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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 03:52:30 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-4-19 09:52
老师好,我在找一个羟基化的苯硼酸 脱去一个羟基(氢氧根?)的过程的过渡态,在没加溶剂模型的时候,柔性 ...


你先对气相找TS,找到后直接加上scrf,然后再在水模型下找过渡态,看能否找得到。
如果你翻来覆去试,发现就是找不到气相的那种过渡态,而且脱下来的始终是水而不是OH,可能本身就是这样。因为水环境会稳定化离子体系,所以倾向于出现OH-或者苯硼酸根,而质子肯定更喜欢结合在OH-上成为水。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-4-20 08:08:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 03:42
在#后头写上int=ultrafine关键词

十分谢谢老师回答!!!

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发表于 Post on 2018-4-20 08:47:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 03:41
明显是共价键,O往As方向凸出来那么明显。As附近一大圈蓝的是原子内部壳层,价层在更外部
PS:波函数 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-4-20 09:25:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 03:47
这类似于计算金属的氧化态问题,可以用LOBA方法
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva. ...

谢谢老师解答。我现在准备研究统一反应历程中Co和Rh的不同,之前已经用LOBA方法算过了,在阈值为默认的50%时,算出两个中心金属均为一价,不太符合常识推断。然后我又把阈值设为了60%,此时Co,Rh均为三价,再然后我又尝试了65%,70%,Co都是三价,Rh都是五价,想这样就说明Co是三价,Rh是五价不知道是不是可以,所以还想再从轨道分析的角度再侧面证明一下猜想。想问下老师这种做法是否可行,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 11:53:58 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-20 09:25
谢谢老师解答。我现在准备研究统一反应历程中Co和Rh的不同,之前已经用LOBA方法算过了,在阈值为默认的50 ...


对Co基本可以,对Rh最好再结合其它知识判断。建议也看看与LOBA分析对应的定域化轨道的图形。LOBA本质上就是轨道分析
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发表于 Post on 2018-4-20 16:03:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 11:53
对Co基本可以,对Rh最好再结合其它知识判断。建议也看看与LOBA分析对应的定域化轨道的图形。LOBA本质上 ...

好的,谢谢老师解答,我再去看看LOBA的轨道图形思考一下。老师那我还想问一下,用NAO和CDA来判断一个复合物中金属和一个卡宾配体谁对占据轨道贡献较多,谁对反键轨道贡献较多,进而判断金属是否被氧化。如果金属对占据轨道贡献比较大则说明电子还倾向于属于金属部分,证明金属没有被这个配体氧化。用这样的方式来侧面验证下价态变化可以吗?如果可以的话是用NAO的结果来分析更好,还是CDA的更好,或是两个都可以呢?想请老师解答一下,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-21 09:28:29 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-20 16:03
好的,谢谢老师解答,我再去看看LOBA的轨道图形思考一下。老师那我还想问一下,用NAO和CDA来判断一个复合 ...

NAO
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发表于 Post on 2018-4-21 10:06:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 03:52
你先对气相找TS,找到后直接加上scrf,然后再在水模型下找过渡态,看能否找得到。
如果你翻来覆去试, ...

老师好,我将TS下稳定的过渡态加上scrf=smd计算水环境下面的过渡态,关键词如下#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq scrf=smd nosymm def2svp m062x
但是总是不收敛,Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep= 105
    -- Flag reset to prevent archiving.

如下图

取最小能量结构继续原来关键词计算。如下图


取其中的最小能量构型 继续优化,还是出现类似的图,无法收敛。
于是不计成本,改了关键词如下
#p opt=(recalc=5,ts,noeigen,maxcycle=300,gdiis,maxstep=5,notrust)
freq scrf=smd nosymm def2svp m062x

但还是不收敛,结果如下


请问老师,我该如何进行下一步?前面柔性搜索找过渡态的时候 发现气态和水环境中 能量最高点的B-O键差别很大,我是不是应该在那个地方opt=TS .




恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2018-4-21 11:53:25 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师解答

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发表于 Post on 2018-4-21 14:05:40 | 只看该作者 Only view this author
大家下午好,
我现在想用b3lyp方法优化S1,但是用BHandHLYP方法计算荧光光谱,请问该如何写计算命令呢?
然后想再请问下Sob老师招博士生么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-21 14:29:09 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2018-4-21 14:05
大家下午好,
我现在想用b3lyp方法优化S1,但是用BHandHLYP方法计算荧光光谱,请问该如何写计算命令呢 ...

不要这么做,否则懂行的审稿人一定会批评
不招
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-21 14:50:39 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-4-21 10:06
老师好,我将TS下稳定的过渡态加上scrf=smd计算水环境下面的过渡态,关键词如下#p opt=(calcfc,ts,noeige ...

加上int=ultrafine再试。或者改用B3LYP
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发表于 Post on 2018-4-21 15:20:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-21 14:29
不要这么做,否则懂行的审稿人一定会批评
不招

好的,谢谢老师。请问Sob老师有什么建议呢?(结合实验结果,基态分子用的b3lyp方法优化,比BHandHLYP优化的结果更好,吸收光谱用的BHandHLYP方法计算,比b3lyp计算的结果更好。现在想算荧光光谱,已尝试过b3lyp方法,但是计算结果不好)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-21 17:59:49 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2018-4-21 15:20
好的,谢谢老师。请问Sob老师有什么建议呢?(结合实验结果,基态分子用的b3lyp方法优化,比BHandHLYP优 ...

B3LYP优化基态,BHandHLYP优化激发态并计算荧光
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发表于 Post on 2018-4-21 18:01:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2018-4-21 18:07 编辑

请教一下sob老师,有Multiwfn做算副井函数的相关博文么?我想判断一下电子的得失能力。我想看一看,但是没搜寻到。

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