcal/mol的,所以认为i室温下能反应。但是做能量折线图的时候,有一个地方能量变化比较高,就是  “单体底物sub+单体催化剂cata”  和 “形成的复合物complex” 这两者对比自由能的时候“势垒”30多kcal/mol,不过这个过程我中间我是没去找过渡态的,就是用优化的底物单体加上优化的催化剂单体的自由能直接去跟优化出的复合物的自由能去比的。我想的是21kcal/mol这个经验是根据过渡态理论的,这个中间我没找过渡态所以就没太重视这个问题,也没太重视这一步过程,但是还有点拿不准。
   想请教老师这样做是否有问题,怎么解释这个30多的“势垒”在文章中? 如果不对的话应该怎么处理。非常感谢老师。
111.rar (748.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2018-3-10 20:33:12 | 只看该作者 Only view this author
sob大神好,用G09计算,我要用的基组是pcseg-1,却出现L1错误,正确的写法应该是什么呢?谢谢sob大神

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发表于 Post on 2018-3-10 20:50:44 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,优化臭氧分子用DFT计算,要用对称性破缺单重态考虑吧。电荷设置为0,自旋多重度设为1;输入文件#p Um062x/6-31g(d) opt freq int=ultrafine 这样子优化是不是不可以呢?(是否要加上U呢)#p m062x/6-31g(d) guess=read scf=nosymm可用来计算臭氧的稳定波函数吧。请问优化的话是否可以用那个输入文件呢?参考了这个帖子不是太明白http://sobereva.com/82
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