简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

yiranfengbai · 发表于 Post on 2018-4-25 10:09:49

sobereva 发表于 2018-4-25 09:39
无关紧要，反正离感兴趣的区域很远。一般设成共价半径和就行了。如果非常纠结于此，做个限制性优化优化氢 ...

好的，谢谢Sob老师

ccccn345 · 发表于 Post on 2018-4-25 10:16:08

请教老师，用hf或者tddft b3lyp优化水h2o的激发态总是出现虚频是怎么回事？试了一下NH3也是这样，keyword如下

# opt freq td b3lyp/6-31g(d) 或 # opt freq td hf/6-31g(d)

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-25 12:18:21

ccccn345 发表于 2018-4-25 10:16
请教老师，用hf或者tddft b3lyp优化水h2o的激发态总是出现虚频是怎么回事？试了一下NH3也是这样，keyword如 ...

按照常规方式解决
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

PS：像这种极小的体系，要想激发态优化准，得动用多参考方法

Realzlzl · 发表于 Post on 2018-4-25 17:14:42

sobereva 发表于 2018-4-23 16:46
是
一个片段计算时电荷设成1，另一个设成-1就完了

sob老师，您好。在计算BDE时，分子分解成两个片段时，有三种情况：自由基和自由基，自由基和负离子，自由基和正离子。
（1）整体分子先进行优化，然后分开的两个片段单独优化，分开这两个片段的碳原子上的氢原子是不需要再补画上的，对嘛？
（2）电荷/自旋多重度。自由基和自由基的是（0,2和 0,2），自由基和负离子的是（0,2和-1,-1），自由基和正离子的是（0,2和1,3）。是不是都是错误的？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-25 17:21:45

Realzlzl 发表于 2018-4-25 17:14
sob老师，您好。在计算BDE时，分子分解成两个片段时，有三种情况：自由基和自由基，自由基和负离子，自由 ...

分子是什么分子？如果是分子是中性分子，且你所说的自由基也都是中性自由基，不可能分解成“自由基和负离子”以及“自由基和正离子”

1 对
2 前两个对。正离子应当用1,1（通常单重态能量都是低于三重态的，算BDE时片段一般都取最稳定的电子态）

Realzlzl · 发表于 Post on 2018-4-25 19:24:11

sobereva 发表于 2018-4-25 17:21
分子是什么分子？如果是分子是中性分子，且你所说的自由基也都是中性自由基，不可能分解成“自由基和负离 ...

sob老师，谢谢您的回复。现在有点模糊，
（1）自由基和负离子的是（0,2和-1,-1），负离子的-1,-1，后面的自选多重度-1是怎么来的？而且，我用-1,-1算过，运行错误。
（2）正离子的1,1，后面的自选多重度1是怎么来的？是您说的因为单重态吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-25 23:50:35

Realzlzl 发表于 2018-4-25 19:24
sob老师，谢谢您的回复。现在有点模糊，
（1）自由基和负离子的是（0,2和-1,-1），负离子的-1,-1，后面 ...

1 对你当前的问题，记住，电子数是奇数，自旋多重度设2，电子数是偶数，自旋多重度设1
2 中性自由基自旋多重度是2，显然阳离子电子数就成偶数了，自旋多重度最低的就是1

dingniu2 · 发表于 Post on 2018-4-26 07:44:06

请问sob老师，我的体系是一个中性含氢键和共价键共存体系，
（1）AIM分析我用的是6-31g（d，p），审稿人提出用6-311+g（d，p），请问引用哪些有说服力的文献证明6-31g（d，p）是适用的？
（3）吸附能是不是不应考虑零点能校正？只要不考虑吉布斯自由能和焓就不需要零点能，对吗？有这方面的经典文献吗？
谢谢老师！

ccccn345 · 发表于 Post on 2018-4-26 08:22:45

请教老师，

对于.log输出文件中的数据，如何比较方便的获取出来得到txt文件呢，剔除掉文件中的文字以及转换数据中的一些符号，比如代表双精度的D?

steven · 发表于 Post on 2018-4-26 09:09:55

老师，我按照您那篇博文利用Multiwfn和VMD还有PS制作分子范德华表面上的静电势图和极值点，我是严格按照博文操作的。最后保存出来的图片不清晰，跟博客网站上的比模糊很多。请问老师有没有什么技巧能让保存出来的图片清晰一些呢？谢谢老师。（我是保存成png格式的）

Yin · 发表于 Post on 2018-4-26 11:35:22

老师请问DALTON程序支持加入弥散函数吗？

Realzlzl · 发表于 Post on 2018-4-26 13:09:24

sobereva 发表于 2018-4-25 23:50
1 对你当前的问题，记住，电子数是奇数，自旋多重度设2，电子数是偶数，自旋多重度设1
2 中性自由基自旋 ...

好的，sob老师，非常感谢您。

落花飘雨679 · 发表于 Post on 2018-4-26 15:00:31

老师您好，我在计算一个含有过渡金属铜的配位聚合物的单点能时，当设置电荷数为0时，可以收敛，但是当设置电荷数为1，自旋多重度为1时就会出现不收敛的情况，报错信息如下所示，请问老师我应该怎样修改？
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
Error on total polarization charges =  0.03556
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2917.73791651    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.72D-06    -V/T= 2.0276
KE= 2.839503197866D+03 PE=-2.290211798608D+04 EE= 9.089832514153D+03
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l502.exe at Thu Apr 26 13:33:18 2018.
Job cpu time:    3 days  8 hours 29 minutes 57.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 2411 Int=    0 D2E=    0 Chk=    40 Scr=    1

dixin · 发表于 Post on 2018-4-26 16:54:42

感觉体系的自旋多重度，你可能没弄对。我也是新手，只是猜测哈。

不懂计算 · 发表于 Post on 2018-4-26 19:30:48

sob老师好，对于非平面的结构做电子定域性分析LOL函数时，选了XY、XZ、YZ三种平面做图，但效果都不是很好，请问该如何选定合适的XYZ轴呢？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

含有过渡金属铜的配位聚合物的单点能的计算报错