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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-19 04:53:08 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-17 20:58
老师,有个问题请教您下
反应物和催化剂都相同的,用Gaussian计算了几条反应机理完全不同的反应路径,最终 ...

对于动力学控制时,自由能垒是最有决定性的论据,其它的分析都是其次,分析也只是用来分析为什么自由能垒有的高有的低
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-19 04:55:19 | 只看该作者 Only view this author
火烈鸟小唐 发表于 2018-4-18 15:51
老师,您好:
我现在在搜索酰基和氧气结合生成过氧酰基的反应的过渡态,用了B3LYP/6-31G(d,p)和M062X/6-31 ...

是。合适
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-19 04:56:30 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-4-17 10:00
那sob老师,怎么在填色图上显示原子符号呢?不显示的话,如果结构复杂,根本就不知道哪个区域对应哪个原 ...

后处理菜单有选项
屏幕上所有选项都仔细看一看
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-19 05:00:01 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-17 17:21
老师,我又看了轨道图形,解决了我上一个问题的部分疑问。我发现Alpha和Beta两部分虽然从轨道编号上看结 ...

毕竟Alpha和Beta轨道不可能完全一致(除非是用U计算闭壳层体系),因此必须分开计算

用Multiwfn轨道成分分析功能直接做轨道成分分析,能得到对于复合物轨道,某片段中的原子所产生的贡献。而CDA可以给出的则是片段的片段轨道对复合物轨道产生的贡献,意义不同。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-19 05:03:06 | 只看该作者 Only view this author
哇哇吐 发表于 2018-4-17 21:48
我人为扭转的试了下,不行,前两个点和后面的能量差别太大了。可是还是想知道刚性扫描怎么设置初始值。

直接把D5后头53.0改成0.0就完了
刚性扫描过程要让这个片段旋转,则必须恰当定义内坐标,使得被扫描的变量改变的时候,其它原子位置都能连带着改变。

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发表于 Post on 2018-4-19 09:48:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-19 05:00
毕竟Alpha和Beta轨道不可能完全一致(除非是用U计算闭壳层体系),因此必须分开计算

用Multiwfn轨道成 ...

恩恩,多谢老师解答。看了老师的解答感觉大概明白了一些。轨道成分分析分析的是原子对轨道的贡献,轨道成分分析中的片段贡献就是把这个片段里所有的原子贡献加和。而CDA计算的轨道贡献则是计算整个片段产生的轨道对复合物轨道的贡献,而不是简单的原子贡献加和。

老师我还有一个问题想请教您。我做NAO和CDA的目的就是想判断一下一个复合物中金属和一个卡宾配体谁对占据轨道贡献较多,谁对反键轨道贡献较多,进而判断金属是否被氧化。我理解的是如果金属对占据轨道贡献比较大则说明电子还倾向于属于金属部分,证明金属没有被这个配体氧化,不知道这样理解对不对,想请老师解答一下,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-4-19 09:52:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ABetaCarw 于 2018-4-19 13:14 编辑

老师好,我在找一个羟基化的苯硼酸 脱去一个羟基(氢氧根?)的过程的过渡态,在没加溶剂模型的时候,柔性扫描找过渡态一切正常,但是加了溶剂模型后就出问题了。能量突变的点 从2.1变大到了3.2才开始突变,突变的下一步竟然是带了一个H形成水 继续跑。是不是我这种反应在水溶剂模型里面找过渡态就是有这样的问题 还是说我哪里明显搞错了?请老师指导我如何改进实验。
水溶剂模型的那个计算的输入文件内容贴在下面了。




恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2018-4-19 11:56:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-19 20:33 编辑
sobereva 发表于 2018-4-19 04:53
对于动力学控制时,自由能垒是最有决定性的论据,其它的分析都是其次,分析也只是用来分析为什么自由能垒 ...

谢谢老师。

两条反应路径最终的产物是一样的。
实验组的人实验上也是只得到这个产物。实验条件是常温反应,4个小时。

1) 第二条反应路径中有几个基元反应势垒达到50kcal/mol,而且两种路径最终产物一样,那么,是不是可以这么说:” 结合实验条件说明该反应应该为动力学控制的,所以第二条反应路径不可行。”?

2) 分析为什么能垒有的高有的低,是不是就是应该用multiwfn的某些功能分别分析一下对应的TS结构?老师您有没有比较建议使用的multiwfn功能。。不知道从波函数分析方面怎样更深层次讨论比较好

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发表于 Post on 2018-4-19 14:28:54 | 只看该作者 Only view this author
对于M06、M06-2X等明尼苏达系列泛函可尝试增加泛函积分格点的精度,对于其它泛函这个做法见效几率则比较有限。G09默认是int=fine,相当于(75,302),可以提升到int=ultrafine,相当于(99,590),耗时也会增加,收敛的几率也会增加,结果精度也会提升。
想问一下sob老师“可以提升到int=ultrafine”是怎么提升呢?具体操作是什么呢?

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发表于 Post on 2018-4-19 17:02:38 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,这是我做的LOL填色图,但是不知道该怎么分析,可以看到两个O原子周围LOL数值较大,这代表什么呢?我算的中间O和As之间的吸附能为300KJ/mol,是典型的化学吸附,可是这张LOL填色图中根本就看不出AS和O之间有共价键,这是怎么回事呢?请老师帮忙解答~·

LOL O10-As9-O2.png (272.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

LOL

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 03:41:15 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-4-19 17:02
Sob老师,这是我做的LOL填色图,但是不知道该怎么分析,可以看到两个O原子周围LOL数值较大,这代表什么呢? ...


明显是共价键,O往As方向凸出来那么明显。As附近一大圈蓝的是原子内部壳层,价层在更外部
PS:波函数分析问题请发到波函数分析与Multiwfn板块
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 03:42:07 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy 发表于 2018-4-19 14:28
对于M06、M06-2X等明尼苏达系列泛函可尝试增加泛函积分格点的精度,对于其它泛函这个做法见效几率则比较有 ...

在#后头写上int=ultrafine关键词
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 03:43:40 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-19 11:56
谢谢老师。

两条反应路径最终的产物是一样的。


1 可以
2 这种问题很难一概而论,得结合具体问题...

PS:有个所谓的Activation Strain (Distortion-Interaction) Energy分析,你也可以考虑看看能否用于当前问题的讨论,置顶的Gaussian FAQ里有介绍。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 03:47:09 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-19 09:48
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这类似于计算金属的氧化态问题,可以用LOBA方法
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
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发表于 Post on 2018-4-20 03:48:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 03:43
1 可以
2 这种问题很难一概而论,得结合具体问题...

谢谢老师! 我该复习复习Multiwfn的讲义了..

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