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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-24 17:06:50 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-4-24 16:46
老师,我手头有一个晶体,是稳定存在的,然后想知道其中的金属换成另外一种金属原子 能不能存在。该如何通 ...

最简单粗暴的方法,替换之后跑个从头算动力学,看看是否之后会错乱之类的
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发表于 Post on 2018-4-24 17:11:11 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,在使用团簇模型中存在以下问题:
1.从一个模型中截取出部分团簇后该怎么加H呢?比如说Cu原子在原模型中是4配位,而截取的结构中只连接了2个O原子,那么是否可以直接在Cu上加两个H原子,或者是补充2个O原子,然后在O原子上加H呢?
2.加H之后是否需要固定与H原子相连接的原子呢?如果需要固定,那么应该固定位置还是键长?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-24 17:13:14 | 只看该作者 Only view this author
yiranfengbai 发表于 2018-4-24 17:11
Sob老师好,在使用团簇模型中存在以下问题:
1.从一个模型中截取出部分团簇后该怎么加H呢?比如说Cu原子在 ...

配位原子不要变。如果在配位原子上截断,就在配位原子上加氢
固定,固定笛卡尔坐标。
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发表于 Post on 2018-4-24 18:58:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-24 17:05
Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 23, 627 (1984)

谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2018-4-24 20:46:59 | 只看该作者 Only view this author
老师好,对于几何优化计算,要分析化合物的几何结构,输入文件中有无int=ultrafine对结果影响大吗?因为在部分文件中有的加了int=ultrafine而有的没加

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发表于 Post on 2018-4-24 21:25:34 | 只看该作者 Only view this author

Error in internal coordinate system,怎么解决?

输入文件在附件中,请问出现这种报错怎么解决?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-24 21:58:46 | 只看该作者 Only view this author
opt=cartesian
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-24 21:59:07 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-24 20:46
老师好,对于几何优化计算,要分析化合物的几何结构,输入文件中有无int=ultrafine对结果影响大吗?因为在 ...

对结构一般影响不大
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发表于 Post on 2018-4-25 03:22:37 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,用tddft b3lyp优化水h2o的激发态总是报错segmentation fault,keword如下

# opt td b3lyp/6-31g

如果把b3lyp换成hf就没有报错,这是怎么回事呢?

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发表于 Post on 2018-4-25 09:01:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-24 21:59
对结构一般影响不大

好的 谢谢sob老师!再斗胆问一下,那还有对FREQ计算的4个热化学能量值影响大吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-25 09:08:57 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-4-25 03:22
请教老师,用tddft b3lyp优化水h2o的激发态总是报错segmentation fault,keword如下

# opt td b3lyp/6-3 ...

看输出文件里的提示

不加极化完全没法用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-25 09:10:01 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-25 09:01
好的 谢谢sob老师!再斗胆问一下,那还有对FREQ计算的4个热化学能量值影响大吗?

不大
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发表于 Post on 2018-4-25 09:20:24 | 只看该作者 Only view this author
好的 谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2018-4-25 09:24:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-24 17:13
配位原子不要变。如果在配位原子上截断,就在配位原子上加氢
固定,固定笛卡尔坐标。

Sob老师,还有个小问题麻烦您:加H后,H原子与配位原子之间的键长是怎么确定的?需要进行一系列长度测试,还是有一个统一的数值呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-25 09:39:08 | 只看该作者 Only view this author
yiranfengbai 发表于 2018-4-25 09:24
Sob老师,还有个小问题麻烦您:加H后,H原子与配位原子之间的键长是怎么确定的?需要进行一系列长度测试 ...

无关紧要,反正离感兴趣的区域很远。一般设成共价半径和就行了。如果非常纠结于此,做个限制性优化优化氢的位置。
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