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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 01:02:16 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-3-11 21:03
老师好,优化HgCl时对Hg用SDD,对Cl用6-31+G*,做sp时用def2TZVP,并加弥散,该如何加呢老师?

根本就没必要加弥散
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 01:03:30 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-3-11 15:40
http://sobereva.com/82中提到,计算自旋极化单重态·CH2-CH2-CH2-CH2·波函数。可以重新编辑一个新输入 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 01:05:02 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-3-11 14:30
老师,跑IRC过程中,使用SCF=QC和不使用跑出来的曲线相似,但是能量值好像有差异啊?为什么?还有,stable ...

也许是gview判断错误。仔细对比输出文件里的能量。也有可能QC没收敛到稳定波函数

stable、stable=opt都别为了省事和其它任务联用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 02:17:42 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-3-11 11:33
Sob老师,我通过柔性扫描确认拔氢过程中是否存在过渡态,得到的下图曲线。发现质子并不是一直沿着一个方向 ...


1 氢离去是断键过程,拉远后会成为自旋极化单重态,当成闭壳层计算则解离曲线是错误的。

按照双自由基计算应有的设定进行扫描时,可以通过试图约束键角使得氢只向某个方向离去

当前体系可直接拿第二个子图的结构作为过渡态初猜试图搜索解离过渡态

2 从化学直觉上就能估计出这在常温下不是自发的
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发表于 Post on 2018-3-12 08:47:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2018-3-12 08:48 编辑
sobereva 发表于 2018-3-12 01:05
也许是gview判断错误。仔细对比输出文件里的能量。也有可能QC没收敛到稳定波函数

stable、stable=opt ...

谢谢老师的回复!我比较了使用SCF=QC和不使用SCF=QC进行单点能计算,发现能量也不一样。这还有追问的问题。1.opt优化完的结构,检查stable,用stable=opt后,log文件中最后改变了什么?(应该不会改变分子结构吧。)
2.opt优化完的结构,如果波函数不稳定要用stable=opt优化,最后的分子结构是不是stable=opt的log文件中的分子结构。
3.irc任务,最后每个结构要检测波函数稳定性吗?(我检测了显示wave function internal instability)还是只检测中间体和过渡态结构的波函数稳定性。
4.stable检查有什么意义?什么时候需要检查稳定性?如果不稳定,是不是后面波函数分析就是错误的?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-3-12 09:21:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想请教您,分子在做了局部优化之后,有些分子都会出现一定虚频,而且用了消除虚频的办法也还是消除不掉虚频,请问您这时候应该怎么改进呢,谢谢您!

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发表于 Post on 2018-3-12 10:43:18 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  如图  XY对应的点群为C2  而X,Y怎么就变成C2V了  这里的逗号表示什么

1520822317(1).jpg (64.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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发表于 Post on 2018-3-12 11:08:46 | 只看该作者 Only view this author
老师,用orca, ccsd(t), aug-cc-pvxz计算单点能,花的时间太长了,avqz已经花了3天,av5z已经四周了都没算出来;有什么方法能缩短计算时间吗?目前有尝试用并行

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发表于 Post on 2018-3-12 11:15:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Theor_Comp 于 2018-3-12 11:19 编辑
sobereva 发表于 2018-3-11 02:00
不要自己改动。
柔性扫描时候每一步都是一次限制性优化,每一次限制性优化到最后应该都是四个YES,如果 ...
Sob老师,我的这个扫描曲线里,红色圈那个点,四个yes,但还是走下一步了,受力也没有小于收敛限,这是怎么回事?这个点能用吗?

图片123456.png (58.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

图片123456.png

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发表于 Post on 2018-3-12 11:48:05 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师 我用cis算激发态结构优化正常收敛 频率分析出现了这个错误Tx not orthogonal to T. 想请问您有办法解决吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 11:58:59 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2018-3-12 11:48
Sob老师 我用cis算激发态结构优化正常收敛 频率分析出现了这个错误Tx not orthogonal to T. 想请问您有办法 ...

尝试最新版本
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allinson 发表于 2018-3-12 11:08
老师,用orca, ccsd(t), aug-cc-pvxz计算单点能,花的时间太长了,avqz已经花了3天,av5z已经四周了都没算 ...


DLPNO-CCSD(T)
或者CCSD(T)-F12
或者借助MP2得到近似的CCSD(T)能量
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 12:00:44 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-3-12 11:15
Sob老师,我的这个扫描曲线里,红色圈那个点,四个yes,但还是走下一步了,受力也没有小于收敛限,这是怎么 ...

四个YES显然会走下一步
我并不清楚你做柔性扫描的目的,如果对曲线精度要求不高,即便限制性优化收敛不很充分也完全没关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 12:01:22 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2018-3-12 09:21
老师,您好,我想请教您,分子在做了局部优化之后,有些分子都会出现一定虚频,而且用了消除虚频的办法也还 ...

没办法
这是限制性优化的代价,原理上就没法消掉,因为没优化到极小点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 12:02:13 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-3-12 10:43
sob 老师  如图  XY对应的点群为C2  而X,Y怎么就变成C2V了  这里的逗号表示什么


XY对应于绕着Z轴旋转
X,Y对应于分别按照YZ和XZ进行反映,显然含义相差很多
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