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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 19:39:41 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-26 19:30
sob老师好,对于非平面的结构做电子定域性分析LOL函数时,选了XY、XZ、YZ三种平面做图,但效果都不是很好, ...

看具体情况
Multiwfn里定义作图平面的做法非常多,诸如通过三个原子核位置定义作图平面
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 19:39:48 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2018-4-26 11:35
老师 请问DALTON程序支持加入弥散函数吗?

支持
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 19:40:04 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-4-26 08:22
请教老师,

对于.log输出文件中的数据,如何比较方便的获取出来得到txt文件呢,剔除掉文件中的文字以及 ...

用awk
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 19:41:13 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-26 09:09
老师,我按照您那篇博文利用Multiwfn和VMD还有PS制作分子范德华表面上的静电势图和极值点,我是严格按照博 ...

我不知道你说的“清晰”具体指什么
如果像素低,就用tachyon渲染的时候把像素设大
如果边缘有锯齿,用tachyon渲染的时候也会自动开抗锯齿效果,或者也可以在显卡驱动面板里强行打开抗锯齿效果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 19:43:51 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-4-26 07:44
请问sob老师,我的体系是一个中性含氢键和共价键共存体系,
(1)AIM分析我用的是6-31g(d,p),审稿人提 ...


6-31G**已经够了。AIM分析对基组并不敏感,2-zeta带极化就已经够了。你可以对你研究的体系当中的一个改成6-311+G**做AIM分析,证明结果和6-31G**差不多,就行了。

如果是和吸热放热量相联系,用焓来讨论,不是光考虑个ZPE的事。用不着看什么文献,这属于基本物理化学知识。
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发表于 Post on 2018-4-26 19:50:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-26 19:39
看具体情况
Multiwfn里定义作图平面的做法非常多,诸如通过三个原子核位置定义作图平面

喔,看到对应的选项了 谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 19:59:39 | 只看该作者 Only view this author
落花飘雨679 发表于 2018-4-26 15:00
老师您好,我在计算一个含有过渡金属铜的配位聚合物的单点能时,当设置电荷数为0时,可以收敛,但是当设置 ...

解决SCF不收敛问题的方法
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发表于 Post on 2018-4-26 20:03:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-26 19:43
6-31G**已经够了。AIM分析对基组并不敏感,2-zeta带极化就已经够了。你可以对你研究的体系当中的一个改 ...

谢谢sob老师,如果只算吸附能,用电子能量相加减,是不需要加ZPE的,对吗?

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发表于 Post on 2018-4-26 20:14:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-26 19:41
我不知道你说的“清晰”具体指什么
如果像素低,就用tachyon渲染的时候把像素设大
如果边缘有锯齿,用t ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-26 20:21:51 | 只看该作者 Only view this author

三体键能计算

老师,我想问一下对于团簇比如:Zn(Ge9)2我想知道团簇Ge9单元与Zn之间的键能
  
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,我该怎么算呢?非常感谢老师

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发表于 Post on 2018-4-26 20:41:34 | 只看该作者 Only view this author

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-26 20:41:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 不懂计算 于 2018-4-26 20:44 编辑
sobereva 发表于 2018-4-26 19:39
看具体情况
Multiwfn里定义作图平面的做法非常多,诸如通过三个原子核位置定义作图平面

sob老师,图中圈出的部分超出了Y轴的下限,请问有办法可以调整坐标范围呢?老师,不知道您能否对这个图做个简单评价呀?(或者说哪里可以再调的)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 20:45:29 | 只看该作者 Only view this author
xueduomei 发表于 2018-4-26 20:21
老师,我想问一下对于团簇比如:Zn(Ge9)2我想知道团簇Ge9单元与Zn之间的键能,我该怎么算呢?非常感谢老师{ ...

E(整体)-E(Zn)-E(Ge团簇1)-E(Ge团簇2)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 20:46:18 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-26 20:41
sob老师,图中圈出的部分超出了Y轴的下限,请问有办法可以调整坐标范围呢?老师,不知道您能否对这个图做 ...

设置作图平面时候加大延展距离,或者修改作图平面定义方式。看手册3.5.2节的示意图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 20:47:14 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-4-26 20:03
谢谢sob老师,如果只算吸附能,用电子能量相加减,是不需要加ZPE的,对吗?

吸附能只是个含糊的概念,用什么求差看具体目的
最简单的计算方式就是电子能量求差
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