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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-15 11:05:18 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-3-15 08:34
我在命令行里加了nosymm,并用了opt=z-matrix,但优化结束后的坐标轴还是变动了一小点。比如C和O原子已经 ...


这样的关键词本身就没有必然要求C-O非得依然严格保持冲着X轴
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发表于 Post on 2018-3-15 11:07:06 | 只看该作者 Only view this author

审稿人给的意见,对方法和基组一头蒙,完全不懂,请老师解读一下这个输入文件的意思。主要是关键词和坐标后面说明部分的含义。
Extrabasis, SCF(Fermi,XQC),
sp 1.0
0.0001 1.0是什么意思?
谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-15 11:07:46 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2018-3-15 08:39
请问为什么会有残基呢?这是做优化计算结果直接放到GaussView 中转化成输出文件的,以前是没出现这种情况 ...


一般来说,要么载入的是pdb文件,要么之前载入的其它文件里就有残基信息。如果不是这些情况,也许是gview里做了什么额外操作导致的。不用在意这个
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发表于 Post on 2018-3-15 11:08:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-14 21:05
BSSE校正能应当为正

为负说明算错了,可能其中某个子计算没收敛到稳定波函数之类,或者结果没读对。 ...

sob老师,我仔细看了log文件,E_AB=-1742.517,   E_A,bAB=-1618.301,  E_B,bAB=-121.574,  E_A=-1618.294,  E_B=-121.584.根据E_BSSE=(E_A-  E_A,bAB)+( E_B- E_B,bAB)=-0.003,为负值,由于这个体系的B是过渡金属离子,是不是得另外算单体B的能量?再根据公式算E_BSSE的能量?这个过渡金属离子在计算时是不是得考虑显式溶剂分子和隐式溶剂结合的方式去计算能量?老师,我这么想对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-15 11:08:46 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-3-15 11:07
审稿人给的意见,对方法和基组一头蒙,完全不懂,请老师解读一下这个输入文件的意思。主要是关键词和坐标 ...

这里都写了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-15 11:09:00 | 只看该作者 Only view this author
FZQ 发表于 2018-3-15 11:00
各位老师好,计算吸收和发射光谱时,通过线性响应方式考虑溶剂,可以用SMD模型而不用PCM模型吗?一直模仿ht ...

完全可以
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发表于 Post on 2018-3-15 11:11:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-15 11:05
这样的关键词本身就没有必然要求C-O非得依然严格保持冲着X轴

老师,因为我后续会在上面添加其他的基团,与C=O进行反应,需要用到沿着C=O键轴上的偶极矩,所以我希望从一开始就让C=O键是一直处于键轴上的,这样不至于加了其他分子后坐标会旋转或移动。全程都用opt=z-matrix和nosymm。

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发表于 Post on 2018-3-15 11:13:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-15 11:08
这里都写了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-15 11:13:42 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-3-15 11:11
老师,因为我后续会在上面添加其他的基团,与C=O进行反应,需要用到沿着C=O键轴上的偶极矩,所以我希望从 ...


优化时候根本不用考虑这个问题,按照这个帖子随时都能让某个键精确冲着某个笛卡尔轴:
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177

之后再带着nosymm算个单点再读偶极矩就完了
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发表于 Post on 2018-3-15 11:16:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-15 11:13
优化时候根本不用考虑这个问题,按照这个帖子随时都能让某个键精确冲着某个笛卡尔轴:
让指定化学键平 ...

谢谢老师,我知道了。我用VMD调整坐标轴试试

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发表于 Post on 2018-3-15 18:20:56 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,在做LOL填色图时,若只关注某几个原子,不知如何将其放大移到合适位置,从而显示的更清楚一些?另外,要么都不显示要么同时显示所有的原子label,不知如何只显示所关注原子的label?

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发表于 Post on 2018-3-15 21:16:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-15 11:13
优化时候根本不用考虑这个问题,按照这个帖子随时都能让某个键精确冲着某个笛卡尔轴:
让指定化学键平 ...

老师,如果我在优化的时候需要加电场,让C=O冲着X轴,调整好位置,加opt=z-matrix和nosymm优化结束后,分子的位置仍然发生了偏离,即C=O不在像输入的时候那样冲着X轴了,怎么解决呢?

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发表于 Post on 2018-3-15 21:30:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-15 11:08
这里都写了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

#P CCSD NoSymm aug-cc-pVTZ field=x+1200
ExtraBasis SCF(Fermi,xQC)
TEST
0 3
O 0.0 0.0 0.0
O 1.149 0.0 0.0

O 0
sp 1.0
0.0001 1.0
****
老师,还有一点不明白,这个输入是说对氧原子加了弥散基组,最后写的是SP, 在SP后面不用指定收缩度吗?SP型不是说S和P共享一个指数,但收缩系数不同,为什么审稿人少列了一个?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-16 02:09:15 | 只看该作者 Only view this author
jingruoyoulan 发表于 2018-3-15 18:20
请问sob老师,在做LOL填色图时,若只关注某几个原子,不知如何将其放大移到合适位置,从而显示的更清楚一些 ...

ps一下,把那个区域裁出来就完了
要想不显示不感兴趣的原子标签,把显示所有标签和不显示所有标签的图都保存,在ps里叠加到一起,不显示标签的图放在上层。这样把上层中想显示标签的原子的区域用橡皮擦掉,就透出下层的标签了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-16 02:12:35 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-3-15 21:30
#P CCSD NoSymm aug-cc-pVTZ field=x+1200
ExtraBasis SCF(Fermi,xQC)
TEST


是加弥散函数而不是加弥散“基组”
就是少写了一个,自己算的时候添上
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