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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-29 11:57:06 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-29 02:08
sob老师  我使用Multiwfn做电子密度的拓扑分析时候发现Pd原子核位置本该出现的(3,-3)找不到,却总是找到一 ...

gjf文件发一下,便于调试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-4-29 12:04:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-29 11:57
gjf文件发一下,便于调试

这是九个文件,包括输入和输出和fch,谢谢老师。

ncp.rar (4.31 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2018-4-29 21:50:40 | 只看该作者 Only view this author

溶剂化条件下求过渡态

查了快一天的资料还是有不懂的地方,基础太差望各位老师理解。
我的反应是苯环上的羰基和Li金属结合,可以算出产物优化后的结构。我看老师博客推荐用TS算,该怎么猜测过渡态呢?我的想法是:知道产物优化后的键长和键角,将Li原子与O原子距离拉长,角度再设置大一点,是不是可以当作过渡态进行后续计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-30 02:03:57 | 只看该作者 Only view this author
灰天皮匠 发表于 2018-4-29 21:50
查了快一天的资料还是有不懂的地方,基础太差望各位老师理解。
我的反应是苯环上的羰基和Li金属结合,可以 ...

对O和Li的距离做柔性扫描,如果有极大点,而且看着像过渡态,用那个点做过渡态初猜
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发表于 Post on 2018-4-30 06:26:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-30 13:04 编辑

老师  刚才我又试了直接生成wfx文件,Multiwfn直接读取了wfx文件中的EDF字段,结果拓扑分析都正常了 Pd的核临界点正常找到了    为什么会这样呢…

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发表于 Post on 2018-4-30 09:26:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-30 02:03
对O和Li的距离做柔性扫描,如果有极大点,而且看着像过渡态,用那个点做过渡态初猜

谢谢老师解答疑惑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-30 20:37:41 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-27 21:29
这个反应催化剂是 Pd(OAc)2,1.log是底物分子,2.log是催化剂分子和底物分子生成的一个中间体。虽然Pd在2 ...

我研究了一下,这是因为Multiwfn里的EDF库对某些Pd等一些元素不合理所致的。这个EDF库是论坛里beefly等人构建的,我发现对于Pd等一些元素,基于这个库的参数计算的内核电子密度在原子核处是个极小点,导致本应是(3,-3)却成了(3,+3)。我会联系beefly看看有没有什么解决办法。目前你就先用wfx文件好了。
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发表于 Post on 2018-4-30 21:19:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-30 20:37
我研究了一下,这是因为Multiwfn里的EDF库对某些Pd等一些元素不合理所致的。这个EDF库是论坛里beefly等人 ...

知道了,谢谢老师的解答。

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发表于 Post on 2018-4-30 23:36:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,打扰了,在阅读您的文献:《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》 中,发现一个小问题,计算简缩型福井函数CFF时,公式5中 亲电反应: f -A = qA (N -1) -qA( N) 其中,N-1表示相对于中性体系减少一个电子的情况(电荷为1,自旋多重度为2). 而在有些文献中,f- = q (N) -q (N-1) ,而其对N-1的解释也为N-1电子体系,这两个公式刚好相差一个负号,晚辈不知这是什么原因,谢谢。

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发表于 Post on 2018-5-1 00:41:00 | 只看该作者 Only view this author
晚辈已找到缘由,布居数和电荷数的符号刚好是差一个负号。

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发表于 Post on 2018-5-1 13:15:20 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我计算freq后的log文件打不开,提示如图1所示,我检查了8812行,如图2所示。输入文件如下:
%mem=4GB
%nprocshared=8
%chk=Ca149.chk
#b3lyp/6-311G**  freq

BZDZ OPTIMIZED AT B3LYP/6-311G**
是不是输入文件写的不合适?

1.PNG (9.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

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2.PNG (15.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

2.PNG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-1 13:21:38 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-5-1 13:15
sob老师,我计算freq后的log文件打不开,提示如图1所示,我检查了8812行,如图2所示。输入文件如下:
%mem ...

如果是gv5,尝试gv6
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发表于 Post on 2018-5-1 17:48:17 | 只看该作者 Only view this author

HF和DFT计算的依据都是零温基态么?

1)        HF和DFT计算的依据都是零温基态,或者说,计算结果是基于零温基态的;
2)        尽管计算结果是基于零温基态的,但对于有限温度下的物质来说,参考意义是足够的;

请问对么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-1 18:42:26 | 只看该作者 Only view this author
SHU 发表于 2018-5-1 17:48
1)        HF和DFT计算的依据都是零温基态,或者说,计算结果是基于零温基态的;2)        尽管计算结果是基于零温基态 ...

除非你做振动分析、动力学,否则根本没有温度的概念,0K都算不上。如果你仅是指电子的温度而不涉及核的运动,且算的是基态电子态,那倒可以这么说。

PS:发帖时看清楚板块再发。给你移动了
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发表于 Post on 2018-5-2 15:37:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师 对于自由基想计算三重态 在开壳层ub3lyp下设置triplets 还要改成0 3吗

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