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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 03:22:32 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-3-13 00:24
Sob老师,在柔性扫描后确证质子化与脱质子的过程均不存在极大值点,如下图,因此判断该过程不存在过渡态 ...

这已经可以说明了
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发表于 Post on 2018-3-13 09:16:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在优化好的结构基础上计算基组误差,出现L502错误,降低收敛标准,还出现L502错误。是因为结构并未真正优化好吗?我把压缩文件上传至百度网盘了,链接: https://pan.baidu.com/s/1P86uc666tCMV4tE6rByBIQ 密码: uu5s,谢谢您!

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发表于 Post on 2018-3-13 10:27:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有两个关于静电势的概念性的问题想请教您一下:
1.是否可以说最大负电势所在的区域一定为富电子区域?
2.静电势越负,富电子的情况越显著吗?
这个想法来自:您的《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》中说,“静电势越正(越负)的区域被认为越有可能吸引亲核(亲电)试剂进攻而发生反应. ”。而亲电反应的概念为“亲电反应指缺电子(对电子有亲和力)的试剂进攻另一化合物电子云密度较高(富电子)区域引起的反应。”(百度百科)
麻烦老师了!
It's my life and it's now or never

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发表于 Post on 2018-3-13 11:35:41 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我用BHandHLYP泛函能找到一个“”五元环”的中间体,但是用M06-2X泛函加了精确格点(int=ultrafine)后怎么也优化不出来这个中间体,C-N键很容易就断开了,得不到这个五元环的中间体。这是不是与泛函有联系呢,还是BHandHLYP泛函本就不适用于有机体系。
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-3-13 11:37:07 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-3-13 09:16
sob老师,我在优化好的结构基础上计算基组误差,出现L502错误,降低收敛标准,还出现L502错误。是因为结构 ...

先试着尝试一下这个博文里面的解决方案 http://sobereva.com/61
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 12:19:30 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-3-13 09:16
sob老师,我在优化好的结构基础上计算基组误差,出现L502错误,降低收敛标准,还出现L502错误。是因为结构 ...

跟结构没直接关系

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 12:25:26 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2018-3-13 10:27
sob老师,有两个关于静电势的概念性的问题想请教您一下:
1.是否可以说最大负电势所在的区域一定为富电子 ...


别看百毒百科这种东西...要信也信wiki

“富电子”只是一个抽象的概念,并没有明确定义方式,而且问题本质也不是光用这么一个词就可以反映的。我的文中也提到了,测试中也体现了,不是说某个地方静电势很负,就一定越容易发生亲电反应,不仅要看电子在某原子上分布的量是否大(相对于核电荷数的大小而言),还得看那里的电子是否活泼、易于反应,这可以通过福井函数、平均局部离子化能等方式来体现。

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wrtgcn + 5 谢谢老师~

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发表于 Post on 2018-3-13 17:02:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 23:52
两个输入文件都添加stable关键词,看是否都显示稳定
按说由于scf=qc那个能量更低,另一个得到的应该波 ...

老师说的很对。添加了SCF=QC的计算结果显示波函数稳定,没有添加SCF=QC的波函数显示the wavefunction has an internal instability.那老师,分析或者讨论问题时,要求必须是稳定(基态)波函数吗?IRC或者opt任务时,有时候是稳定(基态)波函数,有时候又不是,能量-反应路径的图怎么画?

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发表于 Post on 2018-3-13 17:26:23 | 只看该作者 Only view this author
计算过渡金属化合物的激发态,用了PBE泛函,6-31G(d)和SDD基组。
激发态优化过程中,log文件中出现了图片中这种情况,已经优化了很多天了。

请问老师这是怎么回事,该如何解决?

微信图片_20180313172834.png (20.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

微信图片_20180313172834.png

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发表于 Post on 2018-3-13 21:43:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 21:26
基态不可能有这种排布
除非你用delta-SCF、MOM方式计算激发态才可能得到这样的电子结构

好的 ,谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 22:42:04 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2018-3-13 17:26
计算过渡金属化合物的激发态,用了PBE泛函,6-31G(d)和SDD基组。
激发态优化过程中,log文件中出现了图片 ...

继续等
当前Davidson收敛有点困难,和诸多因素都有关系,没有一定有用的解决办法。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 22:44:02 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-3-13 17:02
老师说的很对。添加了SCF=QC的计算结果显示波函数稳定,没有添加SCF=QC的波函数显示the wavefunction has ...

如果对数据比较负责,应当确认是稳定波函数。
对于一般情况(不牵扯势能面交叉),如果TS那个点你得到了稳定波函数,基于TS走IRC的时候,由于每一步都会用上一步收敛的波函数当初猜,整个IRC的波函数一般都会稳定。
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发表于 Post on 2018-3-13 22:58:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-13 22:44
如果对数据比较负责,应当确认是稳定波函数。
对于一般情况(不牵扯势能面交叉),如果TS那个点你得到了 ...

谢谢老师。如果不牵扯势能面交叉,得到的波函数不稳定,怎么办?使用stable=opt进行优化吗?另外,如果牵扯势能面交叉,波函数又是怎样变化的?或者老师推荐点资料。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 23:00:05 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-3-13 22:58
谢谢老师。如果不牵扯势能面交叉,得到的波函数不稳定,怎么办?使用stable=opt进行优化吗?另外,如果牵 ...

是,或者用其它方式做SCF,之后看是否stable。
势能面交叉问题看例如Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145
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发表于 Post on 2018-3-14 00:21:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-13 22:44
如果对数据比较负责,应当确认是稳定波函数。
对于一般情况(不牵扯势能面交叉),如果TS那个点你得到了 ...

老师,您说的TS得到了稳定的波函数,IRC走的时候回用上一步收敛的波函数当做初猜。但是,使用Stable=opt得到稳定波函数后,结构没有变化,把log文件保存为IRC任务的gjf文件,稳定波函数的信息岂不是又没有了。

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