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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-14 05:08:08 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-3-14 00:21
老师,您说的TS得到了稳定的波函数,IRC走的时候回用上一步收敛的波函数当做初猜。但是,使用Stable=opt ...

guess=read从chk里读取已经被stable=opt优化的波函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-3-14 08:41:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-13 22:42
继续等
当前Davidson收敛有点困难,和诸多因素都有关系,没有一定有用的解决办法。

好的 谢谢老师~

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发表于 Post on 2018-3-14 10:50:22 | 只看该作者 Only view this author
请问,如何只固定两个原子的位置而不固定其键长?

如图1,我想把C原子固定在原点,O原子固定在X轴上,但C=O键的键长不固定,如果按照图2在原子后加-1的话,这样C=O键长也被固定了。请问该怎么设置呢?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-14 11:33:30 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-3-14 10:50
请问,如何只固定两个原子的位置而不固定其键长?

如图1,我想把C原子固定在原点,O原子固定在X轴上,但 ...

你先照常优化,优化完了再把结构进行平移旋转到你要的位置和朝向(可以借助VMD的命令行来做,旋转和平移都可以按照要求精确进行)
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发表于 Post on 2018-3-14 12:56:11 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我用GauView处理成提取坐标输入文件,然后打开文件记事本,出现如下:
C(PDBName=C,ResName=UNK,ResNum=1)                     2.56365500   -1.17193200    0.17952500
C(PDBName=C,ResName=UNK,ResNum=1)                     2.83361600    0.21969900   -0.36103900
C(PDBName=C,ResName=UNK,ResNum=1)                     1.97766600    1.21821300    0.41082200
C(PDBName=C,ResName=UNK,ResNum=1)                    -0.42625400    1.92363100    0.76242000
O(PDBName=O,ResName=UNK,ResNum=1)                    -0.63256500    2.67971600   -0.45820800
请问是哪里出了问题?

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发表于 Post on 2018-3-14 14:26:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-14 11:33
你先照常优化,优化完了再把结构进行平移旋转到你要的位置和朝向(可以借助VMD的命令行来做,旋转和平移 ...

我想要C=O键在X轴的偶极矩,照常优化的话,偶极矩的X分量就变了,而且优化结束再调整位置和朝向,在接下来的计算中,坐标还是会改变。该怎么处理呢

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发表于 Post on 2018-3-14 15:24:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-13 12:19
跟结构没直接关系

解决SCF不收敛问题的方法

谢谢sob老师~我用int=ultrafine关键词,并降低了收敛标准,已算BSSE值,但该值为负,一般该值为正值,请问老师,这个负值是正确的吗?

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发表于 Post on 2018-3-14 17:33:09 | 只看该作者 Only view this author

计算方法请教

请问大家有没接触过这个NOON(natural orbital occuption numbers)的计算,具体是怎么算的呢?还有后面的这个y0的值是如何得到的呢?

5.JPG (272.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

5.JPG

6.JPG (121.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-14 21:03:30 | 只看该作者 Only view this author
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
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zzz 发表于 2018-3-14 15:24
谢谢sob老师~我用int=ultrafine关键词,并降低了收敛标准,已算BSSE值,但该值为负,一般该值为正值,请 ...


BSSE校正能应当为正

为负说明算错了,可能其中某个子计算没收敛到稳定波函数之类,或者结果没读对。搞明白counterpoise原理,查看每个子计算得到的能量,不难判断什么原因导致的。
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一直在路上 发表于 2018-3-14 14:26
我想要C=O键在X轴的偶极矩,照常优化的话,偶极矩的X分量就变了,而且优化结束再调整位置和朝向,在接下 ...

你若启动对称性,坐标必然会被程序调整到标准朝向下,详见此文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297

X分量变就变呗。程序默认把体系调整到标准朝向,必然C=O会冲着某个笛卡尔轴(即便不是X轴),直接读相应分量就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-14 21:10:36 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2018-3-14 12:56
请问sob老师,我用GauView处理成提取坐标输入文件,然后打开文件记事本,出现如下:
C(PDBName=C,ResName ...

什么问题也没有。只不过当前输入文件里有残基信息而已
自行把( )部分都删掉就可以照常计算了
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发表于 Post on 2018-3-15 08:34:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-14 21:09
你若启动对称性,坐标必然会被程序调整到标准朝向下,详见此文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的 ...

我在命令行里加了nosymm,并用了opt=z-matrix,但优化结束后的坐标轴还是变动了一小点。比如C和O原子已经不是严格在X轴上了,这是怎么回事呢

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发表于 Post on 2018-3-15 08:39:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-14 21:10
什么问题也没有。只不过当前输入文件里有残基信息而已
自行把( )部分都删掉就可以照常计算了

请问为什么会有残基呢?这是做优化计算结果直接放到GaussView 中转化成输出文件的,以前是没出现这种情况的。

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发表于 Post on 2018-3-15 11:00:42 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,计算吸收和发射光谱时,通过线性响应方式考虑溶剂,可以用SMD模型而不用PCM模型吗?一直模仿http://sobereva.com/314的例子,用的是PCM模型,而SMD模型一般多用于计算溶解自由能,少见用于计算光谱,所以发帖问一下SMD模型能否用于计算光谱,希望各位老师能解答一下,谢谢!

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