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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-3-10 21:32:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-10 00:04
看此文5.2节
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184

好的,谢谢sob老师,我再看看~

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发表于 Post on 2018-3-10 21:36:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-1 13:49
用B3LYP-D3(BJ)优化时用tight、ultrafine都是完全多余的,徒增计算耗时。除非用的版本>= G09 E.01,否 ...

那请问老师,如果像您说的这样选方法和基组来计算这个体系,还需要考虑BSSE吗?看您博文里提到基组使用合理时一般不需要考虑BSSE,否则考虑后甚至是有害的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 01:59:15 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-3-10 21:36
那请问老师,如果像您说的这样选方法和基组来计算这个体系,还需要考虑BSSE吗?看您博文里提到基组使用合 ...

化学吸附不需要考虑BSSE问题
物理吸附计算吸附能时候考虑BSSE问题对改进精度有益
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 01:59:48 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-3-10 20:33
sob大神好,用G09计算,我要用的基组是pcseg-1,却出现L1错误,正确的写法应该是什么呢?谢谢sob大神

去EMSL上拷定义
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 02:00:54 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-3-10 12:53
请问sob老师,在柔性扫描过程中(opt=modredunt),log文件中,有些中间点的收敛并不是4个yes,那这个点能 ...

不要自己改动。
柔性扫描时候每一步都是一次限制性优化,每一次限制性优化到最后应该都是四个YES,如果你确实发现没有达到四个YES但是之后柔性扫描也看是走下一步了,应当是受力已经小于收敛限100倍了,这样的结果依然可用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 02:02:02 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-3-10 20:50
请问Sob老师,优化臭氧分子用DFT计算,要用对称性破缺单重态考虑吧。电荷设置为0,自旋多重度设为1;输入文 ...

光写个U得不到对称破缺单重态,必须写guess=mix,或者用其它方法诸如stable=opt

"m062x/6-31g(d) guess=read scf=nosymm"这个任务完全意义不明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 02:05:49 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-3-10 17:33
老师您好,请教一个问题。我在算一个反应路径的时候,每一个涉及过渡态的基元反应的势垒都很低,是小于21kc ...


这已经不算复合物了,配合物结构变化那么大,已经算是化学反应了,你说的复合物应该算中间体
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发表于 Post on 2018-3-11 02:27:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-3-11 02:40 编辑
sobereva 发表于 2018-3-11 02:05
这已经不算复合物了,配合物结构变化那么大,已经算是化学反应了,你说的复合物应该算中间体
是的,我给的那个复合物的结构确实是我计算的整个反应路径中的一个中间体。我的反应路径是以“底物sub的能量+催化剂Pb(OAc)2的能量”作为能量零点的。
您的意思是sub+cata和我给的那个complex之间之所以能量相差那么大,是因为中间有一个结构我没找到,在这个没找到的结构当中Pb(OAc)2的状态应该是更加接近Pb(OAc)2单体时的结构的。是这样吗?
您有什么建议能系统性地找到这个结构吗?
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 06:45:11 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-3-11 02:27
是的,我给的那个复合物的结构确实是我计算的整个反应路径中的一个中间体。我的反应路径是以“底物sub的能 ...


应该是sub+cata放在一起先形成物理吸附结构(结构变形应该不大),然后再通过经过过渡态(可能不止一个),才成为你文件包里的complex结构。
搜索就凭化学直觉吧,适当时候加以柔性扫描之类的辅助手段。

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发表于 Post on 2018-3-11 10:00:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-11 01:59
化学吸附不需要考虑BSSE问题
物理吸附计算吸附能时候考虑BSSE问题对改进精度有益

谢谢sob老师,这么晚了还在回复问题,您辛苦了~

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发表于 Post on 2018-3-11 10:30:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-11 06:45
应该是sub+cata放在一起先形成物理吸附结构(结构变形应该不大),然后再通过经过过渡态(可能不止一个 ...

多谢老师的耐心解答!

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发表于 Post on 2018-3-11 11:33:31 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我通过柔性扫描确认拔氢过程中是否存在过渡态,得到的下图曲线。发现质子并不是一直沿着一个方向离去,因此曲线出现断层。请问:1. 在柔性扫描过程中,有办法确保质子的离去一直沿着一个方向吗?如果不行,那么刚性扫描的结果能否说明过渡态是否存在?
2. 柔性扫描过程中的能量差是否具有活化能的意义?如下图,曲线起点和最高点能量差达130kcal/mol,可以说能垒太高,反应不按照这个机理进行吗?


输入文件关键词如下:
  1. %chk=scan.chk
  2. # B3LYP/6-31G* OPT=MODREDUNDANT NOSYMM

  3. Title Card Required

  4. 1 1
  5. [坐标]

  6. 12 22 S 100 0.05
复制代码



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发表于 Post on 2018-3-11 14:30:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2018-3-11 22:08 编辑

老师,跑IRC过程中,使用SCF=QC和不使用跑出来的曲线相似,但是能量值好像有差异啊?为什么?还有,stable和stable=opt这两个关键词不知道怎么用,只可以检查一个单一的结构波函数的稳定性,在opt,irc计算的时候是不是不能联用?一般是不是只检查反应历程中,中间体和过渡态结构的波函数稳定性?

2222.jpg (49.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

2222.jpg

1111.jpg (59.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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发表于 Post on 2018-3-11 15:40:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-11 02:02
光写个U得不到对称破缺单重态,必须写guess=mix,或者用其它方法诸如stable=opt

"m062x/6-31g(d) gues ...

http://sobereva.com/82中提到,计算自旋极化单重态·CH2-CH2-CH2-CH2·波函数。可以重新编辑一个新输入文件,也可以直接把上面的输入文件的route section改成
# ub3lyp/6-31g(d) guess(read) scf=nosymm
并进行运算(其它的都无需改动)。guess(read)说明计算时从check文件中读取片段组合波函数作为初猜,scf=nosymm让程序在迭代过程中允许波函数对称性的改变。弱弱问一句,对于臭氧分子也可以用以上 guess(read) scf=nosymm来计算臭氧的自旋极化单重态波函数么
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-3-11 21:03:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,优化HgCl时对Hg用SDD,对Cl用6-31+G*,做sp时用def2TZVP,并加弥散,该如何加呢老师?

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