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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-16 02:14:50 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-3-15 21:16
老师,如果我在优化的时候需要加电场,让C=O冲着X轴,调整好位置,加opt=z-matrix和nosymm优化结束后,分 ...


opt=cartesian
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-3-16 08:39:54 | 只看该作者 Only view this author

加过opt=cartesian了,优化完毕后仍然不冲着X轴了

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发表于 Post on 2018-3-16 08:51:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我仔细看了log文件,E_AB=-1742.517,   E_A,bAB=-1618.301,  E_B,bAB=-121.574,  E_A=-1618.294,  E_B=-121.584.根据E_BSSE=(E_A-  E_A,bAB)+( E_B- E_B,bAB)=-0.003,为负值,由于这个体系的B是过渡金属离子,是不是得另外算单体B的能量?再根据公式算E_BSSE的能量?这个过渡金属离子在计算时是不是得考虑显式溶剂分子和隐式溶剂结合的方式去计算能量?老师,我这么想对吗?

Fe_opt_bsselowa.log

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发表于 Post on 2018-3-16 08:52:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-16 02:12
是加弥散函数而不是加弥散“基组”
就是少写了一个,自己算的时候添上

嗯嗯,好的老师。还有一点,指数可以自己定义吗?因为我从基组数据库中,没有找到审稿人给的这个0.0001指数的相关弥散函数,只找到一个pople-style diffuse 型,其指数为0.0845。因为我想用他给的方法和基组重复一下他给出的结果,但不知道他说的用的极其弥散的函数是哪个。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-16 10:40:09 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-3-16 08:52
嗯嗯,好的老师。还有一点,指数可以自己定义吗?因为我从基组数据库中,没有找到审稿人给的这个0.0001指 ...

他没说明哪来的就不要盲目用
按照even-temper方式产生的指数有理有据得多
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发表于 Post on 2018-3-16 18:43:03 | 只看该作者 Only view this author
老师  我算的体系反应路径中有一个结构,优化此结构时候试了各种各样的方法帮助消掉虚频,然而最后发现必须要用int=superfine才可以消掉虚频。
但是整个反应路径中其他所有结构都是用ultrafine的并且都算完了。 这样的话如果做能量折线图(气相自由能)是不是就没意义了?
我想到两个解决方法请老师看看:
1.取superfine优化得到的结构直接再用ultrafine重新算一下单点得到电子能量,然后把它加到superfine输出文件中的自由能校正项上,得到自由能。
2.直接忽略这个问题,所有能量都直接提取ultrafine的。然后在文章中提一下虚频消不掉是由于明尼苏达系列泛函对积分格点质量敏感

请问老师这两个方法哪个可行? 谢谢老师

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发表于 Post on 2018-3-16 19:50:00 | 只看该作者 Only view this author

求助,如何使用GaussView生成ClF3的输入文件

今天看社长的ELF,LOL的博文,第一步就卡住了,小白求指导

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发表于 Post on 2018-3-16 19:54:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2018-3-16 20:30 编辑

老师,irc任务的时候出现有些点的波函数是stable的,过几个点又变成instability的点,甚至不收敛。instability可以理解,起码scf收敛了,可以单独计算时为什么又不收敛?这种情况如何避免?还是不可避免。如图,比较明显的能量区别。我还抽样算了其他irc曲线中的不同点的波函数,发现irc计算的时候总有stable变成instability的情况。

1111.jpg (42.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-17 02:39:11 | 只看该作者 Only view this author
e62 发表于 2018-3-16 19:50
今天看社长的ELF,LOL的博文,第一步就卡住了,小白求指导

先在gview里画个ClF3,然后file-save,保存.gjf,恰当书写关键词就完了
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lufenghxu 发表于 2018-3-16 19:54
老师,irc任务的时候出现有些点的波函数是stable的,过几个点又变成instability的点,甚至不收敛。instabil ...


IRC每一步都是读取上一个点收敛的波函数当初猜,初猜比单独计算那个点时候的好,显然更容易收敛。不同的初猜能收敛到的波函数也不同,所以单独计算和计算IRC时对同一个点的结果可能不同。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-17 02:43:08 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-3-16 18:43
老师  我算的体系反应路径中有一个结构,优化此结构时候试了各种各样的方法帮助消掉虚频,然而最后发现必须 ...

1可行
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发表于 Post on 2018-3-17 03:11:46 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师回复。
请问老师是不是除了这样做也没啥太好的办法了?
在文章中也要同样这样说明一下能量的获取方式对吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-17 03:43:14 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-3-17 03:11
谢谢老师回复。
请问老师是不是除了这样做也没啥太好的办法了?
在文章中也要同样这样说明一下能量的获 ...


几何结构和振动频率受ultrafine和superfine的差异影响很小,不提没关系
没有更好的做法,势能面非常缓的情况明尼苏达系列泛函非得用superfine才没虚频,我也经常遇到
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发表于 Post on 2018-3-17 10:12:52 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问目前cc-pcvtz-f12 basis set可以用于H或N原子吗?我在http://tyr0.chem.wsu.edu/~kipeters/basis-bib.html 这个网站上查到的是可以用于B-Ne and Al-Ar 和 Li, Be, Na, Mg;在molpro上有试过用这个基组计算NH3能量,无论如何都会报错,说是can't find default basis set cvtz-f12 for atom N(H)或者说basis library exhausted

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发表于 Post on 2018-3-17 10:42:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-17 03:43
几何结构和振动频率受ultrafine和superfine的差异影响很小,不提没关系
没有更好的做法,势能面非常缓 ...

明白了!
非常感谢老师的解答   

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