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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-4-21 18:26:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-21 17:59
B3LYP优化基态,BHandHLYP优化激发态并计算荧光

好的,谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-21 18:32:30 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-4-21 18:01
请教一下sob老师,有Multiwfn做算副井函数的相关博文么?我想判断一下电子的得失能力。我想看一看,但是没 ...

Multiwfn手册里搜Fukui
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发表于 Post on 2018-4-22 22:42:39 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师和系间窜越有关的energy gap,比如说单三重态的能级差△E(S1-T1),指的是绝热能级差么(分别优化后total energy的能差),还是 Excited State 1:  Singlet-A   0.9584 eV  中显示的激发能之差。有群友告诉我是后者,原因是系间窜越是发生在势能面弛豫过程中,若回到优化结构就不能有系间窜越了,请问这样理解可以么,我怎么还是觉得应该是前者呢。希望老师可以指点一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 06:01:19 | 只看该作者 Only view this author
哇哇吐 发表于 2018-4-22 22:42
请教sob老师和系间窜越有关的energy gap,比如说单三重态的能级差△E(S1-T1),指的是绝热能级差么(分别优化 ...

一般用的是绝热能级差来衡量系间窜越概率

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哇哇吐 + 5 非常感谢老师

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发表于 Post on 2018-4-23 09:25:18 | 只看该作者 Only view this author
老师,想请教一下介电常数的问题。就是我实验部分涉及到的反应分子有:酶、甘油三酯、脂肪酸,是在密封环境下进行反应的,现在模拟的话已经算完气相部分了,要进行溶剂化校正,那么我应该把哪种分子作为溶剂对待呢?
头顶笠帽,身披蓑衣,独钓江雪

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 10:55:56 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2018-4-23 09:25
老师,想请教一下介电常数的问题。就是我实验部分涉及到的反应分子有:酶、甘油三酯、脂肪酸,是在密封环境 ...

我不清楚你的具体实验情况、体系具体构成,不好说。
应把占主体并起到环境作用的分子作为溶剂来考虑
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发表于 Post on 2018-4-23 14:53:18 | 只看该作者 Only view this author
请问,我计算外加电场作用下的化学反应,在命令行里输入opt=z-matrix, nosymm, field=M+N, 关键词,然后以直角坐标的形式直接存为gjf文件,这样计算可以吗?因为手册上说,要用内坐标或者带符号的直角坐标,后者不明白是啥意思。
其次,我优化之前先把坐标轴的z方向放置到比如沿着C=C键轴的方向了,但优化结果出来之后,坐标轴z不再沿着c=c键轴了,而且无论我调整几次,都无法让它按照我设定的方向得到优化结果。这是怎么回事,怎么处理这种问题呢?假如我把它存为内坐标,坐标轴即使在gjf文件里也不能按照我设定的方向,为什么会这样呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 15:13:46 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-4-23 14:53
请问,我计算外加电场作用下的化学反应,在命令行里输入opt=z-matrix, nosymm, field=M+N, 关键词,然后以 ...

手册说的不对。根本不需要z-matrix,而且你用了z-matrix,你都不知道电场相对于分子是什么方向加的了
应当opt=cartesian nosymm,结合笛卡尔坐标书写gjf
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发表于 Post on 2018-4-23 15:25:01 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好。有个问题想咨询下,如何最优的计算有机分子结构之间的解离能?比如,想计算咔唑N上连接苯环这样一个分子,把C-N键打开,分成两个片段,咔唑和苯环。首先会优化整个分子,运行程序:#p opt freq B3LYP/6-31G(d),然后再分别优化这两个片段,运行程序仍然是:#p opt freq B3LYP/6-31G(d)。现在的疑惑是:这两个片段,我在gview里是画成自由基(radical)的形式嘛,即咔唑中N原子上的氢原子不画,苯环中连接位置的C原子上的氢原子不画,这样对吗?即CarbPhen→Carb(radical)+Phen(radical)。还有一个问题,有的文献中是把一个分子分解成一个负离子和一个自由基,负离子怎么做到的?期待您的回答!谢谢!

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发表于 Post on 2018-4-23 15:36:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师你好
在基元反应中,三分子碰撞比双分子碰撞发生的概率小的多,因此在能垒差不多的时候双分子的基元反应更容易发生,我这样理解对吗,请问有这样的文献支持这一观点吗?

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发表于 Post on 2018-4-23 16:05:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-23 15:13
手册说的不对。根本不需要z-matrix,而且你用了z-matrix,你都不知道电场相对于分子是什么方向加的了
应 ...

好的,谢谢sob老师,手册这个问题一直困扰着我,原来它是不对的啊。我再试试您说的方法

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发表于 Post on 2018-4-23 16:12:59 | 只看该作者 Only view this author
各位你们好,请问我在算单点能时用ccsd(t)/cc-pvtz去算时一直出现 Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.这个问题(用了混合基组),高斯的版本是Gaussian 09, Revision D.01.,请问这可能是什么原因导致的?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 16:40:30 | 只看该作者 Only view this author
扯淡夜夜夜 发表于 2018-4-23 16:12
各位你们好,请问我在算单点能时用ccsd(t)/cc-pvtz去算时一直出现 Error termination in NtrErr:
NtrErr  ...

上传压缩后的输出文件,以及输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 16:41:09 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2018-4-23 15:36
sob老师你好
在基元反应中,三分子碰撞比双分子碰撞发生的概率小的多,因此在能垒差不多的时候双分子的基 ...


极少有三分子反应,碰撞几率太小
一些表面上看是三分子反映的实际从机理上是双分子反应
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 16:46:16 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2018-4-23 15:25
Sob老师,您好。有个问题想咨询下,如何最优的计算有机分子结构之间的解离能?比如,想计算咔唑N上连接苯环 ...


一个片段计算时电荷设成1,另一个设成-1就完了
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