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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-4-26 20:55:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-26 20:45
E(整体)-E(Zn)-E(Ge团簇1)-E(Ge团簇2)

老师,也就是用counterpoise=3,分片段算,最后读取complexation(corrected)?  还是分别计算每块片段单点,做差值?还有个疑问是键能是片段的和减整体吧?是不是老师写的公式的相反数呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 21:06:15 | 只看该作者 Only view this author
xueduomei 发表于 2018-4-26 20:55
老师,也就是用counterpoise=3,分片段算,最后读取complexation(corrected)?  还是分别计算每块片段单点 ...

甭用counterpoise,和此问题毫无直接联系,直接按我说的算单点求差
算化学键键能之类问题用counterpoise有害无益,看
计算化学键键能时若基组合理则考虑BSSE是完全多余的
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发表于 Post on 2018-4-26 21:08:19 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-27 08:23:52 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,

使用高斯计算得到的duschinsky matrix数值有正负,如果要得到类似g16一样的关于初末的状态的图,要得到overlap是应该取绝对值还是取平方呢?

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发表于 Post on 2018-4-27 21:10:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-27 21:16 编辑

Sob老师:

1.以前学习时的概念都是过渡金属空轨道是电子受体那么1到2的过程,可以描述成11号碳原子被Pd亲电进攻了吗?
   对于这个过程,我是否可以通过福井函数或者双描述符说明11号C比15号C更容易被(亲电/亲核)进攻?

2.请教老师应该怎么做可以明确证明出1到2的过程是C被 亲电进攻 还是 亲核进攻?
  (我计算了Hirshfeld电荷,配位之后的11号C的原子电荷没有之前的负,但是我不确定这样算不算证明它是被亲电进攻呢)

谢谢老师
问题.rar (122.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-27 21:16:03 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-27 21:10
Sob老师:

1.以前学习时的概念都是过渡金属空轨道是电子受体那么1到2的过程,可以描述成11号碳原子被Pd ...

对Pd连同另一块配体计算单点,做波函数分析得到Pd的原子电荷,其数值为正,再加上1分子的碳上方有丰富的pi电子云,就已经可以说明这点
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发表于 Post on 2018-4-27 21:29:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-28 23:18 编辑
sobereva 发表于 2018-4-27 21:16
对Pd连同另一块配体计算单点,做波函数分析得到Pd的原子电荷,其数值为正,再加上1分子的碳上方有丰富的p ...

这个反应催化剂是 Pd(OAc)2,1.log是底物分子,2.log是催化剂分子和底物分子生成的一个中间体。虽然Pd在2.log中的原子电荷是正的,但是Pd本身在催化剂分子Pd(OAc)2中原子电荷就已经是正的了。

我直接在2.log的结构文件中把Pd(OAc)2的结构和底物的结构都原样保存出来,成了两个文件。计算出这个“变形”了的Pd(OAc)2中Pd的原子电荷,得到0.61。 “变形”了的底物中C11的电荷是-0.06。
然后我算了一下2.log,其中Pd的原子电荷得到0.56,C11的原子电荷-0.05。
所以结合成配位化合物之后,Pd的电荷比在变形了的Pd(OAc)2中更负了(0.61变成0.56),C11的电荷比在变形了的底物中更正了(-0.06变成-0.05)。


请教老师根据上面的数据能不能说催化剂Pd(OAc)2和底物的结合过程是底物的C被Pd亲电进攻了?
我很不确定在算催化剂单体中Pd的原子电荷和算底物单体中C11的原子电荷时,是直接在配位化合物的极小点结构2.log中原封不动把催化剂单体和底物单体抠出来,还是应该取两个单体各自的极小点结构?

麻烦老师。。

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发表于 Post on 2018-4-28 16:06:56 | 只看该作者 Only view this author
我想请教计算醌分子在DMSO溶剂中的单点能,使用B3LYP/6-31g* 气相优化后的结构为输入文件,命令行为# M052X/6-31g*  scrf=(smd,solvent=dimethysulfoxide)
结果出现syntax error, 我不明白命令行哪里出现了问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-28 16:12:15 | 只看该作者 Only view this author
茄子123 发表于 2018-4-28 16:06
我想请教计算醌分子在DMSO溶剂中的单点能,使用B3LYP/6-31g* 气相优化后的结构为输入文件,命令行为# M052X ...

solvent=DMSO
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发表于 Post on 2018-4-28 23:06:04 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,高斯计算能量,何时应该只用电子的能量,何时应该用电子的能量加上零点能校正?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-29 00:15:25 | 只看该作者 Only view this author
computational 发表于 2018-4-28 23:06
请问老师,高斯计算能量,何时应该只用电子的能量,何时应该用电子的能量加上零点能校正?

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发表于 Post on 2018-4-29 02:08:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-29 02:18 编辑

sob老师  我使用Multiwfn做电子密度的拓扑分析时候发现Pd原子核位置本该出现的(3,-3)找不到,却总是找到一个(3,+3).
我降低了梯度和位移标准也是这样。我积分了电子密度,跟实际一样,说明波函数文件正常载入了,EDF字段正常读取了
Poincare-Hopf关系不满足,(3,-3) - (3,-1 + (3,+1) - (3,+3) = -1
如果Pd正常出现(3,-3)的话,Poincare-Hopf就能正常满足。
好几个含Pd的结构都出现了这个问题,不知道我忽略了什么问题,以下是其中三个,请老师帮我看看,谢谢老师
no_ncp.rar (2.87 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2018-4-29 10:30:41 | 只看该作者 Only view this author
请教一下老师,为什么我的log文件用gv打开之后,提示了这个,显示正常结束,频率也能看,是属于bug么?

N)Z$TF7CN56[[W$01R5QQNF.png (20.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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发表于 Post on 2018-4-29 11:05:17 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-29 11:30:18 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-4-29 10:30
请教一下老师,为什么我的log文件用gv打开之后,提示了这个,显示正常结束,频率也能看,是属于bug么?

不用管
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