计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

6091#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 12:13:02 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-3-12 08:47
谢谢老师的回复!我比较了使用SCF=QC和不使用SCF=QC进行单点能计算,发现能量也不一样。这还有追问的问题 ...


1 结构不可能变。自动优化到更稳定的波函数(if any),并给出对应的能量和波函数
2 别把opt和stable或stable=opt搞混,stable根本不影响结构,一个处理的结构一个处理的波函数
3 看具体目的。IRC过程中如果出现势能面交叉,即便诸如TS波函数稳定,其它的IRC点也可能不是对应结构的最稳定波函数
4 自己拿不准当前体系收敛的波函数是否稳定,又想得到真正基态,又缺乏经验,需要做stable确认是否收敛到了基态波函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

6092#
发表于 Post on 2018-3-12 14:29:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2018-3-12 14:31 编辑
sobereva 发表于 2018-3-12 12:13
1 结构不可能变。自动优化到更稳定的波函数(if any),并给出对应的能量和波函数
2 别把opt和stable ...

谢谢老师!我把使用和没使用scf=qc的gjf,log文件传上来,您看一下为啥能量不一样呢?这个结构是过渡态结构,一个单位正电荷,多重度为3,我计算单点能不一样,irc结构中也不一样。

61_2s.log

70.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

61_2s.gjf

1.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

61_1s.log

52.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

61_1s.gjf

1.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

20

帖子

0

威望

85

eV
积分
105

Level 2 能力者

6093#
发表于 Post on 2018-3-12 14:38:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 12:01
没办法
这是限制性优化的代价,原理上就没法消掉,因为没优化到极小点

好的,谢谢老师。

19

帖子

0

威望

306

eV
积分
325

Level 3 能力者

6094#
发表于 Post on 2018-3-12 15:41:15 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!
我现在计算图里面的这个反应,原文献里面采用的DFT,B3LYP/6-31G(d,p)的泛函基组。我现在用的相同的计算方法,过氧酰基不一样,计算出来的只是丙烯和过氧酰基的自身振动;然后照着产物结构优化的时候,调整键角键长,最后结果都是丙烯和过氧酰基两个单体。是我自己原始输入结构没建好,还是泛函基组选择错误。

QQ截图20180312152107.png (28.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

QQ截图20180312152107.png

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

6095#
发表于 Post on 2018-3-12 16:03:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 12:00
四个YES显然会走下一步
我并不清楚你做柔性扫描的目的,如果对曲线精度要求不高,即便限制性优化收敛不 ...

sob老师,不好意思我说错了,不是四个yes,而是四个not converged,但这种情况下还是走下一步了,这个正常吗?

91

帖子

0

威望

419

eV
积分
510

Level 4 (黑子)

6096#
发表于 Post on 2018-3-12 16:12:59 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  我用molpro照着说明书的输入文件运行其上面的例子,但结果报错,仔细对比了下输入文件  确定无输入错误  看了下输出文件,但找不到错在哪  输出文件如下

o2.out

2.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

14

帖子

0

威望

51

eV
积分
65

Level 2 能力者

6097#
发表于 Post on 2018-3-12 16:27:32 | 只看该作者 Only view this author

轨道分析

请问,电子排布有没有可能是这种形式呢,单双占据交替的?还是单占据都在上面双占据都在下面。

58

帖子

0

威望

3503

eV
积分
3561

Level 5 (御坂)

6098#
发表于 Post on 2018-3-12 16:27:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 02:17
1 氢离去是断键过程,拉远后会成为自旋极化单重态,当成闭壳层计算则解离曲线是错误的。

按照双自由 ...

谢谢Sob老师,在限制键角后结构跳变的问题得到了解决。但是,对于自旋极化单重态,我有以下疑问:1. 我之前的表述不够清晰,我想描述的是带一个正电荷的有机分子裂解为一个氢正离子和电中性的有机分子,而不是均裂为两个自由基。这样的情况需要考虑自旋极化单重态吗?
2. 参考自旋极化单重态的设定,将体系划分为两个片段分配不同的电荷,用以下关键词及电荷多重度设定做计算,拟合效果是不是会更好?
# ub3lyp/6-31g* guess(fragment=2) opt=modredundant nosymm  
1,1  0,1  1,1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

6099#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 21:26:25 | 只看该作者 Only view this author
liuna1994 发表于 2018-3-12 16:27
请问,电子排布有没有可能是这种形式呢,单双占据交替的?还是单占据都在上面双占据都在下面。

基态不可能有这种排布
除非你用delta-SCF、MOM方式计算激发态才可能得到这样的电子结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

6100#
发表于 Post on 2018-3-12 22:32:18 | 只看该作者 Only view this author
这个不应该是第一步的高能垒是限速步么?我看群里的人都说第二步没人反驳呢?群里成员告诉我物理化学书上有,可是我没找到啊。谢谢社长解惑

a199a68f4651b54189cacd8194a38c6.png (10.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

a199a68f4651b54189cacd8194a38c6.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

6101#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 23:45:44 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-3-12 16:27
谢谢Sob老师,在限制键角后结构跳变的问题得到了解决。但是,对于自旋极化单重态,我有以下疑问:1. 我之 ...

如果确信是掉下来H+而不是氢原子,不用考虑自旋极化单重态的问题,体系始终是闭壳层的,原先那样扫就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

6102#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 23:47:05 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-3-12 16:03
sob老师,不好意思我说错了,不是四个yes,而是四个not converged,但这种情况下还是走下一步了,这个正 ...

基本可以接受
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

6103#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 23:48:47 | 只看该作者 Only view this author
火烈鸟小唐 发表于 2018-3-12 15:41
老师,您好!
我现在计算图里面的这个反应,原文献里面采用的DFT,B3LYP/6-31G(d,p)的泛函基组。我现在用 ...

计算级别没问题。
有可能是初始结构或者其它什么因素所致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

6104#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 23:52:24 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-3-12 14:29
谢谢老师!我把使用和没使用scf=qc的gjf,log文件传上来,您看一下为啥能量不一样呢?这个结构是过渡态结 ...


两个输入文件都添加stable关键词,看是否都显示稳定
按说由于scf=qc那个能量更低,另一个得到的应该波函数不稳定。一般来说scf=qc更容易收敛到不稳定波函数,可能当前碰巧反过来了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

58

帖子

0

威望

3503

eV
积分
3561

Level 5 (御坂)

6105#
发表于 Post on 2018-3-13 00:24:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 23:45
如果确信是掉下来H+而不是氢原子,不用考虑自旋极化单重态的问题,体系始终是闭壳层的,原先那样扫就可以

Sob老师,在柔性扫描后确证质子化与脱质子的过程均不存在极大值点,如下图,因此判断该过程不存在过渡态,是否合理?想要更充分说明过渡态不存在,还能在哪些方面作补充?谢谢Sob老师。



本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 10:40 , Processed in 0.312383 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list